Les données du projet Help Stop Muscular Dystrophy Project utilisées pour examiner la fonction des protéines

Récapitulatif

Le Dr. Alessandra Carbone, chercheur principal pour le projet "Help Stop Muscular Dystrophy" a récemment co-écrit un document qui utilise les données du World Community Grid pour faire la lumière sur la façon dont fonctionnent les protéines et interagissent les unes avec les autres.

Le Dr. Alessandra Carbone, qui dirige le projet HSMD, a récemment publié un document qui a utilisé les données du projet pour examiner la fonction des protéines et de l'interaction protéine-protéine.

Les protéines sont des molécules très importantes impliquées dans les processus biologiques et la machinerie des cellules. Leurs interactions entres elles et avec d'autres molécules déterminent et mettent en œuvre leurs fonctions. Ainsi, il est important de comprendre lorsqu'elles interagissent, et plus précisément la façon dont elles interagissent. La surface complexe des protéines comporte des schémas de charges électriques attractives et répulsives qui correspondent à un degré variable à des schémas opposés de charges sur d'autres surfaces de molécules. Comprendre lesquelles des nombreuses parties de la surface d'une protéine sont les plus responsables des réactions avec d'autres molécules et les protéines sont essentielles à la compréhension de leurs fonctions.

Le présent document en "accès ouvert" décrit les efforts et les techniques utiles pour identifier et classer les sites d'interaction de surface des protéines en utilisant les résultats calculés dans la phase un du projet Help Cure Muscular Dystrophy, qui a fonctionné sur le World Community Grid de Décembre 2006 à Juin de 2007 de chercheurs.

Information

Titre: Great interactions: Comment les partenaires de liaison incorrectes peuvent nous en apprendre sur la reconnaissance et la fonction des protéines

Auteurs: Lydie Vamparys, Laurent Benoist, Alessandra Carbone, Sophie Sacquin-Mora


La citation ci-dessus est issue de l'article. Pour une future étude, les chercheurs envisagent d'appliquer les outils d'analyse de cette expérience pour les résultats de la phase 2 du projet Help Cure Muscular Dystrophy.


Résumé des auteurs :

Les interactions protéine-protéine jouent un rôle clé dans la plupart des processus biologiques et la compréhension de leur mécanisme est un problème fondamental qui conduit à de nombreuses applications pratiques. La prédiction des sites de liaison de protéines, en particulier, est d'une importance primordiale car les protéines représentent désormais une grande classe de cibles thérapeutiques. Parmi les autres méthodes, simulations d'amarrage entre deux protéines connues pour interagir peuvent être un outil utile pour la prédiction des correctifs susceptibles de liaison sur une surface de la protéine. De l'analyse des interfaces protéiques générés par une expérience de cross-docking massif en utilisant les 168 protéines de la Docking Benchmark 2.0, où toutes les paires de protéines possibles, et pas seulement celles expérimentales, ont été amarré ensemble, nous montrons qu'il est également possible de prédire les résidus de liaison d'une protéine sans avoir aucune connaissance préalable concernant ses partenaires d'interaction potentiels. L'évaluation de la performance des prévisions de cross-docking en utilisant l'aire sous la spécificité-sensibilité courbe ROC (AUC) conduit à une valeur AUC de 0,77 pour l'indice de référence complet (par rapport à la valeur AUC 0,5 obtenu pour les prédictions aléatoires). En outre, une nouvelle analyse de la concentration effectuée sur les patchs de liaison qui sont dispersés sur la surface montrent des protéines que leur distribution et la croissance dépendront du groupe fonctionnel de la protéine. Enfin, dans plusieurs cas, les prédictions-site de liaison résultant des simulations de cross-docking vont conduire à l'identification d'une autre interface, ce qui correspond à l'interaction avec un partenaire biomoléculaire qui ne sont pas inclus dans l'indice de référence d'origine.

 

Source : http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=493