NanoHive - les premiers résultats

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Nano-usines_1 (page en construction - mises à jours régulières)

Voir la page de la simulation Nano-usines_1 pour une introduction et une description de cette expérience

SOMMAIRE :

  1. L'expérience
  2. Explication du format des résultats
  3. Résultats

a. Pointes d'outils chargés :

DC10c - C100GeATD - C100GeATS - C100GeATSr5 - C100GeATSr6 - C100GeCTS

C110GeS - C111Ge3 - AdamGe22 - AdamGe33 - Diad3Ge22 - DCB55BGe

DCB55AGe - DCB55CGe - DCB57Ge

b. Pointes d'outils à vide :

 

L'expérience

Nous avons calculé une première optimisation géométrique (c'est-à-dire minimisation de l'énergie) pour chaque outil en utilisant le programme de chimie quantique ab-initio massivement parallèle (MPQC), Sandia, avec un niveau RHF/3-21G de la théorie. Quelques optimisations ont été calculées en interne, mais la plupart ont été calculées avec le réseau du projet NanoHive@Home.

Les plus grandes pointes d'outils ont pris trop de temps (plusieurs jours) pour converger avec RHF/3-21G, ainsi RHF/STO-3G a été utilisé à la place. Ces plus bas niveaux théoriques sont tous les deux suffisamment précis pour détecter les défaillances (voir la note sur la logique haute température/bas niveau). Les outils qui ont été calculés avec RHF/STO-3G sont : MCB5Ge, MCB57Ge, DCB75Ge, C100GeATD, C100GeATS, C100GeCTS, et MCB75Ge.

En utilisant les optimisations géométriques des outils, nous avons alors effectué des simulations de la dynamique moléculaire (MD) GROMACS avec 50.000 itérations pour chacun des outils à des températures élevées, en prenant des instantanés de l'outil toutes les 40 ou 50 itérations. L'énergie thermique des simulations à hautes températures a perturbé chacun des outils de façon désordonnée et les instantanés montrent des déformations de l'outil.

Pour commencer, chaque outil a été simulé à 1500 Kelvins, c'est un point de référence pour comparer les déformations de l'outil. A cette température, l'écart type (RMSD : root mean square deviation) des outils est d'environ 0.02. Une optimisation géométrique de RHF/3-21G|STO-3G a alors été utilisée pour chaque déformation sur le réseau du projet NanoHive@Home. Aucune défaillance n'a été détectée avec ce niveau de déformation.

Ensuite, nous avons calculé des simulations pour un RMSD d'au moins 0.04 tout les 500 Kelvins. Voici la liste des températures : 2000 K, 2500 K, 3000 K, 3500 K, 4000 K, et 4500 K. Une optimisation géométrique de RHF/3-21G|STO-3G a alors été utilisée pour chaque déformation sur le réseau de NanoHive@Home. Plusieurs défaillances potentielles ont été découvertes à ce niveau de déformation ; elles sont en cours d'analyse.

 

Explication du format des résultats

La première colonne montre chacun des outils dans leur état normal, mode sans échec. Il y a également un lien vers le fichier .PDB relatif à l'outil (banque de données des protéines) qui décrit sa géométrie (il existe plusieurs visionneuses graphiques de fichiers .PDB. La visionneuse Suisse-PDB fonctionne sur Mac, Windows, et Linux). Un « L » dans le nom du fichier PDB indique que l'outil est chargé, un « U » indique que l'outil est à vide. L'énergie des outils (voir la note sur les unités d'énergie) est également affichée dans cette colonne.

La deuxième colonne montre les pannes potentielles (seulement si elles ont été mises à jour par la simulation). Il y a également un lien vers le fichiers .PDB de cette configuration qui aboutit à une défaillance. Le nombre et la lettre qui suit le L ou le U nous renseigne sur la structure déformée et l'ensemble des données de départ du mode choisi. L'énergie du mode est également montrée. Si aucune défaillance potentielle n'a été découverte jusque là, la deuxième colonne contient des liens vers les dossiers de départ et les résultats (décrits ci-dessous).

La troisième colonne montre quelques structures d'outils déformés, avec le numéro d'indexation de la structure, qui réduisent au maximum les défaillances potentielles. La ligne "MD run", par exemple, « MD run : 3500 K (0.04 RMSD) », montre la température ambiante de la simulation nécessaire pour produire des déformations de l'outil avec le RMSD indiqué.

