29 Juin 2006

Aujourd'hui j'ai rencontré les personnes qui conçoivent les programmes de sciences des lycées et collèges publics pour discuter de la possibilité d'incorporer rosetta@home dans les cours de science. Je pense que participer à un vrai projet de recherche pourrait être plus inspirant que de juste apprendre de la théorie ; Je n'ais moi même presque jamais trouvé  les cours de science très amusant ou intéressant -- ce qui est passionnant c'est de découvrir les nouvelles choses davantage que d'apprendre des choses découvertes  il y a bien longtemps. Quoi qu'il en soit, ils étaient très intéressés et nous devrions avoir quelques projets pilotes dans ces écoles.

Ce message board a été ce qui m'a donné l'idée pour monter un tel projet -- il m'a été vraiment amusant et gratifiant d'essayer d'expliquer notre recherche et de répondre à toutes vos questions. En vue de rendre le projet plus éducatif, nous travaillons, avec l'aide d'un expert de Microsoft en la matière , pour accroitre la réotractivité avec vous les participants en ce qui concerne les résultats que vos propres ordinateurs calculent. Si tout va bien vous le découvrirez dans peu de temps.

28 Juin 2006

Repliement du protéome humain - Phase 2

La phase 2 du projet Repliement du protéome humain (HPF2) continue à partir du point d'arrêt de la première phase. Les deux principaux objectifs de ce projet sont les suivants : 1) obtenir des structures de résolution supérieure pour certaines protéines humaines et certaines protéines pathogènes et 2) explorer plus en avant les limites de la prévision des structures protéiniques en continuant à développer la prévision de structures avec le logiciel Rosetta. Le projet répondra ainsi à deux impératifs parallèles très importants, l'un biologique et l'autre biophysique. Le projet, qui a été commencé à l'Institute for Systems Biology (ISB) et se poursuit désormais au département de biologie et de science informatique de l'Université de New York, va perfectionner les structures obtenues lors de la première phase, à l'aide du logiciel Rosetta qui sera utilisé dans un mode permettant un degré de détail atomique plus poussé. L'objectif de la première phase était de comprendre la fonction des protéines. Celui de la seconde phase est d'augmenter la résolution des prévisions d'un certain sous-ensemble de protéines humaines. Une meilleure résolution est importante pour de nombreuses applications, y compris, mais de façon non restrictive, le filtrage virtuel des cibles médicamenteuses avec des procédures d'assemblage et de conception moléculaire. En étudiant plusieurs protéines bien connues du World Community Grid (par exemples les protéines de la levure), la seconde phase permettra aussi de mieux comprendre la physique de la structure protéinique et de faire progresser la prévision des structures protéiniques. Cette nouvelle phase aidera également la communauté des développeurs Rosetta à continuer à perfectionner le logiciel et la fiabilité de ses prévisions. HPF2 étudiera tout spécialement les protéines sécrétées par l'organisme humain (protéines du sang et des espaces inter-cellulaires). Ces protéines sont importante pour la transmission de signaux entre les cellules et sont souvent des marqueurs essentiels utilisés pour le diagnostic. Ces protéines sont même utilisées comme médicaments sous forme synthétisée, pour le traitement de patients ayant des carences protéiniques. Les exemples de protéines sécrétées par l'organisme humain qui ont été transformées en traitements thérapeutiques sont l'insuline et l'hormone de croissance humaine. La compréhension du fonctionnement de ces protéines humaines aidera les scientifiques à découvrir le fonctionnement des protéines dont le rôle est encore inconnu dans le sang et dans les autres fluides interstitiels. Le projet étudiera également les principales protéines pathogènes sécrétées. Bien que sa conception en soit encore à ses premiers balbutiements, le projet HPF2 étudiera probablement le plasmodium, l'agent pathogène responsable de la malaria. Les chercheurs espèrent qu'une meilleure résolution de la structure des protéines secrétées par la malaria servira comme infrastructure bio-informatique pour d'autres chercheurs qui travaillent dur à travers le monde pour comprendre les intéractions complexes entre les hôtes humains et les parasites de la malaria. Même s'il n'y a pas à ce jour de résultats concluants et même si la biologie est l'une des disciplines les plus complexes qui soient, les scientifiques pensent que ce travail aidera les biologistes à comprendre des éléments de cette interaction hôte-pathogène ou du moins ses composants. Les chercheurs communiqueront leurs résultats à la communauté scientifique et collaboreront avec celle-ci pour visualiser, utiliser et perfectionner les données obtenues. Les conclusions de leurs travaux pourront éventuellement servir de base à une intervention. Enfin, ce projet se raccroche aux initiatives de la NYU et de l'ISB en faveur d'une médecine personnalisée prévisionnelle et préventive, sur la base de l'hypothèse que ces protéines sécrétées seront des éléments fondamentaux de cette médecine de demain. Il est encore trop tôt pour dire quelles sont les protéines qui deviendront des biomarqueurs (c'est-à-dire des substances parfois présentes en quantité accrue dans le sang, dans d'autres fluides corporels ou dans des tissus et qui indiquent la présence de certains types de cancers). Il est néanmoins clair que beaucoup d'entre elles seront des protéines sécrétées. Comme lors de la première phase du projet, la puissance du World Community Grid jouera un rôle crucial pour transmettre rapidement les résultats aux communautés biologiques et biomédicales. Pour plus d'informations sur le projet du repliement du protéome humain, cliquez ici .

Une bonne part de ce nouveau projet qui me tiens à coeur tiens dans sa composante communication, comme c'est la communauté qui participe au travail il est tout à fait normal que la plupart d'entre vous aient envie de savoir ce que nous faisons… c'est à dire d'être tenu au courant de l'avancé de la recherche, mais je pense que je peux faire un peu plus pour expliquer la partie en cours de mon travail avant que le projet soit terminé à 100%

Comme le lancement de la HPF2 est encore récent, vous pouvez me poser des questions sur le contenu de la description du projet qui vous semble un peu trop technique où sur le jargon employé.

En outre vous pouvez me demander d'appronfondir certaines parties pour lesquelles nous ne sommes pas entré dans les détails

Je peux travailler avec les gens d'IBM ou sur mon propre site Web pour vous donner ces descriptions, détails et justifications additionnels mais j'ai besoin d'interactions avec vous tous pour m'aider à évaluer le niveau de détail désiré.

Les suggestions sont à donner sur ce fil de discussion