L'Alliance
Francophone, une Communauté pour la Science
Des
machines
toujours plus puissantes, des capacités de stockage
impressionnantes, des vitesses de connexion en augmentation constante,
les progrès de l'informatique de ces dernières
années sont réels. Cependant la
majorité du temps vous n'utilisez qu'une partie infime de
cette puissance, alors qu'elle permettrait des progrès
énormes dans de nombreux domaines de la recherche
scientifique publique et universitaire.
Vous
pouvez dès maintenant et en quelques clics faire participer
votre ordinateur à l'une des plus belles aventures de ce
début de XXIème siècle. Pour cela, il
vous suffit d'installer
Boinc (logiciel libre). Puis de choisir un projet en cliquant
ci-dessous sur une des images représentant le domaine de
recherche qui vous intéresse plus
particulièrement.
Aujourd'hui,
BOINC c'est 600 000 ordinateurs participant activement aux
avancées de la science et totalisant une puissance moyenne
de calcul de plus de 1,2 PetaFLOPS (soit plus d'un million de milliards
(1015)
d'opérations
à virgule flottante par seconde).
Tous les molly amazones sont des
femelles
(image : Dunja K Lamatsch)
Le molly
amazone
(Poecilia formosa) a longtemps
été soupçonnée
d'être une espèce menacée d'extinction
par le cliquet de
Müller [1].
Evolution@home
vient de découvrir qu'il existe un
paradoxe du déclin génomique chez ce poisson. La
recherche des processus qui maintiennent en vie ce poisson prend donc
toute son importance.
Le molly amazone (une espèce de poisson qui a la
particularité de n'être composée que de
femelles) interagit avec des mâles appartenant à
d'autres
espèces pour se reproduire (P.
latipinna ou le molly voile). Le sperme de
ces
poissons mâles active le développement de
l'embryon,
mais en général, l'ADN du mâle n'est
pas transmis
à la progéniture. La descendance
n'hérite que des
gènes de la mère. Les rares fois où
l'ADN du
mâle pénètre dans l'ovule, l'embryon hérite comme dans tout processus de fécondation de chromosomes différents, mais les
mécanismes normaux de recombinaison
génétique sont
toujours absent. Aussi, d'un point de vue évolutif, le molly
amazone devrait
ressembler à tous les autres organismes asexués
qui n'admettent aucune
recombinaison génétique.
Lorsque des êtres vivant se reproduisent sans l'existence
d'individus du sexe opposé, le cliquet de Müller
devrait
entrainer une lente dégradation du génome. En
effet, au
fil des générations, la descendance accumule des
mutations légèrement défavorables
(délétères) dans
son ADN. Ces
espèces rencontrent alors des problèmes pour se
reproduire
avant de disparaître définitivement (extinction
pure et simple
de
l'espèce).
Les chercheurs pensent que le molly amazone est
apparue il y a 70.000 ans lorsque une hybridation entre deux
espèces sœurs sexuées enfanta le
génome d'une espèce
que nous appelons aujourd'hui le molly amazone. Cette espèce
compterait aujourd'hui 100.000 individus, ils vivent tous dans un petit
territoire qui s'étend du fleuve Rio Nueces
au sud est du Texas jusqu'à l'embouchure du Rio Tuxpan
dans le nord est du Mexique
MalariaControl.net : deux articles scientifiques sont en préparation
L'analyse des
données issues des calculs des
premiers
modèles prédictifs de l'application malaria est
maintenant terminée (résultats des
modèles 105 - wu_105* - à 110 et 140 à
149). Les résultats sont présentés
dans un
article scientifique qui a été
communiqué à une revue scientifique. Pour ceux
qui ne sont pas encore familiarisés avec la
pratique scientifique, l'article va maintenant suivre la
procédure habituellement suivie pour partager ses
découvertes
avec l'ensemble de la communauté scientifique. C'est
à dire que balle est maintenant dans le camp du
rédacteur de la revue qui décidera si les
résultats sont suffisamment intéressants pour
être publiés. Si tel est le cas, l'article sera
communiqué à d'autres spécialistes du
paludisme et
à des mathématiciens
spécialisés dans la programmation de
modèles. Ces scientifiques reliront l'article
pour évaluer son sérieux scientifique et
apporter
les corrections nécessaires.
Si ils jugent que la méthodologie est pertinente, l'article
sera publié. Nous vous tiendrons au courant du
déroulement de cette procédure.
Entre-temps, l'équipe de l'Institut
Tropical Suisse
spécialisé dans le développement et
l'application des statistiques
spatiales dans le domaine de l'épidémiologie
a soumis à la publication un article qui présente
les résultats obtenus avec l'application mappredictor.
Encore une fois, nous vous tiendrons au courant du cheminement de cette
publication.
Le développement du projet de lutte contre la dystrophie musculaire se poursuit
Message
publié sur le forum
du projet (anglais) Voici le compte rendu
des développements du projet de lutte contre la dystrophie
musculaire. - Nous optimisons le
code de l'application MAXDO (c'est le programme qui effectuera les
calculs sur la grille). Le code de l'application MAXDO a
été optimisé pour que les
récepteurs et les ligands des protéines soient
maintenant étudiés parallèlement au
processus de minimisation de l'énergie. En
conséquence, l'amarrage moléculaire
(docking) de deux protéines sera environ 4 à 5
fois plus rapide par rapport à l'ancienne version du
programme.
