Le site "Top500
supercomputer" vient de publier le palmarès
semestriel des 500 supercalculateurs les plus puissants au Monde
(Novembre
2008). Voici donc un petit comparatif entre les 33
supercalculateurs les plus puissants au Monde et les projets
de calcul
partagé (grilles de calcul bénévoles).
Légende
: En vert, les projets non BOINC
(Folding@home), en violet les projets BOINC et en noir les
supercalculateurs. Les pourcentages
correspondent à l'augmentation de la puissance de calcul sur
une période de 5 mois (depuis le comparatif
du 20 juin)
Rappel : 1 TeraFLOPS = 1012
FLOPS
soit mille milliards d'opérations à virgule
flottante par seconde.
L'Alliance
Francophone, une Communauté pour la Science
Des
machines
toujours plus puissantes, des capacités de stockage
impressionnantes, des vitesses de connexion en augmentation constante,
les progrès de l'informatique de ces dernières
années sont réels. Cependant la
majorité du temps vous n'utilisez qu'une partie infime de
cette puissance, alors qu'elle permettrait des progrès
énormes dans de nombreux domaines de la recherche
scientifique publique et universitaire.
Vous
pouvez dès maintenant et en quelques clics faire participer
votre ordinateur à l'une des plus belles aventures de ce
début de XXIème siècle. Pour cela, il
vous suffit d'installer
Boinc (logiciel libre). Puis de choisir un projet en cliquant
ci-dessous sur une des images représentant le domaine de
recherche qui vous intéresse plus
particulièrement.
Aujourd'hui,
BOINC c'est 600 000 ordinateurs participant activement aux
avancées de la science et totalisant une puissance moyenne
de calcul de plus de 1,2 PetaFLOPS (soit plus d'un million de milliards
(1015)
d'opérations
à virgule flottante par seconde).
400.000
nouvelles séquences génomiques en provenance de
la base de données Ensembl
vont être analysées ce mois-ci sur Simap. Elles
viennent s'ajouter aux 150.000 séquences issues des bases de
données PDB, RefSeq
et Uniprot.
Toutes ces séquences seront comparées par rapport
à l'intégralité des
séquences (18 millions) archivées dans la base
de données SIMAP.
Ensembl est un système bio-informatique d'annotation
automatique de
génomes géré conjointement par l'Institut européen de
bio-informatique et l'institut Wellcome Trust Sanger.
L'idée
centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique
autour de séquences génomiques. Pour chaque
génome analysé, Ensembl tente d'identifier par un
processus automatique l'ensemble des gènes qu'il contient.
Il s'appuie pour cela sur des données de
séquences existantes (ARN, protéines), qu'il
"raccroche" sur le génome, pour en déduire la
structure des gènes. Sur cette première strate
d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va
ajouter d'autres éléments (les variations
communes, les éléments régulateurs des
gènes, des informations sur les protéines
codées par les gènes, des annotations externes
à travers le Distributed
Annotation System, les
gènes similaires à d'autres organismes, les
maladies génétiques et les syndromes cliniques
reliés à ce gène) - voir l'article
wikipédia
Au vu des calculs à effectuer, des unités SIMAP
devraient être disponibles pendant toute cette semaine,
ensuite il faudra attendre le 1er juillet pour charger de nouvelles
unités.
PrimeGrid: L'Alliance Francophone remporte le « Drive for Five »
L'Alliance Francophone a perdu d'une très courte tête son raid (défensif) d'été sur le projet biologique Proteins face à l'équipe Seti.USA, mais elle a remporté le challenge de mai du projet de mathématiques PrimeGrid.
Voici la traduction d'un des messages (en date du 1er juin) de John, modérateur sur le forum du projet PrimeGrid:
Le drapeau à damier est de sorti (merci à Pschoefer) ... et le challenge du « Drive for Five » a pris fin. Malheureusement, aucun nombre premier de plus d'un million de chiffres (Mega Prime) n'a été trouvé. Toutefois, une grande quantité de travail a été effectuée. Voici quelques statistiques:
Unités de travail :
29.056 préparées 22.512 envoyées 6.544 restant à calculer
255 équipes et 1681 personnes ont participé.
