|
Lancement de la 8ème édition du concours CASP |
|

Depuis 1994
et tous les
deux ans, la prédiction de la structure
des protéines donne lieu au CASP, un concours au cours
duquel
les participants simulent le repliement des protéines dont
la
structure cristalline a été
préalablement
établie. Ce concours est parrainé par la
bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis
(une bibliothèque spécialisée en
médecine et dans les sciences et techniques
associées).
Depuis lundi, les
six
premières cibles de la 8ème
édition
du concours
CASP
(Critical Assessment of Techniques for Protein
Structure Prediction)
ont été
rendues publiques. Les dernières cibles seront
distribuées le 18 juillet et la fin du concours est
fixée au 1er Août. Les premiers résultats seront rendus publics à partir du 1er septembre
Lors de la 7ème édition du concours CASP
qui s'est
tenue en 2006, ce sont plus de 250 équipes de recherche qui
ont
confronté la qualité de leur technique de
prédiction de la structure repliée d'une
protéine
à partir de sa structure primaire. Ces équipes de
recherche sont basées principalement en Europe (Pologne,
Suisse,
France, Allemagne, Irlande, Suède, Danemark, Lituanie,
Italie,
Espagne, Royaume-Uni, Portugal, Slovénie,
Norvège) aux
Etats-Unis et au Japon mais on peut également remarquer la
participation d'équipes en provenance de
Taïwan, Singapour, Israël, de
Russie, du Canada, d'Australie et de Corée du
Sud. La majorité des groupes de recherche viennent
d'universités ou d'instituts de recherche public, mais une
petite
minorité appartiennent à des entreprises
privées. (voir la
liste
complète des participants au CASP7)
Le CASP est un moment clé pour la plupart des groupes de
recherches dans ce domaine. C'est un moyen pour les jeunes sientifiques
de se faire connaitre, un lieu de rencontre pour la profession et un
outil extrêmement puissant pour confronter et conserver les
meilleures méthodes. Il n'est d'ailleurs
pas rare que les
groupes de recherche ferment leurs portes durant toute la
durée
du CASP pour se concentrer uniquement sur la prédiction des
cibles du concours.
Le vainqueur du CASP7 a été l'équipe
de Dr David Baker (université de Washington) grâce
au serveur Robetta et au projet Rosetta@home, suivie
de très près par le groupe du
Dr Yang
Zhang
(université du Kansas) appuyé par un
supercalculateur Dell (grappe de 474 processeurs)
Les résultats de cette édition ont
été
publiés dans de nombreux magazines scientifiques et
notamment
dans la très prestigieuse revue scientifique "Nature". Cette
année encore, les participants qui trouveront
grâce à leur ordinateur les structures de plus
basse énergie seront cités dans ces publications.
Pour participer avec votre ordinateur à la 8ème
édition du CAPS, vous avez le choix entre 2 projets :
Le projet
Rosetta@home,
de l'université de Washington qui tentera de conserver son
titre. Au vu des
derniers
résultats obtenus par l'équipe du Dr
Baker, Rosetta fait encore figure d'ultra-favoris de ce concours.
Le projet allemand
POEM@home
(centre de recherche de Karlsruhe) tiendra très certainement
la dragée haute à Rosetta. POEM avait
participé à la
précédente édition du CASP et y avait
déjà
fait très bonne figure, alors que le programme de recherche
ne bénéficiait pas encore de l'appui du calcul
partagé (POEM n'a été lancé
sur BOINC qu'en Octobre 2007).
Rosetta@home bénéficie actuellement d'une
puissance de calcul de 70 teraflops et POEM@home de 7,5 teraflops
De façon plus générale, les
résultats de vos
calculs permettront d'informer la communauté scientifique et
le public averti sur ce qu'il est actuellement possible de
réaliser
avec les toutes dernières méthodes de
prédiction
de la structure des protéines, mais également
avec le soutien du calcul partagé.