Le projet SIMAP a actuellement besoin de puissance de calcul, un peu plus de 11 millions de fragments d'ADN génomique environnementaux issus de différents océans doivent être comparés par rapport à l'intégralité de la base de données SIMAP. Ensuite d'autres données environmentales devraient être importées, notamment le séquençage des boyaux de termites (les termites ont, dans leur intestin, des enzymes qui décomposent la cellulose du bois, du papier ou des textiles en glucide. Les gènes produisant ces enzymes pourraient donc être transférés dans des bactéries spécifiques pour transformer la cellulose en glucose, puis en éthanol. A partir de là, il deviendrait économique de transformer des déchets végétaux en éthanol prêt à faire rouler des véhicules)

Voici quelques explications données par le Dr Rattei sur le forum du projet :

La quantité actuelle de séquences suite à l'importation des séquences environnementales (pré-traitées par SIMAPBOINC au cours des derniers mois) est d'un peu plus de 17 millions. Et seules 6.3 millions d'entre elles ont déjà été traitées. Ces 11 millions de séquences doivent donc être calculées - ce qui représente un travail continu jusqu'en janvier ; en raison de l'augmentation quadratique de l'effort de calcul, je m'attends même à fin janvier.

Il y a environ 6 millions de protéines complètes et d'origine connue, mais en fait, 1 à 2 millions d'entre elles sont très similaires, et ne représentent que des variantes de certains gènes. Ce chiffre est en augmentation constante, mais il n'y a pas de hausses brutales comme pour la quantité de séquences environnementales, qui sont générées par des méthodes de séquençage à haut débit. Ces méthodes sont même capables de générer des millions de séquences à partir d'un seul projet comme le séquençage des fragments d'ADN génomique environnementaux issus de différents océans (projet Global Ocean Sampling de Craig Venter)

Toutes les séquences environnementales doivent être pré-traitées pour en éliminer les gènes. C'est ce qui a été fait au cours des derniers mois. Maintenant, les gènes filtrés sont importés dans SIMAP. Après cette étape, nous effectuons un post-traitement afin d'enlever les séquences parasites (artéfacts) qui peuvent être reconnues directement en utilisant les données de SIMAP.

Nous estimons donc qu'en février, les séquences environnementales actuelles entreront dans leur étape finale sur SIMAP. Mais de nouveaux projets ont été publiés, par exemple, l'analyse des boyaux de termites. Ces séquences seront également importées dans SIMAP dès qu'elles seront accessibles.

Dernière mise à jour : 25-12-2007 22:17

Evaluation utilisateurs

   (0 vote)