Au-dessous de chaque mode potentiel de défaillance, se trouve la ligne « notes » avec une information additionnelle et des explications au sujet du mode.

La dernière colonne de chaque outil contient des liens vers les dossiers de départ et les résultats. La lettre après le L ou le U indique quelle température ambiante de la simulation a été employée pour déformer l'outil. Le tableau suivant nous donne la correspondance entre les lettres et les températures :

z 1500K

 

y 2000K x 2500K w 3000K v 3500K u 4000K t 4500K

 

Notes

1. La logique Haute Température/Bas Niveau

Si ces pointes d'outils devaient être traitées comme des molécules organiques, l'identification des structures par défaut correspondrait à l'identification des processus réactionnels entre les structures de départ et les structures finales. En se basant sur ces structures, on identifierait un « mécanisme » organique qui explique le réarrangement qu'une structure doit subir pour passer de sa forme de départ à sa forme finale. Afin de réaliser ceci correctement, une série d'optimisations géométriques devrait être calculée sur le réactif (structure de départ), sur le produit (structure finale) et sur une ou plusieurs structures de transition tout au long des réactions définies par le mécanisme. En revanche, les hautes températures et les niveaux théoriques (relativement) bas qui sont utilisés par défaut dans cette analyse dans le but de "brut forcer" l'identification des structures par défaut, fournissent les structures géometriques finales. Celles-ci peuvent correspondre aux formes minimales d'énergie réalisables et peuvent ainsi être employées comme des structures de base pour développer des mécanismes plausibles.

Les niveaux bas de la théorie (RHF/3-21G/STO-3G) sont utilisés pour ces études parce que nous recherchons les structures des outils fortement liés (covalentes). Les forces des liens covalents sont telles que même au niveau bas de la théorie, il est possible de prévoir correctement leur connectivité. Les énergies de ces structures différeront cependant des niveaux de la théorie. La modélisation des candidats ayant une structure minimum raisonnable pour les calculs par défaut exige beaucoup plus de ressources informatiques que les optimisations aux plus haut niveaux géométriques des structures identifiées par défaut parce que, par exemple, les 5000 structures de départ calculées avec GROMACS pourront optimiser géométriquement seulement 15 outils, c'est une conséquence de de ne pas diriger activement la génération des structures par défaut.

2. Unité d'énergie

L'unité standard utilisée en chimie quantique pour mesurer l'énergie totale des molécules est le "Hartree". La base en chimie quantique est qu'un système (« séparation infinie ») avec un noyau et des électrons complètement dissociés correspond à une énergie nulle (0 Hartree). Ceci signifie que la séparation d'une molécule et de ses atomes la composant et la séparation de chaque atome avec ses électrons et son noyau individuel (les différents protons et neutrons du noyaux ne sont pas inclus dans cette séparation). Comme les électrons et le noyaux sont rapprochés plus près les uns des autres pour former la molécule, l'énergie, par définition, diminue (valeur négative).

La seule manière appropriée de comparer des énergies pour des calculs en chimie quantique est de comparer le même nombre d'atomes au même niveau de la théorie. Par conséquent, chaque outil et ses structures par défaut sont considérés comme des groupes distincts sans chevauchement entre les différents outils de base (appelés des structures).

Il y a deux types de structure minimum d'énergie considérés dans ces (tous les) calculs. Le premier est le minimum global, la structure qui se rapporte à la plus basse énergie possible pour un nombre donné d'atomes à un niveau donné de la théorie. L'autre type de structure est le minimum local, une structure qui est stable (en chimie quantique en procédant à des analyses vibratoires sur la molécule) et ne se réarrangera pas spontanément dans une forme plus stable, mais qui a une énergie plus haute que celle du minimum global (fondamentalement,de toutes les autres formes stables). En théorie (bien qu'une partie du projet Q-SMAKAS est de déterminer la validité de cette déclaration de principe), un outil "prêt" correspond à l'énergie minimum global de ces structures et chaque structure par défaut est un minimum local.

 

Résultats :

1. La catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

La grande majorité des défauts identifiés dans le processus quantique sont des « défauts » liés à la position des atomes d'hydrogène. L'exemple type est donné pour la pointe d'outil DC10c ci-dessous (cliquez pour l'agrandir). Il y a deux bonnes raisons pour lesquelles ces défauts n'ont que peu d'importance pour l'intérêt d'ensemble du projet et sont ignorés puisque faisant partie « de l'étude des défauts raisonnables  » même s'ils entrainent d'importantes conséquences pour la méthodologie.

