| Ecrit par Alessandra Carbone,
le 21-03-2008 20:52
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Publié dans : Actualités, WCG |
Message
d'Alessandra
Carbone, scientifique en chef du projet de lutte
contre la dystrophie musculaire (World Community Grid).
Message publié sur le forum
du projet (anglais/français)
"Chers tous,
J'ai
pensé qu'il était nécessaire de faire
un point sur l'avancement du
projet HCMD. Pour faire court, nous avons accumulé du retard
(ce qui
arrive souvent en recherche) sur le développement de JET (le
programme
permettant la détection des sites d'interaction des
protéines) qui
devra ensuite être couplé avec MaxDO (le programme
de docking qui doit
être lancé sur la grille) afin de
réduire les temps de calcul pour le
lancement sur un grand nombre de protéines (environ 4000).
Néanmoins,
je peux vous assurer que nous faisons de réels
progrès dans
l'optimisation de JET par l'intégration d'informations
biologiques
supplémentaires.
Pour vous donner une
idée plus précise, JET
détecte correctement les sites d'interaction (comme attendu
autour de
40 % d'un site) en se basant sur la conservation des acides
aminés. Le
programme obtient la meilleure performance par rapport aux approches
existantes qui utilisent la conservation des acides aminés.
Néanmoins,
l'ajout d'information concernant les propriétés
physico-chimiques des
acides aminés peut, en principe, amener à une
détection de 50-60% d'un
site d'interaction. Dans certains cas, ce pourcentage peut
même
être plus
élevé. L'ajout de ces nouvelles informations
pourra améliorer le
comportement de MaxDO et nous pensons que ceci justifie le
délai
supplémentaire.
Nous nous
dépêchons afin de réaliser toutes les
améliorations rapidement dans un temps qui n'est absolument
pas
indéfini !!! Moins que deux mois de plus. Nous vous
informerons avec un
nouveau post dès que nous serons prêt à
délivrer MaxDO au WCG.
Dans l'attente de travailler
prochainement avec vous.
Alessandra"
Dernière mise à jour : 24-03-2008 12:47
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