La séquence d'acides aminés d'une
protéine détermine sa structure
tri-dimensionnelle, ou "repliement". Inversement, le repliement est
compatible avec un nombre grand mais limité de
séquences. Identifier ces séquences pour un
repliement donné, c'est le "problème inverse du
repliement". Nous sommes en train de le résoudre pour un
grand nombre de repliements connus (un sous-ensemble
représentatif, soit 1500 repliements). L'étape la
plus coûteuse consiste à contruire les fonctions
d'énergie décrivant chaque repliement. Pour
chaque repliement, nous considérons toutes les
séquences d'acides aminés possibles.
Paradoxalement, c'est faisable du point de vue du temps de calcul,
parce que nos fonctions d'énergie sont des "fonctions de
paires" (une somme d'interactions entre paires d'acides
aminés). Les fonctions d'énergie construites,
nous pouvons explorer l'espace des séquences possibles
rapidement et efficacement, et retenir les plus favorables. Cette
"cartographie" à grande échelle de l'espace des
séquences de protéines aura des applications pour
la prédiction de structures et de fonctions de
protéines, pour comprendre l'évolution des
protéines, et pour concevoir de nouvelles
protéines. En vous inscrivant, vous aiderez à
construire les fonctions d'énergie et vous ferez avancer un
problème important de biotechnologie. Pour plus
d'informations, voir la documentation technique ou
contactez-nous par les Questions-réponses .
Cet article a été publié le 18-07-2006 21:03. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 21-09-2008 23:18
Vos commentaires (2)
Posté par Guepi 21-05-2008 11:44,
Dommage pour un client Linux
Voilà ! Hier, j'ai compris pourquoi le logiciel BOINC ne pouvait pas lancer de calcul sur la machine de la FAC ... Nous sommes sur une distribution GNU/Linux, et donc, proteins@home ne fonctionne pas dessus.
Il y a bien la possibilité de calculer par le truchement de Wine, mais ce logiciel n'est pas installé dans les salles de TP.
Donc pas d'unité proteins@home pour moi sur les bêtes de courses de la FAC.
C'est reparti!
Après y avoir participé un petit moment, je viens de voir que le projet vient de repartir aujourd'hui même, mardi 29 Janvier 2008. Il n'y a déjà plus d'unités à calculer au moment où je poste ce message mais les pages d'accès sont accessibles. Le redémarrage se fait en douceur.