 

Les raisons pour « regarder vers où il va » - le défaut le plus commun pour les atomes d'hydrogène se trouve à la surface de la pointe de l'outil de telle sorte que la liaison carbone-hydrogène se dirige maintenant DANS à l'intérieur des pointes d'outils. On peut imaginer la surprise si pour attraper votre souris avec votre main droite vous vous retrouviez à empoigner votre pancréas à la place. Bien que les pointes d'outils sont des structures creuses, il y a peu ou aucune place pour les atomes parasites d'hydrogène.

Vient alors une question importante. Comment avez-vous obtenu un résultat aussi extravagant pour vos premiers résultats ?! Dans Q-SMAKAS, il y a deux raisons. La première est la plus facile des deux à comprendre. La température de modélisation de la structure défectueuse était comprise entre 1500 et 4500 K. Par comparaison, la température ambiante est de 300 K. Ces pointes d'outils sont soumises à d'énormes énergies, le résultat donne donc une structure avec une géométrie chimiquement inaccessible.

La deuxième raison est liée à la méthode. Les simulations de dynamique moléculaire exigent des vecteurs et des intervalles de temps. Le vecteur représente, naturellement, l'impulsion de l'atome en question. Les atomes rebondiront en fonction de l'énergie du système et des forces tenant les atomes ensemble. La simulation équilibre l'énergie du système (qui déplace les atomes) et les forces de rappel qui lient les atomes entre eux. Dans la réalité, les forces et le mouvement « sont justes » et tout « se produit de façon juste ». Nous ne pouvons pas calculer instantanément les forces du système et les surveiller en « temps réel » car les ordinateurs ne sont pas encore assez rapides. Au lieu de cela, nous recalculons les simulations par « étapes de temps, » les intervalles entre lesquels des forces peuvent s'exercer pour faire rebondir les atomes et lorsque le système est simulé pour voir où tout se passe et où tout DEVRAIT se passer selon les lois du mouvement de Newton.

Imaginez que vous ayez à redescendre une route en voiture - mais que vous ne pouvez ouvrir vos yeux seulement une seconde toutes les cinq secondes. Vous ouvrez vos yeux, corrigez votre trajectoire, fermez vos yeux et attendez/espérez, vous ouvrez encore, correction, fermer, etc. S'il y a un virage, ou une barrière, vous pouvez réussir ou rater votre trajectoire selon le niveau d'exactitude de la dernière correction de trajectoire. Pour le calcul des dynamiques moléculaires, la situation est encore plus compliquée. Puisque le simulateur, et non pas notre planète Terre, est responsable de toutes les lois physiques du système, vous et votre voiture n'avez aucune perception de ce qui se produit pendant les cinq secondes où vos yeux fermés, ce qui signifie que vous avez juste à conduire jusqu'à être devant un mur de briques. Dans le cas du simulateur, comme le mur n'est pas visible durant ces 5 secondes, vous passez tout simplement au travers. Le même évènement peut se dérouler dans la simulation moléculaire, où un hydrogène avec suffisamment d'énergie peut simplement passer dans un « tunnel » à travers le noyau d'un atome de carbone avec lequel il est lié et sortir de l'autre côté pour former une nouvelle géométrie inversée.

Le simulateur de dynamique moléculaire ne sait pas qu'il n'est pas permis pour un un atome d'hydrogène de passer au travers d'un atome de carbone, il sait seulement que l'atome d'hydrogène a un vecteur qui indique « aller dans cette direction pendant une seconde et attendez des instructions complémentaires. » En conséquence, un atome d'hydrogène peut terminer sa course dans de jolies positions peu usuelles si (a) la température est trop haute (vecteurs énormes) ou (b) l'intervalle de temps est trop long (une abondance de mouvements vers une direction avant que le simulateur s'arrête et recalcule les forces). C'est un problème particulier aux atomes d'hydrogène parce que c'est le plus léger des atomes, c'est donc aussi celui qui se déplace le plus.

Je suspecte que nos atomes inversés d'hydrogène, souffrent davantage du problème (b), ce qui voudrait dire qu'il nous faudrait juste diminuer l'intervalle de temps. Alternativement, nous pouvons aussi augmenter la masse des atomes d'hydrogène de sorte qu'ils ne bougent pas aussi librement qu'ils le font dans les simulations actuelles. Car notre seul but est de trouver des défauts, il n'y a rien de mal à utiliser un peu de magie dans le simulateur.

