Les
Molécules Analysées
Unités actuelles
: Effets d'empilement
Unités
actuelles 2 : réaction
d'isomérisation
Anciennes
unités :
Conformation de peptides
Anciennes
unités 1 : pliage d'alcane
Anciennes unités 2
: paires
de bases de l'ADN (Wikipédia
pour en savoir plus sur l'ADN)
Anciennes unités 3
- Anciennes unités
4 (bêta test) - Anciennes
unités 5 (alpha test)
Unités
actuelles : Effets d'empilement
Avec ces calculs, nous voulons nous faire une idée
des différents effets d'empilement pour des
systèmes saturés et insaturés.
Le nom de ces unités est construit de la
manière suivante :
*_nm/nd/dm/dd/ad/adb/agd_hexadeca/anthracene.*
  
  
Unités
actuelles 2 : réaction
d'isomérisation
(Conversion d'une molécule chimique en
un de ses isomères)
Avec cette recherches sur les
réactions d'isomérisation, nous
espérons en apprendre plus sur ce que l'on appelle l'erreur
des noeuds fixés (fixed node error). Cette erreur est l'une
des principale limite de la méthode QMC.
Le nom de ces
unités est construit de la
manière suivante : one/two/three_e(duct)/p(roduct)NUMBER_isomerexp
Anciennes
unités : Conformation de peptides
Nous nous intéressons aux conformations de
peptides en tant que
modèle quantique de base dans les processus de repliement
(vous pouvez
en apprendre davantage au sujet des isomères conformationels
sur Wikipédia)
Anciennes unités 1 :
pliage d'alcane
Nous voulons utiliser le pliage d'alcane en tant que modèle
quantique simplifié.
 C14H30 replié
Nom: 14f temps
processeur: 9 heures
 C14H30 déplié
Nom: 14l temps
processeur: 9 heures
 C22H46 replié
Nom: 22f temps
processeur: 36 heures
 C22H46 déplié
Nom: 22l temps
processeur: 36 heures
 C30H62 replié
Nom: 30f temps
processeur: 72 heures
 C30H62 déplié
Nom: 30l temps
processeur: 72 heures
Anciennes
unités 2
Ensemble du repère JSCH2005-S22
Ces molécules servent d'étalonnage en chimie
quantique. Cet étalonnage devrait démontrer le
bon fonctionnement de QMC pour les systèmes faiblement
liés. De bonnes valeurs d'étalonnage viendraient
confirmer nos excellents résultats obtenus lors du calcul
des interactions des paires de base de l'ADN.
Seuls les dimères sont représentés par
une image, voilà la liste complète des
monomères : 1a Ammoniaque
; 1 Dimère de l'Ammoniaque ; 2a Eau
; 2 Dimère de l'eau ; 3a Acide Formique ; 3
Dimère de l'Acide Formique ; 4a Formamide ; 4 Dimère de
Formamide ; 5a Uracile ; 5 Dimère
d'Uracile ; 6a 2-Pyridoxine ; 6b 2-Aminopyridine ; 6
2-Pyridoxine/2-Aminopyridine ; 7a Adénine
; 7b Thymine ; 7 Watson-Crick
Adénine-Thymine ; 8a Méthane
; 8 Dimère de Méthane ; 9a Ethène ; 9
Dimère d'Ethène ; 10 Benzène/Méthane
; 11a Benzène ; 11 Dimère du Benzène ;
12a Pyrazine ; 12 Dimère de la Pyrazine ; 13
Dimère d'Uracile ; 14a Indole
; 14 Indole/Benzène ; 15 Adénines/pile
de Thymine? ; 16b Ethine ; 16 Ethene/Ethine ; 17
Benzène/Eau ; 18 Benzène/Ammoniaque ; 19b Cyanure d'Hydrogène ;
19 Benzène/Cyanure d'Hydrogène ; 20
Dimère du Benzène ; 21 Indole/Benzène
; 22a Phénol ; 22
Dimère de Phenole
Nom de l'unité :
benchXX (où XX représente le
nombre de molécules)
Temps processeur :
10-24 h
 1 Dimère de l'Ammoniaque
2 Dimère de l'eau
 3 Dimère de l'Acide Formique
4 Dimère de Formamide
 5 Dimère d'Uracile
6 2-Pyridoxine/2-Aminopyridine
 7 Watson-Crick Adénine-Thymine
8 Dimère de Méthane
 9 Dimère d'Ethène
10 Benzène/Méthane
 11 Dimère du Benzène
12 Dimère de la Pyrazine
 13 Dimère d'Uracile
14 Indole/Benzène
 15 Adénines/pile de Thymine?
16 Ethene/Ethine
 17 Benzènes/Eau 
18 Benzène/Ammoniaque
 19 Benzène/Hydrogène
20 Dimère du Benzène
 21 Indole/Benzène 
22 Dimère de Phenole
Anciennes
unités 3
Note :
En ce moment, nous effectuons encore de nombreux calculs sur
les
paires
de bases de l'ADN pour approfondir un peu plus nos bons
résultats obtenus pour ces systèmes. Vous pouvez
trouver
les molécules en suivant le lien "Anciennes
unités 4", cependant les temps de calcul
donnés ne sont pas exacts, en fait beaucoup de ces calculs
ont des durées sensiblement différentes.
Anciennes
unités
: molécules liées complexes
Projet en parallèle : Isomérisation
de la Fluoropentane
 dimère
de Cytosine
Nom: ccXX temps
processeur: 12 heures
(XX montre les différentes distances entre les deux monomères
)
 dimère
de Naphthaline
Nom: nd temps
processeur: 24 heures
Nom: nm temps processeur: 12 heures
 Fluoropentane linéaire
Nom: c5f12n temps
processeur: 18 heures
 Fluoropentane branché
Nom: c5f12i temps
processeur: 18 heures
Anciennes
unités 4 (bêta test)
 Cytosine
Nom: cdna temps
processeur: 4 heures
Nom: pcdna temps processeur: 6
heures
Guanine
Nom: gdna temps
processeur: 4 heures
Nom: pgdna temps processeur: 6
heures
Empilement de Cytosine
et de Guanine
Nom: st2dna temps
processeur: 30 heures
Nom: pst2dna temps processeur:
48 heures
Appariement Watson-Crick de Cytosine
et de Guanine
Nom: wc2dna temps
processeur: 30 heures
Nom: pwc2dna temps processeur:
48 heures
pré-bêta test d'unités:
asm (4h), asd (4h), cc10-cc45 (12h)
Anciennes
unités 5 (alpha test)
Adénine
Nom: adna temps
processeur: 4 heures
Nom: padna temps processeur: 6
heures
 Thymine
Nom: tdna temps
processeur: 4 heures
Nom: ptdna temps processeur: 6
heures
 Empilement d'Adénine
et de Thymine
Nom: stdna temps
processeur: 30 heures
Nom: pstdna temps processeur:
48 heures
 Appariement Watson-Crick d'Adénine
et de Thymine
Nom: wcdna temps
processeur: 30 heures
Nom: pwcdna temps processeur:
48 heures
pré-alpha test d'unités:
pnd (48h), pnm (24h) - points de sauvegarde intermittents
Dernière mise à jour : 10-02-2008 16:43
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