SIMAP : l'application Hmmer

L'application Hmmer sera mise en service dès demain : la matrice de similitudes du projet SIMAP est actuellement à jour. En raison de la puissance de calcul mise en oeuvre sur BOINCSIMAP nous avons finis les calculs pour la totalité des extensions et mises à jour. Cependant plusieurs anciennes parties de SIMAP (calculées durant la période pre-BOINC avec une ancienne application FASTA contenant quelques bugs) pourraient être recalculées pour s'assurer de l'exactitude des données. Maintenant nous allons lancer une nouvelle partie du projet avec une recherche sur les domaines protéiques. Les prévisions du domaine des protéines sont nécessaires pour comprendre les propriétés fonctionnelles et structurales des protéines et ont donc une grande importance en bio-informatique. Nous projetons de pré-calculer des domaines de protéine pour toutes les protéines présentes dans la base SIMAP et de maintenir cette base de données à jour. La nouvelle application hmmer exécute les calculs nécessaires sur la base de «Modèles de Markov cachés » (HMMs). Cette application a été examinée de très prêt pendant ces 6 derniers mois. Récemment nous l'avons examinée en ligne dans notre projet BOINC en utilisant des unités d'essai. Tous les essais se sont bien passés, ainsi nous commencerons à distribuer des unités de calcul pour hmmer dès demain. Pour toutes questions veuillez vous reporter sur notre toute nouvelle FAQ du projet et sur la description en détail du projet qui viennent d'être toutes les deux mise à jour, et qui sont accessibles (en anglais) à partir de la page d'accueil du projet.

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