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Des nouvelles de Mapping Cancer Markers (WCG)

 

Récapitulatif

Bien que les travaux continuent, suffisamment de données ont déjà été traitées, pour permettre, à l'équipe de cartographie des marqueurs du Cancer, de commencer à identifier les signatures de scores élevés en les associant à des biomarqueurs du cancer des poumons en particulier. Le but ultime est de trouver des signatures qui permettent de distinguer plusieurs types de cancer, donnant aux physiciens et chercheurs un autre outil pour améliorer la détection, des résultats de traitements aux patients.


Une nouvelle étape franchie dans la découverte de bio-marqueurs à propos du cancer des poumons (MCM).

Après une longue période d'analyses exploratrices, Mapping Cancer Markers commence une phase nouvelle, plus ciblée d'analyse du cancer du poumon en avril 2015. Les résultats de la première étape de traitement, ont révélé un sous-ensemble d'environ 1 % des biomarqueurs qui se produisent fréquemment dans les signatures de scores élevés. La seconde étape des études sur le cancer des poumons par MCM se focalisera sur ces signatures remarquables de ce sous-ensemble de biomarqueurs.

Parmi les premières questions de recherches, nous visons comme objectif de répondre, dans la seconde phase, à celles de la nature des signatures réussies et de l'espace de signature réduite.
Le sous-ensemble de biomarqueurs dans le stade ciblé arrivera-t-il mieux à distinguer le cancer du poumon dans les échantillons de tissus?
L'effet de la longueur de la signature (nombre de biomarqueurs) sur la performance de signature que nous avons remarqué dans la phase exploratoire apparaîtra-t-elle également dans cet espace réduit de signature?
Quels sont les modèles de biomarqueurs les plus performants qui ressortent dans les signatures du cancer ?
La plupart des fonctions biologiques sont atteintes par plusieurs gènes (ou protéines) participant à un réseau coordonné ou signalisation cascade (chemin d'accès), donc découvrirons-nous des paires ou des plus grands groupes de biomarqueurs qui cohabitent régulièrement dans les signatures réussies?
Ces groupes de biomarqueurs correspondront-ils aux réseaux biologiques connus, ou est-ce que ces signatures réussies tirent-elles nécessairement leurs membres d'un réseau multiple?

Suffisamment de résultats lors de la seconde étape nous ont été renvoyés afin de commencer l'étude préliminaire. L'un des premiers objectifs de cette seconde phase est de découvrir des signatures cancéreuses plus performantes. Nous avons utilisé les résultats de la première étape afin de réduire le champ potentiel des bio-marqueurs qui étaient de plus de 22'00 à un sous-ensemble de 223.

La figure 1 montre comment la capacité de distinguer la moyenne des signatures du cancer, au stade 2, s'est considérablement améliorée, comparativement aux signatures découvertes lors de la première étape.

Figure 1 Distribution des scores de signature, étape 1 face à l'étape 2, selon leurs tailles. les fréquences de signature sont dessinées en bleu pour l'étape 1, et en noir pour l'étape 2. On note l'augmentation de la qualité des scores, dans l'étape 2, entre les signatures de longueur 20 face à la longueur 10, ainsi qu'une augmentation de la fréquence des scores plus élevés de qualité.

 


Courtes ou longues signatures?

L'une des questions que pourrait se poser la communauté de bénévoles est la suivante, pourquoi nous continuons à mettre l'accent sur les signatures génétiques plus courtes alors que la tendance des données montre que les signatures génétiques plus longues réalisent des scores plus performants. Malgré cette tendance, une plus grande signature génétique peut être plus prédictive, mais pas toujours plus sûre. (correcte?) Une des raisons est pratique. Une grande partie des travaux dans le domaine de l'identification de biomarqueurs a pour objectif ultime de produire une signature qui peut être effectuée dans un essai clinique. La faisabilité et l'économie budgétaire jouera un rôle important à ce stade. Le processus de déplacement d'un résultat axé sur la recherche vers des tests cliniques et d'homologation est long et complexe, donc une signature comprenant 10 gènes est plus simple et plus économique à produire qu'une signature comprenant 65 gènes. La viabilité des tailles de signature génétique a permis de définir nos limites de recherche de taille inférieure et supérieure pour le projet MCM.


Les paires de Bio-Marqueurs

Un des buts de notre analyse des signatures génétiques est de regarder les petites combinaisons de gènes et d'identifier les groupes de gènes qui se rejoignent aux résultats pour les patients de manière similaire (c'est-à-dire qu'ils peuvent fournir des choix alternatifs pour la signature). C'est important pour diverses raisons.
Du côté analytique, si nous pouvons trouver deux gènes qui effectuent presque exactement la même chose, puis une signature génétique réussie qui aura probablement le même comportement qu'eux. Cela nous aidera à réduire l'espace de recherche, mais également à trouver des solutions de rechange.
Du côté pratique, une des deux alternatives (ou plusieurs) nous permettront de mieux les transférer à la pratique clinique. Ainsi, nous voulons trouver plusieurs signatures distinctes et rechercher les caractéristiques qui concernent leurs relations. Une autre raison consiste à regarder les combinaisons de gènes et à voir si les deux gènes peuvent avoir une raison biologique d'être associés. Ce cancer particulier affecte-t-il deux gènes en même temps? Un chemin d'accès biologique particulier est-il compromis? Ces questions pourraient permettre d'expliquer certaines différences entre les patients ou pourquoi certaines personnes répondent mieux à une thérapie particulière.
Ce sont des questions qui se poseront bien plus tard dans notre voie de recherche, mais nous avons voulu pointer ces détails afin que la communauté bénévole sache quel cheminement elle suit depuis le début et ce qu'il reste encore à faire.

Si une paire (ou un plus grand groupe) de gènes est liée à la maladie, les signatures contenant ces gènes ou biomarqueurs liés doivent bien s'exécuter .La figure 2 se penche sur le taux au cours duquel les paires de biomarqueurs de stade 2 cohabitent dans les signatures de scores élevés.

Figure 2: Fréquence des paires de biomarqueurs de stade 2. La fréquence des biomarqueurs i et j co-survenant dans les signatures de scores élevés est représentée par la couleur de la ligne-i, la matrice est représentée par la colonne j. Les paires de bio-marqueurs plus performantes sont représentées par un bleu plus clair. Notez les rayures horizontales et verticales, indiquant des biomarqueurs spécifiques qui effectuent de bons scores de couplage. Des points uniques très lumineux soulignent également les combinaisons de biomarqueurs qui sont exceptionnellement prometteuses.


Un mot sur les temps d'exécution des tâches de recherche

Certains d'entre vous ont peut-être remarqué des durées supérieures à la moyenne des unités de travail dans cette nouvelle étape de MCM. Nous travaillons afin d'effectuer des temps d'exécution plus cohérent et prévisible; cependant, ce travail est rendu plus difficile à ce stade de la recherche et nécessite de changer les conceptions d'unités de travail plus fréquemment qu'auparavant. La conception de nouvelles unités de travail dépendra aussi en partie des précédents résultats de la deuxième étape. Par conséquent, le délai d'exécution pour l'analyse comparative et l'étalonnage des unités de travail peut limiter notre succès à stabiliser le temps d'exécution de celles-ci. Nous espérons que nos merveilleux bénévoles seront en mesure de continuer à contribuer aux futurs résultats, peu importe les unités de travail que nous fabriquons, mais nous voulions que vous sachiez à quoi vous attendre. Une fois de plus, nous vous remercions d'avoir rendu notre recherche possible, et s'il vous plaît restez à l'écoute pour les annonces futures!


merci à Maugou pour la relecture du texte.