Le jeu FoldIt! a été officiellement lancé ce jeudi, l'Université de Washington a publié un communiqué de presse qui a très vite été repris par la plupart des sites internet des grands journaux anglophones. Attendez-vous également à voir quelques articles sur FoldIt dans la presse francophone. Si c'est le cas, n'hésitez pas à le signaler dans les commentaires de cet article.

Pour participer à ce jeu :
Il faut vous inscrire :  http://www.fold.it/portal/user/register
Ensuite il faut télécharger le programme (sous Windows XP, Vista où Mac OS X) qui fait ~50 Mo
Une fois le logiciel téléchargé, il faut l'installer (fichier Fold It!.exe), lancer le programme, vous êtes accueilli avec un petite musique d'ambiance, vous pouvez vous identifier puis commencer à vous amusez.
Vous avez le choix entre jouer en ligne ou hors ligne (si vous jouez hors ligne, vos meilleurs scores et vos résultats ne seront pas envoyés aux serveurs du projet, mais vous avez quand même la possibilité de sauvegarder votre partie à la fin du jeu). Ensuite vous pouvez débuter par un tutoriel avec 18 "puzzles" qui vous enseignent le fonctionnement du jeu (les indications sont données par un David Baker virtuel :) ou vous lancer directement dans le grand bain (Puzzle Compétitions). Les "puzzles" sont rangés par niveau (intermédiaire, avancé)

Pour l'instant tout est en anglais, mais on espère pouvoir traduire le logiciel en français le plus rapidement possible dès que l'on aura le feu vert des programmeurs du projet
Attention, toutefois, les serveurs ont l'air d'être surchargés suite à l'engouement autour du projet. Donc les mises à jours peuvent durer assez longtemps.
N'hésitez pas à rejoindre le groupe de recherche de l'Alliance Francophone : http://www.fold.it/portal/node/61909 (appuyer sur "join this group")

Voici à ce titre d'exemple une traduction (légèrement adapté) d'un article paru dans le journal TheEconomist (le titre de l'article est "Return to the fold" qui signifie "retour au bercail" mais également "retour au pliage")


"Il est certain que si votre but est  de ressentir une montée d'adrénaline, mieux vaut vous orientez vers "Grand Theft Auto IV" plutôt que vers "foldit". Mais pour les personnes soucieuses de la résolution des grands problèmes scientifiques de ce siècle, le lancement d'un tetris 3D, qui donne la possibilité d'aider à modéliser un nouveau vaccin qui pourrait sauver des vies, est une énorme nouvelle.

Foldit! est le dernier avatar du projet Rosetta@home, un programme de calcul distribué qui tente de découvrir comment les protéines se replient. A l'intérieur de nos cellules, les protéines sont en quelque sorte les briques du vivant. Les protéines sont constituées de longues chaînes de molécules, et ne peuvent fonctionner correctement qu'une fois repliées dans leur forme finale. Cependant, la compréhension du processus de repliement des protéines reste le problème central de la biologie.

Le programme actuel, Rosetta@home, utilise des essais, des erreurs, et des règles mathématiques préalablement programmées. Mais les utilisateurs de l'écran de veille qui n'étaient pas encore entièrement comblés, mirent au défis David Baker (biochimiste de l'Université de Washington et chef d'équipe du projet Rosetta@home) de faire encore mieux. C'est ainsi que le Dr Baker, Zoran Popoviv (un informaticien de l'Université de Washington) et les étudiants de troisième cycle Seth Cooper et Adrien Treuille se lancèrent dans la création  d'un jeu vidéo assez complexe pour aborder le problème du repliement des protéines.

Fold it ! (repliez-moi !)

