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Nouvelles du projet "Outsmart Ebola"

traduction: JérômeC    relecture: Elgrande

article source 

 

33,4 millions d'expériences virtuelles et ça continue : des nouvelles de "Déjouer Ebola Ensemble"

Par: Dr. Erica Ollmann Saphire, PhD

L'Institut de recherche Scripps

21 mars 2016

 

Récapitulatif

Dans cette mise à jour du projet, le Dr Erica Ollman Saphire couvre de nombreux fronts sur la lutte contre le virus Ebola, des effets à long terme de la maladie sur les survivants aux expériences en cours de son équipe en utilisant le World Community Grid et leur travail avec d'autres chercheurs sur Ebola.

 

Les effets à long terme de l'épidémie d'Ebola

Comme la majeure partie de l'épidémie du virus Ebola tend à se calmer, nous voyons les effets à long terme de l'infection chez les survivants. Pour certains, le virus est entré dans le système nerveux central, ce qui provoque la réapparition de maladies de type méningitique, des douleurs oculaires graves, la perte de la vision et d'autres complications. La présence du virus a été isolée à partir du sperme des survivants jusqu'à neuf mois après leur sortie des centres de traitement. Cela a probablement donné lieu à au moins un cas de virus transmis sexuellement. D'autres cas de virus Ebola ont éclaté en Sierra Leone et au Libéria après que ces pays aient été déclaré exempt de transmission d'humain à humain. L'apparition de ces nouveaux cas signifie que le virus est probablement encore dans le réservoir écologique ou a été réintroduit dans l'environnement ou à d'autres humains. Dans le même temps, les survivants sont confrontés à de nombreux problèmes de santé, des défis économiques, des pertes personnelles et des stigmates sociaux.

 

 

A la recherche de traitements efficaces

Le besoin de médicaments "à petites molécules" capables de traiter l'infection du virus Ebola demeure entier. Les petites molécules qui pourraient traverser la barrière hémato-encéphalique peuvent être utilisés pour traiter les cas où la vie est en danger et dans lesquels le virus se répand dans le système nerveux central longtemps après le départ du patient de la clinique. Chose importante, ces molécules ne doivent pas seulement être développées contre le virus Ebola, mais contre les virus similaires qui pourraient causer la prochaine épidémie.

Le but de Déjouer Ebola Ensemble est d'identifier des médicaments candidats actifs contre le virus Ebola, le virus de Lassa et d'autres menaces pour la santé. Pour atteindre cet objectif, nous étudions la structure atomique de la cible, qui est la molécule du virus Ebola, et les ligands, qui sont des structures de millions de molécules de médicaments potentiels. La cible et le ligand sont évalués l'un par rapport à l'autre, et un logiciel calcule la tendance des molécules de s'associer les unes aux autres. Simuler ces expériences sur des ordinateurs permet d'économiser beaucoup de temps et de coût, parce que les tests de laboratoire nécessite l'achat ou la synthèse des molécules candidates, un processus potentiellement long et coûteux.

Jusqu'à présent, 33,4 millions de ces expériences virtuelles ont été menées à bien par des bénévoles du World Community Grid, le pourcentage des tâches accomplies augmente et atteindra probablement bientôt 100% . Nous recherchons actuellement un expert computationnel (et le financement qui va avec) pour pouvoir filtrer de cette base de résultats exploitable les composés les plus significatifs, afin de les tester dans un laboratoire.

 

Publications récentes et la poursuite des travaux

En attendant, de nouvelles cibles sont prévues. Récemment, nous avons résolu les structures de la protéine du virus de Marburg qui construit et libère de nouveaux virus de la cellule infectée, tout en réduisant au silence simultanément la capacité de nos cellules à détecter et à combattre l'infection (Oda et al. Journal of Virology, Crystal structure de virus de Marburg VP40: assemblage de la matrice et l'immunosuppression). Dans cet effort, nous travaillons avec une excellente équipe de biophysiciens à l'Université Notre Dame, dirigée par le Dr Robert Stahelin, pour comprendre comment le virus interagit avec et détourne les membranes de nos cellules. Comprendre la structure du virus de Marburg est important parce que, comme le virus Ebola, il peut causer de la fièvre, des hémorragies graves, des défaillances d'un organe, et, dans de nombreux cas, la mort.

Notre structure de la molécule qui procure les mêmes fonctions pour le virus Lassa - qui peut également causer des hémorragies graves, la fièvre et la mort - sera bientôt publié (Hastie et Al sous presse ).

Une équipe collaborative impliquant mon laboratoire a fait des recherches dans le sang d'un survivant de cette épidémie d'Ebola pour trouver certains des anticorps les plus puissants pas encore identifiées (Bornholdt, et al. 2016 Science, isolement d'anticorps neutralisants puissants d'un survivant de l'épidémie d'Ebola 2014). Ce groupe fait partie du consortium mondial qui rassemble et analyse des anticorps contre ces virus mortels, et nous avons été récemment participé au spectacle Breakthrough du National Geographic.

Nous remercions tous les bénévoles du World Community Grid qui ont donné la puissance de calcul à Déjouez Ebola Ensemble, et nous sommes reconnaissants pour votre soutien continu afin que le projet progresse.