L'Alliance
Francophone, une Communauté pour la Science
Des
machines
toujours plus puissantes, des capacités de stockage
impressionnantes, des vitesses de connexion en augmentation constante,
les progrès de l'informatique de ces dernières
années sont réels. Cependant la
majorité du temps vous n'utilisez qu'une partie infime de
cette puissance, alors qu'elle permettrait des progrès
énormes dans de nombreux domaines de la recherche
scientifique publique et universitaire.
Vous
pouvez dès maintenant et en quelques clics faire participer
votre ordinateur à l'une des plus belles aventures de ce
début de XXIème siècle. Pour cela, il
vous suffit d'installer
Boinc (logiciel libre). Puis de choisir un projet en cliquant
ci-dessous sur une des images représentant le domaine de
recherche qui vous intéresse plus
particulièrement.
Astronomie
Biologie
Ecologie
Mathématiques
Physique-Chimie
Aujourd'hui,
BOINC c'est 600 000 ordinateurs participant activement aux
avancées de la science et totalisant une puissance moyenne
de calcul de plus de 1 PetaFLOPS (soit un million de milliards
(1015)
d'opérations
à virgule flottante par seconde).
Les
administrateurs du projet Quake-Catcher
Network
sont heureux d'annoncer à la communauté BOINC que
deux participants au programme QCN (toujours en phase alpha), l'un
habitant à Reno (Nevada) et l'autre à
proximité de cette ville, ont
détecté les ondes sismiques émises par
le récent tremblement de terre de magnitude 5,1 de
Reno en utilisant le logiciel fourni par QCN.
Les administrateurs du projet en sont
enchantés et ils sont donc en train de rédiger un
article scientifique pour faire connaître ces
résultats préliminaires. Autrement dit, le
programme QCN semble adapté à
la détection des événements
sismiques et il parvient à en informer les serveurs
du projet en quelques secondes. Espérons que c'est
là le début d'un système
opérationel qui pourra être utilisé comme
moyen d'alerte préalable!
Les administrateurs de QCN sont "également
heureux d'annoncer que les deux participants et leur ordinateur
portable vont bien!" :)
Notre Alliance Francophone qui avait toujours été en tête des équipes BOINC sur ce projet français, malgré les vaines tentatives passées de l'équipe Free-DC de nous devancer, vient déjà de perdre sa première place au « Formula BOINC 2008 » car SETI.USA a remporté plus de crédits que l'Alliance Francophone sur Proteins depuis le 1er janvier 2008.
Ceux qui ont un système d'exploitation Windows et qui veulent participer à cette mobilisation collective défensive sur Proteins doivent réagir rapidement car ce projet bio-médical est interrompu chaque année pendant plusieurs mois à partir du début de l'été, en raison de la fermeture de l'Ecole Polytechnique et pour analyser les résultats des calculs effectués.
Nous discutons de cela sur le forum de l'Allliance Francophone, sur ce topic, où vous pourrez en particulier découvrir comment les utilisateurs de Linux peuvent mettre des ordinateurs à calculer sur Proteins en suivant les conseils proposés par Timruff.
NB: Rappel de l'URL du projet pour s'inscrire: http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/
Alex Kan
vient de sortir ses nouvelles
applications optimisées, elles permettent de calculer les
unités SETI deux fois plus rapidement (on calcule par
exemple une unité en 1h18 contre 3h05 auparavant).
Ces nouvelles applications permettent
également de diviser par 2,75 l'utilisation
mémoire (on passe de 110 Mo à 40 Mo). Ces
optimisations sont
réservées aux processeurs sous Windows (32 ou 64
bits) qui gèrent au minimum les instructions SSE3. Toutes
ces applications v8.0 sont sans écran de veille, mais pour
suivre vos calculs, vous pouvez toujours utiliser le logiciel SETI@home-MapView
(historique des signaux crêtes,
gaussiens,
pulsés
et triples
découvert et leur localisation sur une carte du ciel).
