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Projet Lattice : application GARLI Convertir en PDF
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Ecrit par Heyoka, le 07-07-2007 13:56

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Publié dans : Les Infos, Brèves


logo de l'application GARLIGARLI (Algorithme génétique pour la déduction rapide des vraisemblances) est une application Open source qui réalise des recherches heuristiques pour effectuer une classification phylogénétique en utilisant le critère du maximum de vraisemblance, un modèle de substitution de nucléotides basé sur le GTR (Temps Général Réversible) à l'aide d'une distribution gamma des taux d'hétérogénéités (avec un nombre donné de catégories) et d'une estimation de la proportion de sites invariants. Pour plus d'informations, vous pouvez visitez le site internet de l'application GARLI (en anglais) et le GARLI manual (document .pdf de 21 pages en anglais)

GARLI est une application native, il n'y a donc pas de points de sauvegarde, c'est à dire que lorsqu'on commence une unité il faut la finir sans quitter Boinc sinon l'unité recommence à zéro. La redondance homogène a été désactivée.

Les unités sont calculés en 5 à 10 heures et nécessitent un ordinateur avec 1 Go de Ram si vous effectuez un seul calcul à la fois et 1,5 Go de Ram pour calculer deux unités simultanément.


Dernière mise à jour : 15-07-2007 16:16

   
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Tags : Lattice, GARLI, heuristique, recherche phylogénétique, nucléotide


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