Les joueurs utilisent leur ordinateur pour replier les protéines. Plus la structure chimique de la protéine repliée devient stable, et plus les joueurs sont récompensés. Lors des premiers tests du jeu, 40 protéines ont été distribuées à plusieurs milliers d'utilisateurs (pour tester le programme, les scientifiques du projet connaissaient déjà par avance les résultats du repliement). Durant ces tests, une bonne partie des joueurs qui se sont classés parmi les meilleurs ne faisaient pas partie de la communauté scientifique, mais ils ont été assez compétent pour trouver la structure attendue, et cela beaucoup plus rapidement que les ordinateurs !
La prochaine étape consistera à donner aux joueurs des protéines dont la structure repliée optimale n'est pas encore connue. Ils seront alors en mesure de mener une recherche à la pointe de la prédiction de la structure des protéines. Si tout va bien, le jeu se lancera dans la conception de nouvelles protéines dès cet été. Pour se faire, une option sera ajoutée, elle permettra aux joueurs de modifier en partie la protéine. Ceci pourrait permettre de modéliser une protéine capable de bloquer l'action d'un virus.
Même si cela aura pour conséquence d'entrainer une remarquable décentralisation scientifique, les chercheurs indiquent qu'ils s'engagent formellement à partager la "gloire scientifique" avec les joueurs qui réaliseront des percées scientifiques. C'est ce qui  pourrait placer les parents des jeunes "folditeur" devant un cruel dilemme : doivent t'ils dirent à leurs enfants de cesser de jouer à des jeux pour faire leurs devoirs, ou doivent t'ils au contraire les encourager à poursuivre leur jeu pour, peut être, pourquoi pas, partager le prix Nobel ?"

Depuis 1994 et tous les deux ans, la prédiction de la structure des protéines donne lieu au CASP, un concours au cours duquel les participants simulent le repliement des protéines dont la structure cristalline a été préalablement établie. Ce concours est parrainé par la bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (une bibliothèque spécialisée en médecine et dans les sciences et techniques associées).
Depuis lundi, les six premières cibles de la 8ème édition  du concours CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) ont été rendues publiques. Les dernières cibles seront distribuées le 18 juillet et la fin du concours est fixée au 1er Août. L'ensemble des résultats seront rendus public avant le 1er Septembre.
Lors de la 7ème édition du concours CASP qui s'est tenue en 2006, ce sont plus de 250 équipes de recherche qui ont confronté la qualité de leur technique de prédiction de la structure repliée d'une protéine à partir de sa structure primaire. Ces équipes de recherche sont basées principalement en Europe (Pologne, Suisse, France, Allemagne, Irlande, Suède, Danemark, Lituanie, Italie, Espagne, Royaume-Uni, Portugal, Slovénie, Norvège) aux Etats-Unis et au Japon mais on peut également remarquer la participation d'équipes en provenance de Taïwan, Singapour, Israël, de Russie, du Canada, d'Australie et de Corée du Sud. La majorité des groupes de recherche viennent d'universités ou d'instituts de recherche public, mais une petite minorité appartiennent à des entreprises privées. (voir la liste complète des participants au CASP7)
Le CASP est un moment clé pour la plupart des groupes de recherches dans ce domaine. C'est un moyen pour les jeunes sientifiques de se faire connaitre, un lieu de rencontre pour la profession et un outil extrêmement puissant pour confronter et conserver les meilleures méthodes. Il n'est d'ailleurs pas rare que les groupes de recherche ferment leurs portes durant toute la durée du CASP pour se concentrer uniquement sur la prédiction des cibles du concours.
Le vainqueur du CASP7 a été l'équipe de Dr David Baker (université de Washington) grâce au serveur Robetta et au projet Rosetta@home, suivie de très près par le groupe du Dr Yang Zhang (université du Kansas) appuyé par un supercalculateur Dell (grappe de 474 processeurs)
Les résultats de cette édition ont été publiés dans de nombreux magazines scientifiques et notamment dans la très prestigieuse revue scientifique "Nature". Cette année encore, les participants qui trouveront grâce à leur ordinateur les structures de plus basse énergie seront cités dans ces publications.

Pour participer avec votre ordinateur à la 8ème édition du CAPS, vous avez le choix entre 2 projets :
Le projet Rosetta@home, de l'université de Washington qui tentera de conserver son titre. Au vu des derniers résultats obtenus par l'équipe du Dr Baker, Rosetta fait encore figure d'ultra-favoris de ce concours.
Le projet allemand POEM@home (centre de recherche de Karlsruhe) tiendra très certainement la dragée haute à Rosetta. POEM avait participé à la précédente édition du CASP et y avait déjà fait très bonne figure, alors que le programme de recherche ne bénéficiait pas encore de l'appui du calcul partagé (POEM n'a été lancé sur BOINC qu'en Octobre 2007).
Rosetta@home bénéficie actuellement d'une puissance de calcul de 70 teraflops et POEM@home de 7,5 teraflops

De façon plus générale, les résultats de vos calculs permettront d'informer la communauté scientifique et le public averti sur ce qu'il est actuellement possible de réaliser avec les toutes dernières méthodes de prédiction de la structure des protéines, mais également avec le soutien du calcul partagé.

