Désolé, j'ai vu ce fil de discussion seulement aujourd'hui. Nous avons choisi FASTA du fait de sa meilleure précision par rapport à BLAST quand ktup=1 (on utilise ktup=1 pour comparer
la même séquence et la même banque ) . C'est ce que nous faisons avec les unités SIMAP. Nous stockons dans notre base de données l'Alignement local
de Smith-Waterman pour chaques pics trouvés par FASTA , celui-ci est équivalent au meilleur HSP de Blast (
High-scoring Segment Pair) . Ainsi si vous avez n'importe quel besoin de BLASTP comme pour l'alignement des données des protéines connues, contactez-moi. Ce serait bien d'établir une coopération entre deux projets BOINC.
Oui, nous avons examiné les possibilités de coopération entre les 2 projets. Il est pour l'instant peu clair de savoir si les données de SIMAP seront utiles pour Rosetta. Ce n'était jusqu'alors pas encore le cas, car seule les similitudes avec une petite base de données de protéine (PDB) étaient nécessaires et elles pouvaient être calculée plus rapidement que ce que nous faisions sur SIMAP. Mais ils essayent en ce moment de développer cette recherche de similitude. J'attends une réponse pour savoir si celà peut être fait. Les meilleures salutations Thomas
Cet article a été publié le 26-10-2006 14:04. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 25-09-2008 20:10
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