Avec ces calculs, nous voulons nous faire une idée
des différents effets d'empilement pour des
systèmes saturés et insaturés.
Le nom de ces unités est construit de la
manière suivante :
*_nm/nd/dm/dd/ad/adb/agd_hexadeca/anthracene.*
Unités
actuelles 2 : réaction
d'isomérisation
(Conversion d'une molécule chimique en
un de ses isomères)
Avec cette recherches sur les
réactions d'isomérisation, nous
espérons en apprendre plus sur ce que l'on appelle l'erreur
des noeuds fixés (fixed node error). Cette erreur est l'une
des principale limite de la méthode QMC.
Le nom de ces
unités est construit de la
manière suivante : one/two/three_e(duct)/p(roduct)NUMBER_isomerexp
Nous nous intéressons aux conformations de
peptides en tant que
modèle quantique de base dans les processus de repliement
(vous pouvez
en apprendre davantage au sujet des isomères conformationels
sur Wikipédia)
PHE-GLY-GLY 114
Nom: 114 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 215
Nom: 215 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 224
Nom: 224 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 300
Nom: 300 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 357
Nom: 357 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 366
Nom: 366 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 412
Nom: 412 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 444
Nom: 444 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 470
Nom: 470 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 691
Nom: 691 temps
processeur: 24 heures
PHE-GLY-GLY 099
Nom: 099 temps
processeur: 24 heures
Anciennes unités 1 :
pliage d'alcane
Nous voulons utiliser le pliage d'alcane en tant que modèle
quantique simplifié.
C14H30 replié
Nom: 14f temps
processeur: 9 heures
C14H30 déplié
Nom: 14l temps
processeur: 9 heures
C22H46 replié
Nom: 22f temps
processeur: 36 heures
C22H46 déplié
Nom: 22l temps
processeur: 36 heures
C30H62 replié
Nom: 30f temps
processeur: 72 heures
C30H62 déplié
Nom: 30l temps
processeur: 72 heures
Anciennes
unités 2
Ensemble du repère JSCH2005-S22
Ces molécules servent d'étalonnage en chimie
quantique. Cet étalonnage devrait démontrer le
bon fonctionnement de QMC pour les systèmes faiblement
liés. De bonnes valeurs d'étalonnage viendraient
confirmer nos excellents résultats obtenus lors du calcul
des interactions des paires de base de l'ADN.
Seuls les dimères sont représentés par
une image, voilà la liste complète des
monomères : 1a Ammoniaque
; 1 Dimère de l'Ammoniaque ; 2a Eau
; 2 Dimère de l'eau ; 3a Acide Formique ; 3
Dimère de l'Acide Formique ; 4a Formamide ; 4 Dimère de
Formamide ; 5a Uracile ; 5 Dimère
d'Uracile ; 6a 2-Pyridoxine ; 6b 2-Aminopyridine ; 6
2-Pyridoxine/2-Aminopyridine ; 7a Adénine
; 7b Thymine ; 7 Watson-Crick
Adénine-Thymine ; 8a Méthane
; 8 Dimère de Méthane ; 9a Ethène ; 9
Dimère d'Ethène ; 10 Benzène/Méthane
; 11a Benzène ; 11 Dimère du Benzène ;
12a Pyrazine ; 12 Dimère de la Pyrazine ; 13
Dimère d'Uracile ; 14a Indole
; 14 Indole/Benzène ; 15 Adénines/pile
de Thymine? ; 16b Ethine ; 16 Ethene/Ethine ; 17
Benzène/Eau ; 18 Benzène/Ammoniaque ; 19b Cyanure d'Hydrogène ;
19 Benzène/Cyanure d'Hydrogène ; 20
Dimère du Benzène ; 21 Indole/Benzène
; 22a Phénol ; 22
Dimère de Phenole
Nom de l'unité :
benchXX (où XX représente le
nombre de molécules) Temps processeur :
10-24 h
1 Dimère de l'Ammoniaque
2 Dimère de l'eau
3 Dimère de l'Acide Formique
4 Dimère de Formamide
5 Dimère d'Uracile
6 2-Pyridoxine/2-Aminopyridine
7 Watson-Crick Adénine-Thymine
8 Dimère de Méthane
9 Dimère d'Ethène
10 Benzène/Méthane
11 Dimère du Benzène
12 Dimère de la Pyrazine
13 Dimère d'Uracile
14 Indole/Benzène
15 Adénines/pile de Thymine?
16 Ethene/Ethine
17 Benzènes/Eau
18 Benzène/Ammoniaque
19 Benzène/Hydrogène
20 Dimère du Benzène
21 Indole/Benzène
22 Dimère de Phenole
Anciennes
unités 3
Note :
En ce moment, nous effectuons encore de nombreux calculs sur
les
paires
de bases de l'ADN pour approfondir un peu plus nos bons
résultats obtenus pour ces systèmes. Vous pouvez
trouver
les molécules en suivant le lien "Anciennes
unités 4", cependant les temps de calcul
donnés ne sont pas exacts, en fait beaucoup de ces calculs
ont des durées sensiblement différentes.
Anciennes
unités
: molécules liées complexes
Projet en parallèle : Isomérisation
de la Fluoropentane
Cet article a été publié le 27-01-2007 22:18. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 10-02-2008 16:43
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C14H30 replié 
C14H30 déplié 
C22H46 replié 
C22H46 déplié 
C30H62 replié 
C30H62 déplié 
1 Dimère de l'Ammoniaque
2 Dimère de l'eau
3 Dimère de l'Acide Formique
4 Dimère de Formamide
5 Dimère d'Uracile
6 2-Pyridoxine/2-Aminopyridine
7 Watson-Crick Adénine-Thymine
8 Dimère de Méthane
9 Dimère d'Ethène
10 Benzène/Méthane 
11 Dimère du Benzène
12 Dimère de la Pyrazine
13 Dimère d'Uracile
14 Indole/Benzène
15 Adénines/pile de Thymine?
16 Ethene/Ethine
17 Benzènes/Eau 
18 Benzène/Ammoniaque
19 Benzène/Hydrogène
20 Dimère du Benzène
21 Indole/Benzène 
22 Dimère de Phenole
Fluoropentane linéaire 
Fluoropentane branché
Empilement d'
Appariement Watson-Crick d'