Docking@Home

Détails

docking

Projet de l'Université du Delaware. Le but est de mettre en oeuvre la technique de chromatographie en phase gazeuse pour approfondir les connaissances des interactions protéine-ligand.

INSCRIPTION 

Télécharger Boinc (tutorial)

URL du projet : http://docking.cis.udel.edu

Liens du Projet
L'Alliance Francophone
Statistiques

 

  • Début du projet : 11 septembre 2006
  • Statut : Bêta test

Les résultats : domaine public

Les résultats (meilleurs ligands prévus)

Document en français expliquant le processus de recherche

 

Cibles étudiées

1hvi
1hvi
1hvj
1hvj
1ajv
1ajv
1ajx
1ajx
1c70
1c70
1d4h
1d4h
1d4i
1d4i
1d4j
1d4j
1dif
1dif
1ebw
1ebw
1ebz
1ebz
1g2k
1g2k
1g2k
1g2k
1g35
1g35
1gno
1gno
1hbv
1hbv
1hih
1hih
1hps
1hps
1hpv
1hpv
1hpx
1hpx
1hsg
1hsg
1htf
1htf
1hvk
1hvk
1hvl
1hvl
1iiq
1iiq
1m0b
1m0b
1ohr
1ohr
1t7k
1t7k
2bpv
2bpv
2bpy
2bpy

 

Description du projet

DAPLDS ou Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System (dynamique adaptative d'assemblage moléculaire d'un système Protéine-Ligand ) est un projet en collaboration entre l'université du Texas d'El Paso, l'institut de recherche Scripps (TSRI), et l'université de Californie - Berkeley. Le projet DAPLDS permet, par la mise en exécution et l'utilisation de l'outil internet, une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement Chromatographique en phase gazeuse (GC), il promouvra la connaissance des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, de ce fait, accélèrera la découverte d'innovations pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'assemblage protéine-ligand

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces algorithmes

Pour en Apprendre plus (en anglais) au sujet du contenu scientifique et informatique du projet Docking@Home.

 

 

Table des Matières

 

1. Le Projet

Comme la plupart d'entre vous le savent dejà, le projet Docking@Home est né de l'idée de Michela Taufer, actuellement Professeur assistant dans le service d'informatique de l'Université du Texas à El Paso (UTEP). Docking@Home consiste en la mise au point d'un système de dynamique adaptative d'assemblage moléculaire d'un système Protéine-Ligand (DAPLDS : Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System ). Ce projet implique une collaboration entre l'Université du Texas à El Paso (UTEP), l'Institut de recherche Scripps (TSRI), et l'Université de Californie à Berkeley. Le projet mettra en oeuvre une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement de calcul volontaire et promouvra la connaissance des interactions protéine-ligand au niveau atomique. Ainsi celà accélèrera la découverte de nouveaux produits pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'assemblage protéine-ligand.

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces algorithmes.

 

2. L'équipe

L'équipe du projet Docking@Home est composée d'enseignants, de chercheurs et d'étudiants. Voici la liste :

Directrice du projet (Principal Investigator, PI) : Michela Taufer est Professeur assistant dans le Département d'informatique de l'Université du Texas à El Paso (UTEP) et directrice du projet Docking@Home. Michela a rejoint l'UTEP en janvier 2005. Ses intérêts de recherches incluent de nouveaux algorithmes et architectures pour les ressources et les applications gourmandes en temps de calcul dans la chimie, physique, et la bio-informatique ; migration efficace de simulations à grande échelle aux systèmes de calculs globaux basés sur les ressources publiques ; l'analyse d'exécution, la modélisation et l'optimisation des simulations à grande échelle hétérogènes, sur des systèmes distribués.

 

 

Roger Armen, Spécialiste de l'application Charmm (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)

 

Trilce Estrada, Experte en Scheduling (ordonnancement)

 

Kreiser

Kevin Kreiser, designer


Autres contributeurs :

David Anderson
Charlie Brooks
Andre Kerstens

Volontaires :

David Ball, Modérateur sur le forum
Atomic Booty, Designer
Dotsch, Compilation de l'application
Cori, Designer
Suguruhirahara, Modérateur sur le forum


3. Publications


 

L'Ecran de veille

dock