Fiocruz Genome Comparison est un projet de l'Institut Oswaldo Cruz au Brésil. Il consiste à comparer une par une les séquences des protéines. Les résultats seront standardisés grâce à un ensemble structuré de vocabulaire appelé Ontologie de gène ( www.geneontology.org/) ainsi qu'un index de similitude pour fournir une aide inestimable aux biologistes consultant la base de donnée. Le projet utilisera l'outil de comparaison SSEARCH de W.R. Pearson , une adaptation librement utilisable de l'algorithme Smith-Waterman qui est utilisé pour trouver de façon mathématique le meilleur alignement local entre les paires de séquences.
A chaque fois que les scientifiques auront séquencés de nouveaux génomes, ils pourront l'ajouter à la base de données pour calculer les similarités avec d'autres protéines, contribuant ainsi à l'information de la communauté scientifique dans sa globalité.
A noter que le but du projet est le même que pour Simap, il n'y a que la méthode qui diverge. Simap utilise l'algorithme FASTA, alors que Genome Comparison utilise SSEARCH. Fasta a pour avantage de présenter une grande rapidité mais il est un peu moins sensible que SSEARCH qui permet en principe d'obtenir des résultats plus exhaustifs.
Cet article a été publié le 04-07-2007 16:50. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 23-03-2008 20:50
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