Progression de la recherche d'une nouvelle variété de riz

Le projet "Du riz pour l'humanité" a pour but d'améliorer le rendement, la qualité nutritionnelle du riz par l'utilisation de la technique dite d'hybridation intelligente ou de sélection assistée par marqueurs.

La recherche qui consiste à étudier plus de 40.000 protéines du riz, pourrait se terminer dans un peu plus de 6 mois, en Juin 2009 selon les prévisions de Sekerob. A ce jour, 50,59 % de la totalité des calculs ont déjà été effectués.

Les scientifiques du projet continuent de recevoir d'excellents résultats suite aux calculs effectués sur la grille de la communauté mondiale. 10 Go (dix milliards d'octets) de fichiers compressés au format .bz2 sont nécessaires pour sauvegarder les structures prédites à partir de 100 protéines.

Jusqu'à présent, un Teraoctet (envrion mille milliards d'octets) de données ont été collectées, et il reste encore beaucoup à faire. En vue de faire face à ce grand nombre de résultats, les efforts ont actuellement pour but de faire de la place pour le stockage des données et optimiser le code de l'application utilisée pour partitionner les données (regrouper un ensemble de données en différents paquets homogènes, pour que les données de chaque sous-ensemble partagent des caractéristiques communes) . Davantage de détails seront fournis prochainement.

Statut et résultats du projet :

Pour vous permettre de visualiser le travail effectué, chaque protéine est représentée sur l'image ci-dessous par un point de couleur dans une grille de 200x200. Les couleurs indiquent le statut de chacune des protéines (environ 40.000 protéines sont étudiées par le projet, 100.000 structures en trois dimensions seront générées pour chaque protéine).

L'image fixe a été remplacée par une animation pour représenter la progression du projet. Chaque image représente un moment où un nombre important d'unités ont été soumises.

Calculé   En cours de calcul   Non encore traité

La National Science Foundation, une importante source de financement pour le projet "Du riz pour l'humanité", a récemment réalisé une vidéo avec les deux principaux chercheurs du projet :

Entretien avec la National Science Foundation (en anglais)

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