Windows
32 bits(v8.0)
SSE4.1-Intel Penryn 45nm(miroir1, miroir2) (Intel Penryn gravés en 45 nm : E8190,
E8200, E8300, E8400, E8500, E8600, Q9100, Q9300, Q9450, Q9550, QX9650,
QX9770, QX9775,...)
SSSE3-Intel Core 2(miroir1, miroir2)
(Intel Core 2 Duo et Quad et Séries Xeon 5100)
SSE3(miroir1, miroir2) (Pentium
D, Celeron D, Pentium 4 après le Prescott, Xeon depuis
le Nocona, Intel Core,
Athlon 64 X2, Turion 64, Turion 64
X2)
SSE2
(miroir)
(Pentium 4 avant le Prescott,
Pentium M, Xeon avant le Nocona,
Core Solo, Ahtlon 64)
Windows
64 bits(v8.0)
SSE4.1, Intel64(miroir1, miroir2)
(Intel Penryn gravés en 45 nm :
E8190,
E8200, E8300, E8400, E8500, E8600, Q9100, Q9300, Q9450, Q9550, QX9650,
QX9770, QX9775,...) SSSE3, Intel64(miroir1, miroir2) (Intel Core 2 Duo et Quad et Séries Xeon 5100)
SSE3, AMD64 et Intel64(miroir1, miroir2)(Pentium
D, Celeron D, Pentium 4 après le Prescott, Xeon depuis
le Nocona, Intel Core,
Athlon 64 X2, Turion 64, Turion 64
X2)
(si le lien principal ne marche pas, essayez de
télécharger le fichier depuis l'un des deux sites
miroir)
L'application utilisée par PrimeGrid
pour rechercher des
nombres premiers jumeaux, LLR (TPS), intégre depuis hier un
écran de veille.
Si tout fonctionne correctement, cet écran de veille sera
par la suite étendu aux autres recherches en cours sur
PrimeGrid (Woodall, Cullen, Sierpinski et 3*2n-1)
Voici
la traduction de la page
de présentation du projet Fold it!
24 heures seulement après son lancement officiel dans la
presse anglophone, 10.000 joueurs se sont
déjà inscrits au programme Fold It!
L'adresse internet du projet : http://www.fold.it/
Pour rejoindre le groupe de recherche de l'Alliance Francophone : http://www.fold.it/portal/node/61909
Foldit
est un jeu révolutionnaire qui vous permet de
contribuer aux progrès scientifiques. Cette
page décrit le contenu scientifique du programme Foldit et
explique comment vous pouvez
contribuer tout en vous amusant.
Les
protéines sont les chevilles ouvrières dans les
cellules de
tous les êtres vivants. Votre corps est constitué
de plusieurs billions
de cellules de types variés : les cellules musculaires, les
neurones,
les cellules sanguines et bien d'autres. A l'intérieur de
ces cellules,
les protéines permettent à votre corps de faire
ce qu'il a à faire :
digérer les aliments pour fournir de l'énergie
aux muscles, transmettre
des signaux à travers votre cerveau pour contrôler
le reste du corps,
et transporter les nutriments à travers le
système sanguin. Il existe
des milliers de protéines différentes
même si elles
ont beaucoup de points communs. Par exemple, elles sont toutes
constituées de la
même façon
: les protéines sont des longues chaînes d'acides
aminés accrochés les
uns aux autres.
Que sont les
acides aminés ?
Les acides
aminés sont de petites molécules
constitués d'atomes de
carbone, d'oxygène, d'azote, d'hydrogène et de
soufre. Pour former une
protéine, les acides aminés s'associent les uns
aux autres pour former
une chaîne non ramifiée (la «
chaîne principale »), à la
manière d'une rangée
de
personnes se tenant par la main. De la même façon
que les pieds de ces
personnes sont « accrochés »
à la chaîne, chaque acide aminé a un
petit
nombre d’atomes (formant une « chaîne
latérale ») accrochés à la
chaîne
principale. Il existe 20 types différents d’acides
aminés qui diffèrent
entre eux par la nature des atomes constituant leurs chaînes
latérales.
