Deux messsages du Dr Rattei, scientifique du projet Simap, dans lesquelles il évoque la possibilité d'une coopération entre les 2 projets

Sur le forum de Rosetta, le 6 Septembre 2006

Désolé, j'ai vu ce fil de discussion seulement aujourd'hui. Nous avons choisi FASTA du fait de sa meilleure précision par rapport à BLAST quand ktup=1 (on utilise ktup=1 pour comparer la même séquence et la même banque ) . C'est ce que nous faisons avec les unités SIMAP. Nous stockons dans notre base de données l'Alignement local de Smith-Waterman pour chaques pics trouvés par FASTA , celui-ci est équivalent au meilleur HSP de Blast ( High-scoring Segment Pair) . Ainsi si vous avez n'importe quel besoin de BLASTP comme pour l'alignement des données des protéines connues, contactez-moi. Ce serait bien d'établir une coopération entre deux projets BOINC.

Cordialement, Thomas Rattei, SIMAP et BOINCSIMAP

Sur le forum de SIMAP, le 23 Octobre 2006

Oui, nous avons examiné les possibilités de coopération entre les 2 projets. Il est pour l'instant peu clair de savoir si les données de SIMAP seront utiles pour Rosetta. Ce n'était jusqu'alors pas encore le cas, car seule les similitudes avec une petite base de données de protéine (PDB) étaient nécessaires et elles pouvaient être calculée plus rapidement que ce que nous faisions sur SIMAP. Mais ils essayent en ce moment de développer cette recherche de similitude. J'attends une réponse pour savoir si celà peut être fait. Les meilleures salutations Thomas

Cordialement, Thomas

Dernière mise à jour : 24-05-2007 13:20

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