Un des projets Décrypthon (projet d’A. Carbone et coll.) utilisera d’ici peu la grille de PC du WCG : World Community Grid.
Décrypthon bientôt sur grille PC! Un des projets Décrypthon (projet d’A. Carbone et coll.) utilisera d’ici peu la grille de PC du WCG : World Community Grid. World Community Grid est une initiative lancée en 2004 par plusieurs acteurs universitaires et industriels, dont IBM. La fondation internationale IBM a fourni gracieusement le matériel, logiciel, le service technique et l'expertise nécessaires à la mise en œuvre de l'infrastructure informatique. Elle fournit également l'hébergement, la maintenance et le support. Le principe est simple : en moyenne, un ordinateur personnel n'utilise que 5 à 10% de sa puissance de calcul. L'idée est donc de fédérer les 90% de puissance inexploitée, et de la mettre au service de la recherche scientifique humanitaire menée par des organismes publics à but non lucratif. C’est donc un outil supplémentaire pour le programme Décrypthon et auquel tout un chacun peut contribuer en inscrivant son PC à WCG. Aujourd’hui, déjà plus de 250 000 membres mettent à disposition leurs PC pour des calculs scientifiques.
Le projet Carbone arrive sur la grille
Le projet de Docking/Modeling moléculaire (ou étude de l’assemblage/modélisation des molécules) d'Alessandra Carbone et coll. (INSERM U511 et 582, LIP6 – UMR CNRS 7606 et CNRS UPR 9080, Université Pierre et Marie Curie, Paris VI) va rejoindre le « World Community Grid » pour utiliser la formidable puissance de calcul développée dans ce programme. L’objectif est d’effectuer la modélisation des interactions protéine/protéine et protéine/ADN des milliers de protéines dont la structure en 3 dimensions (3D) est connue et disponible dans la base de données GDB.
Dans un premier temps, les recherches concerneront l'étude de 168 protéines dont les interactions sont connues. Cette première phase, qui a été estimée à 13 siècles sur un PC de 2 Giga Hertz devrait durer 4 ou 5 mois sur la grille WCG. Elle doit permettre la validation d'un algorithme visant à diminuer la zone de recherche des interactions protéiniques, et ainsi restreindre le nombre de calculs nécessaires à leur détermination. Si l'algorithme fonctionne, l'équipe Carbone devrait pouvoir traiter dans un deuxième temps environ 4000 protéines.
Cet article a été publié le 30-11-2006 12:43. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 24-05-2007 14:03
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