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du projet (anglais) Voici le compte rendu
des développements du projet de lutte contre la dystrophie
musculaire. - Nous optimisons le
code de l'application MAXDO (c'est le programme qui effectuera les
calculs sur la grille). Le code de l'application MAXDO a
été optimisé pour que les
récepteurs et les ligands des protéines soient
maintenant étudiés parallèlement au
processus de minimisation de l'énergie. En
conséquence, l'amarrage moléculaire
(docking) de deux protéines sera environ 4 à 5
fois plus rapide par rapport à l'ancienne version du
programme.
- Nous
terminons l'implémentation et l'optimisation de JET (le
programme qui permet de prédire la position des sites de
liaisons à la surface des protéines) qui
fonctionnera en interaction avec l'application MAXDO. En raison de
l'importante puissance informatique qu'exige le docking
moléculaire, il est important de réaliser les
prédictions avec JET avant d'effectuer les calculs
avec MAXDO. La prédiction préalable des sites de
liaison à la surface des protéines permettra de
réduire considérablement la surface de la
protéine qui sera examinée par MAXDO sur vos
ordinateurs. - En ce moment, nous travaillons sur la
symbiose entre les deux
programmes, JET et MAXDO. Nous rencontrons deux problèmes : 1. Pour
être certain de disposer de suffisamment
d'informations de manière à
reconnaître les partenaires appropriés, nous voulons estimer la surface des
protéines pour lesquelles nous devons effectuer un amarrage
moléculaire. 2. Afin de
découvrir les partenaires adéquates, nous voulons développer des
critères numériques qui seront
intégrés aux prédictions et
à l'analyse réalisées par JET
et MAXDO. Ces critères seront semblables
à ceux qui avaient été
développés pour la première phase du
projet. Dès lors que la symbiose
entre les deux programmes aura
été trouvé, nous apporterons
la touche finale au code de l'application MAXDO. Ce travail devrait
prendre une bonne semaine. Ensuite, le code sera confié aux
techniciens du World Community Grid (pour
finir, le portage de l'application sur la grille - audit
de sécurité, gridification, alpha et
bêta tests, etc- devrait
prendre entre 12 et 18 semaines) Enfin,
mais tout aussi important, des chercheurs français nous
communiquent tout un ensemble de protéines jouant un
rôle dans l'apparition et le développement de la
dystrophie musculaire, ces protéines seront
testées lors de la phase 2 du projet. Au cours de cette
deuxième phase de calcul, nous rechercherons les partenaires
des protéines sélectionnées parmis un
vaste choix de candidats potentiels.
Au plaisir de travailler avec vous très prochainement sur le
projet.
Cet article a été publié le 07-06-2008 00:04. Vous pouvez suivre les commentaires suscités par cet article grâce au fil RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire.
Dernière mise à jour 07-06-2008 00:13
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