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Les premiers résultats dans la recherche d'un médicament contre la dengue
discovering Le projet Ensemble découvrons
un médicament contre la dengue
(World Community Grid) a débuté depuis maintenant
plus de
5 mois (le 21 Août 2007). C'est le moment opportun de faire
un premier point sur
l'avancé de la recherche avec Stan Watowich, le responsable
scientifique du projet :
"Une
optimisation initiale des paramètres du docking a
été effectuée au début de
l'Automne 2007.
Cette optimisation a permis de diviser par 20 la durée
de calcul sans qu'il n'y ait d'incidence sur la précision des
prédictions. La
protéase NS3 du virus de la dengue (référence
2 FOM dans la
banque de données sur les protéines du Research Collaboratory for
Structural Bioinformatics, Protein
Data Bank)a
été utilisée comme une cible pour le
criblage de
composés "lead-like" et "drug-like" parmis
une chimiothèque de 2,2 millions de macromolécules
biologiques.
Ces calculs
(regroupés sous le nom de 0201) ont duré environ
2 mois.
Ils ont utilisé moins de 10% des ressources de la World
Community Grid afin de minimiser les goulots d'étranglement
résultant du transfert des fichiers (chaque unité
ne contenait qu'un seul
ligand). Les
inhibiteurs obtenus suite
au criblage virtuel de ces ligands issus de la
chimiothèque par rapport à la protéase
NS3 du
virus de la dengue ont été
étudiés dans
notre laboratoire avec l'utilisation d'un test d'inhibition de
la
protéase. Les composés avec une constante
d'inhibition
encourageante seront davantage analysés par culture
cellulaire
et sur des modèles animaux.
La
protéase NS3 du virus du Nil occidental (référence
2FP7
de la Protein Data Bank) a été
utilisée comme
une cible pour sélectionner les composés
lead-like et
drug-like parmis une chimiothèque de 2,2 millions
de macromolécules
biologiques. Ces calculs (regroupés sous le nom de 0301) ont
duré environ 2 mois et se sont terminés durant
les
premiers jours du mois de janvier 2008. Ils ont utilisé
moins de
10% des ressources de la World Community Grid
afin de minimiser les goulots d'étranglement
résultant du transfert
des
fichiers (chaque unité ne contenait qu'un seul ligand). Les
inhibiteurs obtenus suite au criblage virtuel de ces ligands
issus
de la chimiothèque par rapport à la
protéase NS3 du virus du Nil occidental
ont également été
étudiés dans notre laboratoire avec l'utilisation
d'un test
d'inhibition de la protéase. Les composés avec
une constante
d'inhibition encourageante seront davantage analysés par
culture
cellulaire et sur des modèles animaux.
En parallèle,
des optimisations du processus
de calcul des liaisons moléculaires sont actuellement en
bêta test. Ces optimisations permettront d'atteindre le but
que
nous nous étions fixé, c'est à dire de
réaliser le criblage virtuel des composés de la
chimiothèque par rapport à une
protéine en moins
de 2 semaines. Ceci implique de faire tenir plusieurs ligands (~10)
dans une même unité de travail, et ainsi de
limiter les
goulots d'étranglement résultant du transfert des
fichiers. Par ailleurs, des sommes de contrôle (checksum
error) seront intégrées à
l'intérieur de
chaque unité de calcul, ce qui permettra de se passer du
calcul
redondant nécessaire à la
validation des unités de calcul. L'endoprotéase
trypsine (référence
1EB2
de la Protein Data Bank) est actuellement en cours de criblage par
rapport aux ligands issus de la chimiothèque, elle fournira
un
contrôle négatif des inhibiteurs
découverts
(regroupés sous le nom de 0401).
Le criblage
virtuel du virus de l'hépatite C va bientôt
débuter.
Le projet
Discovering Dengue Drugs
– Together a bénéficié de
3722 années
de temps de calcul processeur de la World Community Grid. Nous sommes
reconnaissant envers les particuliers qui mettent
généreusement leur ordinateur au service de la
lutte
contre les virus de la dengue, du Nil occidental et de
l'hépathite C."
Cet article a été publié le 03-02-2008 17:28. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 03-02-2008 17:33
Vos commentaires (1)
Posté par kabouin 28-05-2008 21:51,
ouah !!
Terrible la jolie blonde !!!!! OK je sors ;-)
Le projet 