Ces 20 acides aminés sont répartis en plusieurs
groupes d’après leurs
propriétés chimiques : acides ou basiques,
hydrophiles (attirés par l’eau) ou hydrophobes
(qui sont
repoussés par l’eau et attirés
par les molécules « grasses »)
Traductions de messages du projet BOINC PrimeGrid:
La série des challenges du projet PrimeGrid se poursuit. Vous êtes invités à unir vos efforts pour calculer le résultat de l'opération 3*2n-1 (programme de recherche « 321 Prime Search ») pour tous les n compris entre 4,4 millions et 5 millions et pourquoi pas découvrir un nombre premier approchant les 1,5 millions de chiffres.
Le challenge débutera avec les unités de travail téléchargées à partir de minuit, heure du temps universel le 15 mai 2008, donc à partir de 2 heures le 15 mai selon l'horaire légale d'été français.
La Série des Challenges PrimeGrid est un concours annuel basé sur les résultats de défis mensuels ou bi-mensuels. Le but de ces défis est de mettre en lumière un projet spécifique au sein de la famille des projets PrimeGrid, et d'offrir un peu plus d'émulation dans la compétition entre les participants de PrimeGrid. C'est aussi une occasion pour les inscrits de prendre plaisir à en apprendre davantage au sujet de chaque projet spécifique.
Des points seront accordés en fonction de chaque défi terminé avec un champion annuel (individuel et équipe) couronné à la fin de chaque année. Le site du projet propose un classement des équipes et des participants . Les points du challenge sont attribués en fonction de l'ordre d'arrivée au moment de la clôture de chaque défi.
Le jeu FoldIt! a été officiellement lancé ce jeudi, l'Université de Washington a publié un communiqué de presse qui a très vite été repris par la plupart des sites internet des grands journaux anglophones. Attendez-vous également à voir quelques articles sur FoldIt dans la presse francophone. Si c'est le cas, n'hésitez pas à le signaler dans les commentaires de cet article.
Pour participer à ce jeu : Il faut vous inscrire : http://www.fold.it/portal/user/register Ensuite il faut télécharger le programme (sous Windows XP, Vista, Mac OS X ou Linux grâce à WINE) qui fait ~50 Mo Une fois le logiciel téléchargé, il faut l'installer (fichier Fold It!.exe), lancer le programme, vous êtes accueilli avec un petite musique d'ambiance, vous pouvez vous identifier puis commencer à vous amusez. Vous avez le choix entre jouer en ligne ou hors ligne (si vous jouez hors ligne, vos meilleurs scores et vos résultats ne seront pas envoyés aux serveurs du projet, mais vous avez quand même la possibilité de sauvegarder votre partie à la fin du jeu). Ensuite vous pouvez débuter par un tutoriel avec 18 "puzzles" qui vous enseignent le fonctionnement du jeu (les indications sont données par un David Baker virtuel :) ou vous lancer directement dans le grand bain (Puzzle Compétitions). Les "puzzles" sont rangés par niveau (intermédiaire, avancé)
Pour l'instant tout est en anglais, mais on espère pouvoir traduire le logiciel en français le plus rapidement possible dès que l'on aura le feu vert des programmeurs du projet Attention, toutefois, les serveurs ont l'air d'être surchargés suite à l'engouement autour du projet. Donc les mises à jours peuvent durer assez longtemps. N'hésitez pas à rejoindre le groupe de recherche de l'Alliance Francophone : http://www.fold.it/portal/node/61909 (appuyer sur "join this group")
Voici à ce titre d'exemple une traduction (légèrement adapté) d'un article paru dans le journal TheEconomist (le titre de l'article est "Return to the fold" qui signifie "retour au bercail" mais également "retour au pliage")
"Il est certain que si votre but est de ressentir une montée d'adrénaline, mieux vaut vous orientez vers "Grand Theft Auto IV" plutôt que vers "foldit". Mais pour les personnes soucieuses de la résolution des grands problèmes scientifiques de ce siècle, le lancement d'un tetris 3D, qui donne la possibilité d'aider à modéliser un nouveau vaccin qui pourrait sauver des vies, est une énorme nouvelle.