Les points attribués lors de ce Challenge restent encore non officiels pour le moment, un peu de temps est nécessaire pour attendre la fin du "double contrôle" des unités actuellement en cours. Félicitations à L'Alliance Francophone qui se classe première des équipes ainsi qu'à un de ses membre qui se place sur la plus haute marche du podium des participants. Rappelez-vous que les 40 premiers participants de ce challenge remportent des points.
Nouvelle application sur le projet "Virtual Prairie"
La
programmatrice du projet Virtual
Prairie,
Malek Smaoui
(diplomée de l'Ecole Polytechnique de Tunisie et doctorante
à l'Université de Houston) a
développé
une nouvelle application (version
0.09) qui résout en totalité le
problème
d'utilisation intensive de la mémoire vive (l'ancienne
application pouvait utiliser jusqu'à 900 Mo de ram par
unité calculée)
Les nouvelles unités distribuées sont
légèrement plus
longues (5 minutes 30 sur un Core 2 Quad Q6600) et l'application
n'utilise plus que 3,5 Mo de mémoire vive. Il est donc
maintenant possible de participer au projet même avec les
plus
petites configurations.
Pour rappel, Virtual
Prairie est un projet commun aux Universités
de Rennes 1 et de Houston. Les unités calculées
modélisent une prairie virtuelle pour comprendre le
comportement et les intéractions des différentes
espèces d'une prairie lorsque celle-ci doit faire face
à un stress (tonte récurrente,
pâturage,...). Les débouchés
de cette recherche sont multiples, ils vont de la conception d'une
prairie à haute valeur agronomique à la
préservation des écosystèmes en
passant par l'utilisation des prairies mixtes humides pour produire des
biocarburants avec un rendement supérieur aux
agro-carburants issus du maïs ou du soja.
Les responsables du projet sont Marc Garbey,
un ancien élève des Universités de
Lyon 1, de Grenoble et de l'Ecole centrale de Lyon et actuellement
maître de conférence à
l'Université de Houston (voir
son CV) et Cendrine
Mony, maître de conférence à
l'Université de Rennes 1.
URL du projet : http://vcsc.cs.uh.edu/virtual-prairie/
Le calcul des similarités et caractéristiques d’environ 180 000 nouvelles séquences importées en mai 2008 des bases de données PDB, RefSeq et Uniprot commencera dans la soirée (UTC) du 1er juin.
Devenir un expert du repliement des protéines en 4 leçons
17-05-2008 23:39Svenn, Heyoka et ModestiPublié dans Actualités, Biologie
Fold it! vient de distribuer de nouveaux puzzles qui correspondent aux cibles du CASP, la compétition internationale de repliement des protéines. Le concours CASP est l'occasion ou jamais de comparer l'intelligence des plus de 20.000 joueurs sur Foldit par rapport aux algorithmes écrits par des centaines de groupes de recherches à travers le monde. L'Alliance Francophone compte actuellement 36 membres sur Foldit (cliquez ici et Join this Group pour nous rejoindre) Dans cet article, vous trouverez la traduction des commandes du jeu et du tutorial proposé au début du jeu. Pour finir, vous pourrez lire les conseils de Svenn (actuellement l'un des meilleurs joueurs de l'Alliance Francophone). Tous ces éléments pourront, je l'espère, vous permettre de mieux comprendre le jeu et d'améliorer vos techniques de repliement. Ensuite, avec de l'entraînement vous apprendrez à mettre en place vos propres stratégies de repliement qui vous permettront de vous hisser dans les toutes premières places du classement.
400.000
nouvelles séquences génomiques en provenance de
la base de données 
La
programmatrice du projet 
Fold it! vient de distribuer de nouveaux puzzles qui correspondent aux cibles du 
