L'Alliance
Francophone, une Communauté pour la Science
Des
machines
toujours plus puissantes, des capacités de stockage
impressionnantes, des vitesses de connexion en augmentation constante,
les progrès de l'informatique de ces dernières
années sont réels. Cependant la
majorité du temps vous n'utilisez qu'une partie infime de
cette puissance, alors qu'elle permettrait des progrès
énormes dans de nombreux domaines de la recherche
scientifique publique et universitaire.
Vous
pouvez dès maintenant et en quelques clics faire participer
votre ordinateur à l'une des plus belles aventures de ce
début de XXIème siècle. Pour cela, il
vous suffit d'installer
Boinc (logiciel libre). Puis de choisir un projet en cliquant
ci-dessous sur une des images représentant le domaine de
recherche qui vous intéresse plus
particulièrement.
Astronomie
Biologie
Ecologie
Mathématiques
Physique-Chimie
Aujourd'hui,
BOINC c'est 600 000 ordinateurs participant activement aux
avancées de la science et totalisant une puissance moyenne
de calcul de plus de 1 PetaFLOPS (soit un million de milliards
(1015)
d'opérations
à virgule flottante par seconde).
Le jeu
FoldIt! a été officiellement lancé ce
jeudi, l'Université de Washington a publié un
communiqué de presse qui a très vite
été repris par la plupart des sites internet des
grands journaux anglophones. Attendez-vous également
à voir quelques articles sur FoldIt dans la presse
francophone. Si c'est le cas, n'hésitez pas à le
signaler dans les commentaires de cet article.
Pour participer à ce jeu :
Il faut vous inscrire : http://www.fold.it/portal/user/register
Ensuite il faut télécharger le programme (sous
Windows XP, Vista où Mac OS X) qui fait ~50 Mo
Une fois le logiciel téléchargé, il
faut l'installer (fichier Fold It!.exe), lancer le programme, vous
êtes accueilli avec un petite musique d'ambiance, vous pouvez
vous identifier puis commencer à vous amusez.
Vous avez le choix entre jouer en ligne ou hors ligne (si vous jouez
hors ligne, vos meilleurs scores et vos résultats ne seront
pas envoyés aux serveurs du projet, mais vous avez quand
même la possibilité de sauvegarder votre partie
à la fin du jeu).
Ensuite vous pouvez débuter par un tutoriel avec 18 "puzzles"
qui vous enseignent le fonctionnement du jeu (les indications sont
données par un David Baker virtuel :) ou vous lancer
directement dans le grand bain (Puzzle Compétitions). Les "puzzles" sont rangés par
niveau (intermédiaire,
avancé)
Pour l'instant tout est en anglais, mais on espère pouvoir
traduire le logiciel en français le plus rapidement possible
dès que l'on aura le feu vert des programmeurs du projet
Attention, toutefois, les serveurs ont l'air d'être
surchargés suite à l'engouement autour du projet.
Donc les mises à jours peuvent durer assez longtemps.
N'hésitez pas à rejoindre le groupe de recherche
de l'Alliance Francophone : http://www.fold.it/portal/node/61909
(appuyer sur "join this group")
Voici à ce titre d'exemple une traduction
(légèrement adapté) d'un article paru
dans le journal TheEconomist (le titre de l'article est "Return
to the fold" qui signifie "retour au bercail" mais
également "retour au pliage")
"Il est certain que si
votre but est de ressentir une montée
d'adrénaline, mieux vaut vous orientez vers "Grand Theft
Auto IV" plutôt que vers "foldit". Mais
pour les personnes soucieuses de la résolution des grands
problèmes scientifiques de ce siècle, le
lancement d'un tetris 3D, qui donne la possibilité d'aider
à modéliser un nouveau vaccin qui pourrait sauver
des vies, est une énorme nouvelle.
Foldit! est le dernier
avatar du projet Rosetta@home, un programme de calcul distribué
qui tente de découvrir comment les protéines se
replient. A
l'intérieur de nos cellules, les protéines sont en quelque sorte les briques du vivant. Les protéines sont
constituées de longues chaînes de
molécules, et ne peuvent fonctionner correctement qu'une
fois repliées dans leur forme finale. Cependant, la
compréhension du processus de repliement des
protéines reste le problème central de la
biologie.
Le
programme actuel, Rosetta@home, utilise des essais, des
erreurs, et des règles mathématiques
préalablement programmées. Mais les utilisateurs
de l'écran de veille qui n'étaient pas encore
entièrement comblés, mirent au défis
David Baker (biochimiste de l'Université de Washington et
chef d'équipe du projet Rosetta@home) de faire encore mieux.