Foldit! est le dernier avatar du projet Rosetta@home, un programme de calcul distribué qui tente de découvrir comment les protéines se replient. A l'intérieur de nos cellules, les protéines sont en quelque sorte les briques du vivant. Les protéines sont constituées de longues chaînes de molécules, et ne peuvent fonctionner correctement qu'une fois repliées dans leur forme finale. Cependant, la compréhension du processus de repliement des protéines reste le problème central de la biologie.
Le programme actuel, Rosetta@home, utilise des essais, des erreurs, et des règles mathématiques préalablement programmées. Mais les utilisateurs de l'écran de veille qui n'étaient pas encore entièrement comblés, mîrent au défi David Baker (biochimiste de l'Université de Washington et chef d'équipe du projet Rosetta@home) de faire encore mieux. C'est ainsi que le Dr Baker, Zoran Popoviv (un informaticien de l'Université de Washington) et les étudiants de troisième cycle Seth Cooper et Adrien Treuille se lancèrent dans la création d'un jeu vidéo assez complexe pour aborder le problème du repliement des protéines.
Fold it ! (pliez-la !)
Les joueurs utilisent leur ordinateur pour replier les protéines. Plus la structure chimique de la protéine repliée devient stable, et plus les joueurs sont récompensés. Lors des premiers tests du jeu, 40 protéines ont été distribuées à plusieurs milliers d'utilisateurs (pour tester le programme, les scientifiques du projet connaissaient déjà par avance les résultats du repliement). Durant ces tests, une bonne partie des joueurs qui se sont classés parmi les meilleurs ne faisaient pas partie de la communauté scientifique, mais ils ont été assez compétent pour trouver la structure attendue, et cela beaucoup plus rapidement que les ordinateurs ! La prochaine étape consistera à donner aux joueurs des protéines dont la structure repliée optimale n'est pas encore connue. Ils seront alors en mesure de mener une recherche à la pointe de la prédiction de la structure des protéines. Si tout va bien, le jeu se lancera dans la conception de nouvelles protéines dès cet été. Pour se faire, une option sera ajoutée, elle permettra aux joueurs de modifier en partie la protéine. Ceci pourrait permettre de modéliser une protéine capable de bloquer l'action d'un virus. Même si cela aura pour conséquence d'entrainer une remarquable décentralisation scientifique, les chercheurs indiquent qu'ils s'engagent formellement à partager la "gloire scientifique" avec les joueurs qui réaliseront des percées scientifiques. C'est ce qui pourrait placer les parents des jeunes "folditeur" devant un cruel dilemme : doivent t'ils dirent à leurs enfants de cesser de jouer à des jeux pour faire leurs devoirs, ou doivent t'ils au contraire les encourager à poursuivre leur jeu pour, peut être, pourquoi pas, partager le prix Nobel ?"
Alex Kan
vient de sortir ses nouvelles
applications optimisées, elles permettent de calculer les
unités SETI deux fois plus rapidement (on calcule par
exemple une unité en 1h18 contre 3h05 auparavant).
Ces nouvelles applications permettent
également de diviser par 2,75 l'utilisation
mémoire (on passe de 110 Mo à 40 Mo). Ces
optimisations sont
réservées aux processeurs sous Windows (32 ou 64
bits) qui gèrent au minimum les instructions SSE3. Toutes
ces applications v8.0 sont sans écran de veille, mais pour
suivre vos calculs, vous pouvez toujours utiliser le logiciel 
Le jeu FoldIt! a été officiellement lancé ce jeudi, l'Université de Washington a publié un communiqué de presse qui a très vite été repris par la plupart des sites internet des grands journaux anglophones. Attendez-vous également à voir quelques articles sur FoldIt dans la presse francophone. Si c'est le cas, n'hésitez pas à le signaler dans les commentaires de cet article.