WCG : à propos du retard du passage HPF1/HPF2

Voilà une traduction du message posté par rbonneau (scientifique du projet Human Proteome Folding ) sur le message board de WCG

La transition de HPF1 vers HPF2 associé au fait que HPF1 continue à tourner, semble porter à confusion (pour certains grideurs). Puisque la grille se met entièrement à la disposition des crunchers qui calculent pour une (bonne) cause, je pense que je vais poster une réponse et une explication :

Tout d'abord.

Tout le travail effectué lors de la phase HPF1 est réel et sera ajouté à la base de données pour les biologistes.
Ceci dit, je comprends pourquoi vous pouvez penser que l'on tue le temps (à rien faire), je vais donc expliquer (ce qui se passe)

Nous disposions de 100 génomes à calculer (humains et d'autres organismes qui interagissent avec les humains comme les agents pathogènes).

Pendant que nous passions une année à calculer, les personnes qui mettent à jour de nouveaux gènes ont avancé dans leur travail. Ainsi, ils ont séquencés un groupe de nouveaux génomes de mammifères (comme l'éléphant, l'ornithorynque et le chat) et ils ont découvert de nouveaux gènes humains (de nouveaux génomes à comparer + de meilleures techniques = nouveaux gènes que nous pensions être de l'ADN inactif).
(Allez voir le labo de ce gars pour avoir une idée de la façon dont ces nouveaux gènes sont découverts :
http://genes.cs.wustl.edu/BrentLab/MB-Lab-index.html
http://genes.cs.wustl.edu/BrentLab/MB-Lab-research.htm )

Donc ce M. Brent, nous a donné ,un groupe de nouveaux gènes et des gènes probables, à calculer.

D'autre part, des scientifiques d'un peu partout dans le monde, sont venus nous voir en disant "et ce virus, et le riz, les gens mangent du riz et ils meurent de faim, et ce nouveau type de malaria, et à propos de ce Tatou qui est le seul autre animal à avoir cette maladie ... " et ainsi de suite. Tous ces gènes sont extrêmement importants, donc j'ai demandé à IBM de me laisser continuer les recherches.

En outre, les séquenceurs passent leur temps à séquencer des gènes intéressants/de grande importance et qui alimentent constament la base de donnée.

Donc pour finir, nous avons atteint notre but initial, mais IBM a été assez sympathique pour me laisser étendre le champ de recherche et inclure plus de gènes qui sont soit des nouveaux gènes humains soit des nouveaux gènes d'organismes ayant un grand intérêt.

Tout le travail fait sur HPF1 est réel est ira dans la base de données mise à disposition des biologistes.
Aucun travail actuellement sur la grille n'est un test de puissance, ou un test de programme, ou un amusement quelconque.

HPF2 sera différent (plus précis) car nous essaierons de nous concentrer sur les gènes de la malaria et les gènes humains dissimulés. (et ça sera tout)(HPF2 calcule tellement de structures par gène que cela prendra du temps à tel point que les 5000 gènes représenteront l'intégralité du projet).

Merci pour votre participation.

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