« Hydrogène ? Mais quel hydrogène ? » les raisons - le but de l'hydrogène dans l'univers est de combler les vides dans les molécules. Le but de la chimie quantique des pointes d'outils de dimère pour la mécanosynthèse diamant est d'éliminer le plus de structures possibles de sorte que les calculs (a) se terminent le plus rapidement possible et (b) puissent être effectués avec le "strict minimum" des structures au plus haut niveau de théorie possible afin d'obtenir les meilleurs résultats possibles. Les pointes d'outils actuellement étudiées sont des structures qui contiennent des dimères, des atomes de liaison (GE ou C), les atomes de carbone les plus proches des atomes de liaison pour recréer la géométrie du complexe de liaison atome/dimère, et des atomes d'hydrogène partout où un atome a un vide qui a besoin d'être rempli. Ces pointes d'outils correspondent alors au strict minimum des structures qui peuvent être modélisées relativement rapidement avec une capacité de calcul raisonnable. In silico, les atomes d'hydrogène sont complétés par des électrons stables autour de la phériphérie des atomes de carbone dans la pointe de l'outil pour maintenir le besoin informatique au minimum. En réalité (on le pense), ces pointes d'outils seront à la pointe de la technologie d'une ligne d'assemblage de pointe à outils. C'est-à-dire, que les atomes d'hydrogène se retrouvant dans des formes inversées ne feront pas partie du produit actuel et inversé un groupe C-C est, comment dire, je ne voudrais pas être dans une pièce remplis de produits de ce type.

Pour le démontrer, j'ai ajouté quelques exemples de la structure des pointes d'outils de diamant (cliquez dessus pour les agrandir). C'est extrêmement difficile d'inverser un atome d'hydrogène mais ici ça ne l'est pas. Le processus consiste à encastrer des pointes d'outils dans la structure du diamant et à enlever plusieurs atomes d'hydrogène dans chacune des pointes d'outils (bien qu'il n'y ait pas une seule pointe d'outil pour laquelle il serait facile d'encastrer tous les atomes d'hydrogène à proximité immédiate de la position du dimère de liaison). Les atomes d'hydrogène sont représentés en vert dans l'image tout autour du noyau de la pointe de l'outil en bleu. On peut supposer que ces atomes d'hydrogène pourraient être ceux qui ont subis l'inversion comme ça a été trouvé dans les modélisations des pointes d'outils. Les inversions observées dans les calculs de Q-SMAKAS, sont un événement avec une énergie extrêmement élevée et est juste lié à un artéfact méthodologique. Il est cependant imaginable que les atomes d'hydrogène les plus proches puissent migrer sur les pointes d'outils dans des circonstances triviales du fait d'un «défaut» par exemple, une possibilité qui fait partie de l'analyse des défauts. Si cet événement se réalise facilement dans la réalité pour telle ou telle pointe d'outil, cela indiquerait clairement qu'une pointe d'outil particulière se casserait trop facilement dans un processus de fabrication et devrait donc être considérée comme une structure probablement inutilisable.

Il vaut la peine de noter/rappeler que TOUTES ces pointes d'outils sont conçues pour faire la même chose - lier et transporter les dimères de carbone. En conséquence, après quelques avertissements, les meilleurs gagnent.

 

 

 

Outils chargés

DC10c


DC10c.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -723.28856 Hartrees

DC10c.L.228v.pdb
Mode : Hydrogène inversion
Energie : -723.13909 Hartrees

Déformation de ce qui a été minimisé dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Notes : Un ou plusieurs atomes d'hydrogène s'inversent à l'intérieur de la point de l'outil. Ignoré - Voir la catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

 

 
 
DC10c.L.563v.pdb
Mode : Echec
Energie : -723.16632 Hartrees

Déformation de ce qui a été minimisé dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Note : base de la pointe de l'outil ouvert. Le second défaut (563) est une fissure suite à la migration d'un atome d'hydrogène. Ce type de défaut ne pourrait pas se produire pour une structure à base de Germanium, puisque la double liaison des dimères de liaison stabilisent le carbone. Ceci pourrait-il se produire si l'outil était modélisé dans sa totalité ?