Cels@home est un programme de recherche porté par le docteur Muhammad H. Zaman et son équipe du laboratoire de physique moléculaire et cellulaire de l'université du Texas à Austin. Ce projet effectue des recherches sur l'adhésion cellulaire et les interactions entre les cellules et la matrice extracellulaire. Cette matrice extracellulaire (l'ensemble des macromolécules extracellulaires du tissu conjonctif) joue un rôle dans le soutien structural, l'adhérence, le mouvement et la régulation de la cellule.
Le cancer est l'une des pathologies qui intéresse tout particulièrement Cels@home, notamment lorsque les cellules cancéreuses se désolidarisent les unes des autres puis migrent vers d'autres parties du corps. C'est un moment crucial dans l'évolution d'un cancer, qui complexifie énormément le traitement de la maladie. L'asthme fait également partie des maladies étudiées par le projet. Dans cette recherche Zaman et son équipe utilisent tout un panel d'outils qui pourront leur permettre de mieux appréhender la migration des cellules tumorales : la physique statistique, la bioinformatique, la biophysique, la biologie moléculaire, la biologie cellulaire, la comparaison d'images et les mathématiques.
Des collaborations sont également nouées avec des experts praticien et des expérimentateurs pour ouvrir des débouchés concrets à cette recherche fondamentale.

Le projet a été rendu public le 25 février 2008. Récemment, Marc Kness (programmeur de Cels@home) a annoncé que le projet devrait fermer ses portes dans 2 mois (fin juin). Ensuite, vers 2009, les calculs pourraient reprendre mais sous une nouvelle URL hébergée directement par l'Université du Texas.


Détails techniques :
Les unités sont très rares (voir le statut du serveur)
Durée d'une unité : environ 6h25 sur un Q6600
Utilisation mémoire : ~ 37,1 Mo
Points de sauvegarde : aucun
Système d'attribution des points : fixe (depuis hier)
Système d'exploitation :

Muon1 est l'un des projets pionner dans le domaine du calcul partagé puisqu'il a été lancé au début de l'année 2004 par Stephen Brooks, physicien des particules au laboratoire Rutherford Appleton (campus scientifique Chilton/Harwell situé à proximité de la ville de Didcot dans le comté d'Oxfordshire, sud est de l'Angleterre). Depuis ses débuts, le projet a toujours fonctionné sous son propre programme indépendamment de toutes les autres plateformes de calcul partagé.
Mais il est aujourd'hui possible de participer à ce projet sur Boinc grâce à la plateforme Yoyo@home. L'adaptation de Muon1 à Boinc devrait permettre d'accélérer sensiblement les progrès de la recherche.
En quelques mots, l'objectif du projet consiste à optimiser la conception d'un accélérateur de particules qui sera utilisé pour mesurer la masse des neutrinos.  Cet outil appelé "l'usine à neutrons" (Neutrino Factory) devrait être construit aux environs de 2015 (son coût est estimé au minimum à 1,3 milliards d'euros). Des faisceaux de neutrinos seront alors concentrés puis envoyés à travers la croûte terrestre en direction de stations de détection situés sur différents continents. Le neutrino est la particule la plus commune de l'univers (chaque seconde, des milliards de ces particules vous traverse le corps). Connaître la masse des neutrinos permettra d'améliorer nos connaissances sur l'évolution de l'univers et d'établir le processus exact de sa formation au moment du "Big Bang". Cette recherche pourrait également entrainer l'émergence de nouvelles technologies, les faisceaux de protons, qui seront utilisés lors de cette expérience, pourraient permettre de neutraliser les déchets nucléaires par la transmutation des éléments radioactifs en des éléments stables (voir l'expérience MEGAPIE), ils pourraient également fournir une intense source de neutrons utilisable dans le domaine de la microscopie atomique 3D.

URL du projet : http://www.rechenkraft.net/yoyo
Faire son choix entre les 3 projets de la plateforme (OGR-25, evolution@home, Muon) : préférences yoyo@home

Description détaillée du projet

Détails techniques :
Durée d'une unité : environ 10 heures sur un Q6600
Utilisation mémoire : ~ 11 Mo
Points de sauvegarde : toutes les 2  heures
Système d'exploitation :