C'est ainsi que le Dr Baker, Zoran Popoviv (un informaticien de
l'Université de Washington) et les étudiants de
troisième cycle Seth Cooper et Adrien Treuille se
lancèrent dans la création d'un jeu
vidéo assez complexe pour aborder le
problème du repliement des protéines.
Fold it ! (repliez-moi !)
Les joueurs
utilisent leur ordinateur pour replier les protéines. Plus
la structure chimique de la protéine repliée
devient stable, et plus les joueurs sont
récompensés. Lors des premiers tests du jeu, 40
protéines ont été
distribuées à plusieurs milliers d'utilisateurs
(pour tester le programme, les scientifiques du projet connaissaient
déjà par avance les résultats du
repliement). Durant ces tests, une bonne partie des joueurs qui se sont
classés parmi les meilleurs ne faisaient pas partie de la
communauté scientifique, mais ils ont
été assez compétent pour trouver la
structure attendue, et cela beaucoup plus rapidement que les
ordinateurs ! La prochaine
étape consistera à donner aux joueurs des
protéines dont la structure repliée optimale
n'est pas encore connue. Ils seront alors en mesure de mener une
recherche à la pointe de la prédiction
de la structure des protéines. Si tout va bien, le jeu se
lancera dans la conception de nouvelles protéines
dès cet été. Pour se faire, une option
sera ajoutée, elle permettra aux joueurs de modifier en
partie la protéine. Ceci pourrait permettre de
modéliser une protéine capable de bloquer
l'action d'un virus. Même si cela
aura pour conséquence d'entrainer une remarquable
décentralisation scientifique, les chercheurs indiquent
qu'ils s'engagent formellement à partager la "gloire
scientifique" avec les joueurs qui réaliseront des
percées scientifiques. C'est ce qui pourrait
placer les parents des jeunes "folditeur" devant un cruel dilemme :
doivent t'ils dirent à leurs enfants de cesser de jouer
à des jeux pour faire leurs devoirs, ou doivent t'ils au
contraire les encourager à poursuivre leur jeu pour, peut
être, pourquoi pas, partager le prix Nobel ?"
Depuis 1994
et tous les
deux ans, la prédiction de la structure
des protéines donne lieu au CASP, un concours au cours
duquel
les participants simulent le repliement des protéines dont
la
structure cristalline a été
préalablement
établie. Ce concours est parrainé par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis
(une bibliothèque spécialisée en
médecine et dans les sciences et techniques
associées).
Depuis lundi, les six
premières cibles de la 8ème
édition
du concours CASP
(Critical Assessment of Techniques for Protein
Structure Prediction)ont été
rendues publiques. Les dernières cibles seront
distribuées le 18 juillet et la fin du concours est
fixée au 1er Août. L'ensemble des
résultats seront rendus public avant le 1er Septembre.
Lors de la 7ème édition du concours CASP
qui s'est
tenue en 2006, ce sont plus de 250 équipes de recherche qui
ont
confronté la qualité de leur technique de
prédiction de la structure repliée d'une
protéine
à partir de sa structure primaire. Ces équipes de
recherche sont basées principalement en Europe (Pologne,
Suisse,
France, Allemagne, Irlande, Suède, Danemark, Lituanie,
Italie,
Espagne, Royaume-Uni, Portugal, Slovénie,
Norvège) aux
Etats-Unis et au Japon mais on peut également remarquer la
participation d'équipes en provenance de
Taïwan, Singapour, Israël, de
Russie, du Canada, d'Australie et de Corée du
Sud. La majorité des groupes de recherche viennent
d'universités ou d'instituts de recherche public, mais une
petite
minorité appartiennent à des entreprises
privées. (voir la liste
complète des participants au CASP7)
Le CASP est un moment clé pour la plupart des groupes de
recherches dans ce domaine. C'est un moyen pour les jeunes sientifiques
de se faire connaitre, un lieu de rencontre pour la profession et un
outil extrêmement puissant pour confronter et conserver les
meilleures méthodes. Il n'est d'ailleurs
pas rare que les
groupes de recherche ferment leurs portes durant toute la
durée
du CASP pour se concentrer uniquement sur la prédiction des
cibles du concours.