 

 
 
DC10c.L.719v.pdb
Mode : Echec
Energie : -723.28976 Hartrees Hartrees

Déformation de ce qui a été minimisé dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Notes : échec du mode (10) de DC10c. RHF/3-21G présente ce défaut de 3.15 kJ/mol comme plus stable que la pointe d'un outil « normal ». C'est l'un de ces cas potentiellement problématiques, car la nature du défaut n'est pas quelque chose de facilement évitable en reconstruisant la structure de la pointe de l'outil (mais il y a beaucoup à dire sur les obstacles et les hauts niveaux de calcul)

 

Dossier de départ : DC10c.L.v.tar.gz [1.4 Mo]
Résultat (partiel) : DC10c.L.results.v.tar.gz [28 Mo]

C100GeATD


1_C100GeATD.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -5280.93599 Hartrees

1_C100GeATD.L.929t.pdb
Mode : Hydrogène inversion
Energie : -5280.68948 Hartrees

Déformation de ce qui a été minimisé dans un mode alternatif : ##
MD run : 4500 K (0.04 RMSD)

Notes : Un ou plusieurs atomes d'hydrogène s'inversent à l'intérieur de la point de l'outil. Ignoré - Voir la catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

Voici quelques rendus "lisses" de cette pointe d'outil par Andy Haveland-Robinson


solid

schematic

Andy a aussi monté quelques vidéos de la dynamique moléculaire pour 4500 Kelvin :
1_C100GeATD.L.t.spheres.xvid.avi [19 Mo] (2.0 picosecondes en 720x576)
1_C100GeATD.L.t.solid.xvid.avi [28 Mo] (10.0 picosecondes en 360x288) Xvid.org

 

 
 
1_C100GeATD.L.928t.pdb
Mode : Thermiquement inaccessible
Energie : -5280.87534 Hartrees

Déformation de ce qui a été minimisé dans un mode alternatif : ##
MD run : 4500 K (0.04 RMSD)

Notes : Un atome d'hydrogène a migré vers le dimère. La différence d'énergie de RHF/STO-3G du bout d'outil « normal » est de 159.51 kJ/mol et représente, largement, le défaut ayant la plus basse énergie. La température ambiante correspond à environ 2.5 kJ/mol, ainsi nous parlons d'un défaut supérieur aux seuils thermiques accessibles.

 

Dossier de départ : 1_C100GeATD.L.z.tar.gz [2.9 Mo], 1_C100GeATD.L.t.tar.gz [2.3 Mo]
Résultat (partiel) : 1_C100GeATD.L.results.z.tar.gz [54 Mo], 1_C100GeATD.L.results.t.tar.gz [17 Mo]

 

C100GeATS


1_C100GeATS.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -5280.98163 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 1_C100GeATS.L.z.tar.gz [2.8 Mo]
Résultat (partiel) : 1_C100GeATS.L.results.z.tar.gz [50 Mo]

 

C100GeATSr5


1_C100GeATSr5.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4705.93019 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 1_C100GeATSr5.L.z.tar.gz [1.8 Mo]
Résultat (partiel) : 1_C100GeATSr5.L.results.z.tar.gz [33 Mo]

 

C100GeATSr6


1_C100GeATSr6.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4861.28173 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 1_C100GeATSr6.L.z.tar.gz [2.2 Mo]
Résultat (partiel) : 1_C100GeATSr6.L.results.z.tar.gz [48 Mo]

 

C100GeCTS


1_C100GeCTS.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -5283.35665 Hartrees
Notes : --

 

C110GeS


2_C110GeS.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4515.37009 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 2_C110GeS.L.z.tar.gz [1.5 Mo]
Résultat (partiel): 2_C110GeS.L.results.z.tar.gz [29 Mo]

 

C111Ge3


3_C111Ge3.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4821.32074 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 3_C111Ge3.L.z.tar.gz [2.1 Mo]
Résultat (partiel) : 3_C111Ge3.L.results.z.tar.gz [36 Mo]

 

AdamGe22

 


5_AdamGe22.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4476.53808 Hartrees

5_AdamGe22.L.23v.pdb
Mode : Hydrogène inversion
Energie : -4476.38819 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Notes : Un ou plusieurs atomes d'hydrogène s'inversent à l'intérieur de la point de l'outil. Ignoré - Voir la catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

 

 
 
5_AdamGe22.L.208v.pdb
Mode : Echec
Energie : -4476.53628 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Notes : Orientation étrange du dimère. Un changement structurel subtil, dans la disposition du dimère sur le Germanium… Le Germanium a été déplacé de sa dispostion préférentielle, qui est de 4.7 kJ/mol inférieure (ainsi nous observons l'instabilité du dimère).

