1a4d : boucle E de l'ARN ribosomal 5S  

1esy : dimérisation de la transcription de l'ARN (psiARN) du VIH

1kka : anticodon présent sur le brin de l'Acide ribonucléique de transfert (ARNt) 

1l2x et 2a43 : Décalage du cadre lecture d'un virus de type pseudo noeuds

1qwa : Protéine de liaison en épingle à cheveux de la nucléoline  

1q9a : Boucle sarcin/ricin de la grande sous unité ribosomiale

1zih : tetraloop (boucle tétranucleotide) de l'ARN génomique (ARN qui constitue le génome de certains virus)

2f88 : Domaine I issue des introns du groupe II pouvant s'autoépisser  

1xjr : Élément rigoureusement conservé de l'ARN du SRAS  

1ehz : ARN de transfert chargé par la phénylalanine (ARNt[Phe]) de la levure  

1gid : Domaine P4-P6 des ribozyme du groupe I chez Tetrahymena capablent de s'autoépisser



Les unités portant le nom DOCKING_*rhj* consistent en une modélisation protéine-protéine sous forme de dimères où les différents monomères (ou sous-unité) sont reliés par symétrie. Les structures viennent de la prévision de structure ab initio. La structure de cette protéine n'a pas pu être résolue par les techniques standards utilisées pour déterminer les structures comme la cristallographie. Bien qu'un cristal de protéine pourrait être développé et que les données expérimentales semblent une bonne procédure dans la détermination de la structure cristalline, cette étape ne pourrait pas être effectuée avec succès à partir des protéines à séquences similaires précédemment résolues.  

L'idée est de créer des modèles en utilisant conjointement ab-intio et docking (modélisation moléculaire) qui pourront être employés comme point de départ lors de la procédure de mise en phase. Si cette technique fonctionne, celà pourrait être une percée significative car elle pourrait être une manière de sauvegarder les données obtenues par cristallographie aux rayons X des protéines importantes du point de vue biologique et qui n'auraient pas pu être converties dans des structures 3D.