Le vainqueur du CASP7 a été l'équipe
de Dr David Baker (université de Washington) grâce
au serveur Robetta et au projet Rosetta@home, suivie
de très près par le groupe du Dr Yang
Zhang
(université du Kansas) appuyé par un
supercalculateur Dell (grappe de 474 processeurs)
Les résultats de cette édition ont
été
publiés dans de nombreux magazines scientifiques et
notamment
dans la très prestigieuse revue scientifique "Nature". Cette
année encore, les participants qui trouveront
grâce à leur ordinateur les structures de plus
basse énergie seront cités dans ces publications.
Pour participer avec votre ordinateur à la 8ème
édition du CAPS, vous avez le choix entre 2 projets :
Le projet Rosetta@home,
de l'université de Washington qui tentera de conserver son
titre. Au vu des derniers
résultats obtenus par l'équipe du Dr
Baker, Rosetta fait encore figure d'ultra-favoris de ce concours.
Le projet allemand POEM@home
(centre de recherche de Karlsruhe) tiendra très certainement
la dragée haute à Rosetta. POEM avait
participé à la
précédente édition du CASP et y avait
déjà
fait très bonne figure, alors que le programme de recherche
ne bénéficiait pas encore de l'appui du calcul
partagé (POEM n'a été lancé
sur BOINC qu'en Octobre 2007).
Rosetta@home bénéficie actuellement d'une
puissance de calcul de 70 teraflops et POEM@home de 7,5 teraflops
De façon plus générale, les
résultats de vos
calculs permettront d'informer la communauté scientifique et
le public averti sur ce qu'il est actuellement possible de
réaliser
avec les toutes dernières méthodes de
prédiction
de la structure des protéines, mais également
avec le soutien du calcul partagé.
Cels@home est
un programme de recherche porté par le
docteur Muhammad H. Zaman et son équipe du laboratoire
de physique moléculaire et cellulaire de l'université du Texas
à Austin. Ce projet effectue des
recherches sur l'adhésion cellulaire et les interactions
entre les cellules et la matrice
extracellulaire. Cette matrice extracellulaire (l'ensemble des
macromolécules extracellulaires du tissu conjonctif) joue
un rôle dans le soutien structural, l'adhérence,
le
mouvement et la régulation de la cellule.
Le cancer est l'une des
pathologies qui intéresse tout particulièrement
Cels@home, notamment lorsque
les cellules cancéreuses se désolidarisent les
unes des autres puis
migrent vers d'autres parties du corps. C'est un
moment crucial dans l'évolution d'un cancer, qui
complexifie énormément le traitement de la
maladie. L'asthme
fait également partie des maladies
étudiées par le projet. Dans cette recherche
Zaman et son équipe utilisent tout un panel d'outils qui
pourront leur permettre de mieux appréhender la migration
des cellules tumorales : la physique
statistique, la bioinformatique,
la biophysique,
la biologie
moléculaire, la
biologie cellulaire,
la comparaison d'images et les mathématiques.
Des collaborations sont également nouées avec des
experts praticien et des expérimentateurs pour ouvrir des
débouchés concrets à cette recherche
fondamentale.
Le projet a été rendu public le 25
février 2008. Récemment, Marc Kness (programmeur
de Cels@home) a annoncé que le projet devrait fermer ses
portes dans 2 mois (fin juin). Ensuite, vers 2009, les calculs
pourraient reprendre mais sous une nouvelle URL
hébergée directement par l'Université
du Texas.
INSCRIPTION
- URL du projet : http://cels-at-home-dev.dyndns.org/cels/
Détails
techniques : Les unités
sont très rares (voir le statut
du serveur) Durée d'une
unité : environ 6h25 sur un Q6600 Utilisation
mémoire : ~ 37,1 Mo Points de sauvegarde :
aucun Système
d'attribution des points : fixe (depuis hier) Système
d'exploitation :
Le mois d'Avril
fût prolifique pour le projet orbit@home.
C'est durant ce mois
que l'application SurveySimulator a été
distribuée puis testée sur les
principales plates-formes (Windows, Linux et Mac OS). Tous les
bugs découverts à ce jour semblent
avoir été réparés.
Pasquale Tricarico et son
équipe travaillent actuellement sur la prochaine version de
l'application qui
diffère de l'ancienne principalement par une plus grande
flexibilité des scénarios qu'il sera possible
d'étudier. Cette nouvelle version (probablement la version
1.20)
est quasiment prête et les premiers tests devraient
débuter à la mi-Mai.
Le projet orbit@home sera
présenté Mardi prochain (le 6 mai), dans le
Maryland, lors de la réunion des responsables de programme
de
l'Applied Information Systems Research,
un rassemblement
organisé par le programme de la NASA qui finance Orbit@home
(pour plus d'information sur l'AISR voir sur le site de la NASA et
notamment cette
page).
