L'équipe du projet Rosetta@home participe actuellement à la première compétition pour modéliser la structure d’un important récepteur biologique. Cette protéine est beaucoup plus grosse que toutes les autres cibles présentées à ce jour et les calculs devraient durer environ 3h par modèle sur une machine normale. Le nom des unités commencera par « AA2A ». Si vous avez une préférence de temps de calcul courte (Target CPU run time) et que vous remarquez que ces unités mettent plus de temps, ne stoppez pas le calcul.

CASP (Evaluation des techniques de prévision de la structure des protéines)

La 8 ème édition du concours international de prédiction du repliement des protéines (concours CAPS8) s'est terminée le mois dernier. La structure de la plupart des protéines distribuées lors de ce challenge ont été rendus publiques (voir ici). Les scientifiques comparent actuellement les structures réelles avec les meilleures structures prévues par les calculs des différents groupes de recherches. Dès le 3 septembre, David Baker a souligné la très bonne qualité de certaines prévisions réalisées sur rosetta@home, il espère que les résultats seront aussi bons que lors de la 7ème édition du concours CASP. David Baker et son équipe (groupe TS020) s'étaient alors très nettement démarqués des 250 autres participants en réalisant le plus grand nombre de meilleures prévisions (Voir : Assessment of CAPS7 structure predictions for template free targets)
Ceux qui ont participé à cette dernière édition se souviennent très certainement que les résultats ne seront communiqués qu'au cours de la réunion CASP de décembre. Ce n'est qu'après cette réunion, que l'on pourra comparer les prévisions faites sur vos ordinateurs avec les prévisions réalisées par les 220 autres groupes de recherches qui ont pris part, cette année, à cette expérience scientifique internationale.

Du coté des nouveautés, David Kim a réalisé un travail incroyable sur l'écran de veille de l'application mini-rosetta. L'esthétique des graphismes égale quasiment la qualité de la finition de la précédente application. Les efforts se concentrent actuellement sur l'automatisation de toutes les nouvelles techniques qui ont été utilisées lors du concours CASP8. L'objectif serait de pouvoir générer automatiquement des structures aussi précises que celles qui ont été produites durant le concours CASP8. Comme vous pouvez l'imaginer, cette nouvelle technique exigera de nombreux tests d'étalonnage.


Autre nouvelle

Un membre de l'Alliance Francophone, [AF>France>Est>Alsace] Thierry, a réalisé la meilleure prévision pour la journée du 15 septembre suite au calcul de l'unité t466__CASP8_JUMPAB_CROSSBETA_SAVE_ALL_OUT_SELECT_BARCODE_hom001__4216_0 (historique des meilleures prévisions du jour). Félicitation Thierry.