- Nous
terminons l'implémentation et l'optimisation de JET (le
programme qui permet de prédire la position des sites de
liaisons à la surface des protéines) qui
fonctionnera en interaction avec l'application MAXDO. En raison de
l'importante puissance informatique qu'exige le docking
moléculaire, il est important de réaliser les
prédictions avec JET avant d'effectuer les calculs
avec MAXDO. La prédiction préalable des sites de
liaison à la surface des protéines permettra de
réduire considérablement la surface de la
protéine qui sera examinée par MAXDO sur vos
ordinateurs.
L'analyse des grilles de Sudoku avec 12 dévoilés touche à sa fin
Plus aucune
unité n'est distribuée depuis lundi sur le projet
Sudoku.
L'explication est très simple puisque nous arrivons
au terme de l'analyse de l'ensemble des grilles de Sudoku classiques (9
x 9 cases) admettant 12 amorces (c'est à dire 12 cases
pré-remplies au début du jeu). L'analyse
des résultats de cette phase de calcul est actuellement en
cours, mais pour l'instant aucune des grilles n'aboutit à
une solution unique. L'examen des calculs effectués précédemment
devrait permettre à Bernhard
Kornberger (directeur de recherche à l'université
des technologies de Graz) de cibler les grilles avec 12 amorces qui
n'ont pas encore été calculées, de
nouvelles unités vont donc être
distribuées à partir de la semaine prochaine. Les
calculs devraient encore durer quelques semaines pour terminer
complètement l'analyse des grilles avec 12 cases
dévoilées.
Ensuite, le projet se lancera dans l'analyse des grilles de Sudoku
admettant 13 amorces. Dans l'état actuel des connaissances,
toutes les grilles de Sudoku
dites "minimales" qui garantissent une solution unique
débutent avec 17
cases dévoilées.
En attendant, les participants au projet pourront se reporter sur
Rectilinear
Crossing Number, le second projet de Bernhard, qui tente de
découvrir la disposition optimale de 20 points dans un graphe complet
(c'est à dire l'arrangement spatial qui minimise le nombre
d'intersections entre les droites qui relient chaque point aux 19
autres). Le projet devrait bientôt entamer la
série de calcul W7.
400.000 nouvelles séquences issues de la base Ensembl à analyser sur SIMAP
400.000
nouvelles séquences génomiques en provenance de
la base de données Ensembl
vont être analysées ce mois-ci sur Simap. Elles
viennent s'ajouter aux 150.000 séquences issues des bases de
données PDB, RefSeq
et Uniprot.
Toutes ces séquences seront comparées par rapport
à l'intégralité des
séquences (18 millions) archivées dans la base
de données SIMAP.
Ensembl est un système bio-informatique d'annotation
automatique de
génomes géré conjointement par l'Institut européen de
bio-informatique et l'institut Wellcome Trust Sanger.
L'idée
centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique
autour de séquences génomiques. Pour chaque
génome analysé, Ensembl tente d'identifier par un
processus automatique l'ensemble des gènes qu'il contient.
Il s'appuie pour cela sur des données de
séquences existantes (ARN, protéines), qu'il
"raccroche" sur le génome, pour en déduire la
structure des gènes. Sur cette première strate
d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va
ajouter d'autres éléments (les variations
communes, les éléments régulateurs des
gènes, des informations sur les protéines
codées par les gènes, des annotations externes
à travers le Distributed
Annotation System, les
gènes similaires à d'autres organismes, les
maladies génétiques et les syndromes cliniques
reliés à ce gène) - voir l'article
wikipédia
Au vu des calculs à effectuer, des unités SIMAP
devraient être disponibles pendant toute cette semaine,
ensuite il faudra attendre le 1er juillet pour charger de nouvelles
unités.
La vidéo
de
présentation du projet
L'analyse des
données issues des calculs des
premiers
modèles prédictifs de l'application malaria est
maintenant terminée (résultats des
modèles 105 - wu_105* - à 110 et 140 à
149). Les résultats sont présentés
dans un
article scientifique qui a été
communiqué à une revue scientifique. Pour ceux
qui ne sont pas encore familiarisés avec la
pratique scientifique, l'article va maintenant suivre la
procédure habituellement suivie pour partager ses
découvertes
avec l'ensemble de la communauté scientifique. C'est
à dire que balle est maintenant dans le camp du
rédacteur de la revue qui décidera si les
résultats sont suffisamment intéressants pour
être publiés. Si tel est le cas, l'article sera
communiqué à d'autres spécialistes du
paludisme et
à des mathématiciens
spécialisés dans la programmation de
modèles. Ces scientifiques reliront l'article
pour évaluer son sérieux scientifique et
apporter
les corrections nécessaires.
Message
d'
400.000
nouvelles séquences génomiques en provenance de
la base de données 