Les responsables de programme auront la possibilité de
discuter de leur
travail et pourront continuer à améliorer les
collaborations et partager leurs idées.
Muon1 est l'un
des
projets pionner dans le domaine du calcul partagé puisqu'il
a été lancé au début de
l'année 2004 par Stephen
Brooks, physicien des particules au laboratoire
Rutherford Appleton
(campus scientifique Chilton/Harwell situé
à proximité de la ville de Didcot dans le
comté d'Oxfordshire, sud est de
l'Angleterre). Depuis ses débuts, le projet a toujours
fonctionné sous son propre programme
indépendamment de toutes les autres plateformes de calcul
partagé.
Mais il est aujourd'hui possible de participer à ce projet
sur Boinc grâce à la
plateforme Yoyo@home. L'adaptation de Muon1 à Boinc devrait
permettre d'accélérer sensiblement les
progrès de la recherche.
En quelques mots, l'objectif du projet consiste à
optimiser la conception d'un
accélérateur de particules qui
sera utilisé pour mesurer la masse des neutrinos.
Cet outil appelé "l'usine à neutrons"
(Neutrino Factory) devrait être construit aux environs de
2015 (son coût est
estimé au minimum à 1,3 milliards
d'euros). Des faisceaux de neutrinos seront alors concentrés
puis envoyés à travers la croûte
terrestre en direction de stations de détection
situés sur différents continents. Le neutrino est
la
particule la plus commune de l'univers
(chaque seconde, des milliards de ces particules vous traverse le
corps). Connaître la masse des neutrinos permettra
d'améliorer nos connaissances sur l'évolution de
l'univers et d'établir le processus exact de sa formation
au moment du
"Big Bang". Cette recherche pourrait également entrainer
l'émergence de nouvelles technologies, les faisceaux de
protons, qui seront utilisés lors de cette
expérience, pourraient permettre de neutraliser les
déchets
nucléaires par la
transmutation des éléments radioactifs en des
éléments stables (voir l'expérience
MEGAPIE), ils pourraient
également fournir une intense source de neutrons utilisable
dans le domaine de la microscopie
atomique
3D.
URL du projet : http://www.rechenkraft.net/yoyo
Faire son choix entre les 3 projets de la plateforme (OGR-25,
evolution@home, Muon) : préférences
yoyo@home
Détails
techniques : Durée d'une
unité : environ 10 heures sur un Q6600 Utilisation
mémoire : ~ 11 Mo
Points de sauvegarde : toutes les 2 heures Système
d'exploitation :
Le projet Riesel
Sieve vient de découvrir un nouveau nombre
premier :
113983
x 23201175-1 (963.650 chiffres)
Cette
découverte a été
réalisée sur l'ordinateur de Kegsy
(équipe Crunchers
Inc). C'est le plus grand nombre premier découvert
par le projet Riesel Sieve, il se classe au 19ème
rang du classement des plus grands nombres premiers toutes
catégories.
On dit de k qu'il est un nombre de Riesel lorsque pour tout n
appartenant à l'ensemble des entiers naturels, le
résultat de l'opération k x 2n-1 donnera toujours un
nombre composé (c'est à dire un entier positif qui
possède un diviseur positif autre que un ou
lui-même). En 1956, le mathématicien
suédois Hans Riesel a montré qu'il existait une
infinité d'entiers obéissant à cette
règle. Il a également montré
que le nombre 509 203 en
faisait partie. Depuis on conjecture que 509 203 est le plus petit
nombre de Riesel. Le but du projet Riesel Sieve est de
démontrer cette conjecture en découvrant
un nombre premier pour tous les k < 509 203. En
découvrant pour un k donné, un nombre premier
résultat de l'opération k
x 2n-1, on démontre ainsi que pour ce
k, le résultat de l'opération ne donne pas
toujours un nombre composé, et donc que ce k n'est pas un
nombre de Riesel.
C'est le 30 ème nombre premier découvert par le
projet Riesel Sieve, et c'est donc aussi le 30ème nombre
éliminé par Riesel Sieve de la liste des plus petits nombres de
Riesel potentiels, d'autres projets en ont
éliminés 6. Au début du projet Riesel
Sieve (fin 2003), 101 nombres étaient présent
dans cette liste. Il ne reste plus que 65 nombres à
éliminer pour démontrer la conjecture de Riesel.
Pour en savoir plus, voir le tableau récapitulatif de tous les nombres premiers
découvert par le projet Riesel Sieve :
http://www.boinc-af.org/content/view/591/289/