 

 
 
5_AdamGe22.L.787v.pdb
Mode : Echec
Energie : -4476.52428 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif : ##
MD run : 3500 K (0.04 RMSD)

Notes : La pointe de l'outil s'ouvre. Un atome d'hydrogène migre en partant de l'atome de Germanium vers l'atome de Carbone le plus proche et avec lequel le Germanium était attaché. La liaison Germanium-Carbone est rompue.

 

Dossier de départ : 5_AdamGe22.L.z.tar.gz [1.4 Mo], 5_AdamGe22.L.v.tar.gz [1.1 Mo]
Résultat (partiel) : 5_AdamGe22.L.results.z.tar.gz [28 Mo], 5_AdamGe22.L.results.v.tar.gz [21 Mo]

 

 

AdamGe33


5_AdamGe33.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4477.73819 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 5_AdamGe33.L.z.tar.gz [1.5 Mo]
Résultat (partiel) : 5_AdamGe33.L.results.z.tar.gz [28 Mo]

 

Diad3Ge22

 


6_Diad3Ge22.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4783.59967 Hartrees

6_Diad3Ge22.L.911x.pdb
Mode : Hydrogène inversion
Energie : -4783.42440 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif :
MD run : 2500 K (0.04 RMSD)

Notes : Un ou plusieurs atomes d'hydrogène s'inversent à l'intérieur de la point de l'outil. Ignoré - Voir la catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

 

 
 
6_Diad3Ge22.L.152x.pdb
Mode : Echec
Energie : -4783.59967 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif :
MD run : 2500 K (0.04 RMSD)

Notes : le dimère change de coté. Détecté par l'intermédiaire de l'inspection visuelle de la série de dynamique moléculaire- autrement il a la même énergie que la pointe de l'outil en mode normal. Proposer un algorithme pour détecter automatiquement les déformations symétriques en marquant un trio/triangle d'atomes, pour alors faire une comparaison floue des atomes à proximité immédiate de la poche de liaison.

 

 
 
6_Diad3Ge22.L.156x.pdb
Mode : Echec
Energie : -4783.55711 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif :
MD run : 2500 K (0.04 RMSD)

Notes : Dimère tordu. Un type de défaut intéressant, résultant d'une volte face d'un des atomes d'hydrogène sur le Germanium… la zone du Germanium (ainsi les atomes d'hydrogène sont chacun des 2 plus du tout du même coté). Ce cas tourneboulé est à 111 kJ/mol de plus que la pointe d'outil « normal ».

 

Dossier de départ : 6_Diad3Ge22.L.z.tar.gz [2.0 Mo], 6_Diad3Ge22.L.x.tar.gz [1.6 Mo]
Résultat (partiel): 6_Diad3Ge22.L.results.z.tar.gz [38 Mo], 6_Diad3Ge22.L.results.x.tar.gz [27 Mo]

 

DCB55AGe

7_DCB55AGe.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4743.61394 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 7_DCB55AGe.L.z.tar.gz [1.9 Mo]
Résultat (partiel) : 7_DCB55AGe.L.results.z.tar.gz [34 Mo]
DCB55BGe

7_DCB55BGe.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4821.21100 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 7_DCB55BGe.L.z.tar.gz [2.1 Mo]
Résultat (partiel) : 7_DCB55BGe.L.results.z.tar.gz [39 Mo]
DCB55CGe

7_DCB55CGe.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4858.87444 Hartrees
Notes : --
Dossier de départ : 7_DCB55CGe.L.z.tar.gz [2.1 Mo]
Résultat (partiel) : 7_DCB55CGe.L.results.z.tar.gz [38 Mo]

 

DCB57Ge

 


7_DCB57Ge.L.pdb
Mode : Normal
Energie : -4858.94184 Hartrees

7_DCB57Ge.L.792u.pdb
Mode : Hydrogène inversion
Energie : -4858.74510 Hartrees

Déformation de ce qui a été réduit dans un mode alternatif : ##
MD run : 4000 K (0.04 RMSD)

Notes : Un ou plusieurs atomes d'hydrogène s'inversent à l'intérieur de la point de l'outil. Ignoré - Voir la catalysation non encore prouvée des atomes d'hydrogène retournés

 

Dossier de départ: 7_DCB57Ge.L.z.tar.gz [2.1 Mo], 7_DCB57Ge.L.u.tar.gz [1.7 Mo]
Résultat (partiel): 7_DCB57Ge.L.results.z.tar.gz [37 Mo], 7_DCB57Ge.L.results.u.tar.gz [24 Mo]

Outils à vide

 

 

   

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