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WCG : L'équipe MCM a effectué des recherches sur le GSDMB

Nous poursuivons notre travail de caractérisation des biomarqueurs du cancer du poumon identifiés dans le cadre du projet MCM1. Cette mise à jour se concentre sur GSDMB, un gène associé à la survie du cancer du poumon et exprimé de manière différentielle dans plusieurs types de cancer par rapport aux tissus normaux.

Projet : Cartographie des marqueurs du cancer

Publié le : 12 juil. 2023

Contexte

Reconnaître des schémas chez les patients atteints de cancer peut présenter de nombreux avantages, notamment permettre de détecter des signes de cancer chez d'autres patients et personnaliser le traitement de chaque patient en fonction de son profil cancéreux spécifique. Depuis novembre 2013, les volontaires de la World Community Grid ont donné plus de 820 800 années CPU au projet, aidant à analyser les données de recherche sur les cancers et les sarcomes à une vitesse que l'on n'aurait jamais cru possible auparavant. Nous sommes immensément reconnaissants envers les volontaires qui continuent à faire des dons à ce projet et qui nous aident à accélérer la recherche de meilleurs biomarqueurs.

Nous poursuivons notre analyse des biomarqueurs les plus courants chez les patients atteints de cancer du poumon. Après les discussions sur les gènes VAMP1 et FARP1 décrites dans nos mises à jour de mars et d'avril, nous nous concentrons ici sur le GSDMB.

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Soumis le 20 Apr 2023 15:22:16 UTC

Les résultats de notre recherche tout ciel d'ondes gravitationnelles continues dans les données publiques du troisième cycle d'observation de LIGO (O3) ont été publiés sur le serveur de prépublication arXiv : Deep Einstein@Home all-sky search for continuous gravitational waves in LIGO O3 public data. Le manuscrit est actuellement en cours d'évaluation par les pairs pour publication dans The Astrophysical Journal.

Notre publication décrit l'étude Einstein@Home de l'ensemble du ciel à la recherche d'ondes gravitationnelles continues à des fréquences comprises entre 20 Hz et 800 Hz, en utilisant les dernières données LIGO. À ce jour, il s'agit de la recherche la plus sensible dans cette gamme.

La recherche n'a révélé aucun signal d'ondes gravitationnelles. Sur cette base, nous tirons des conclusions sur la population d'étoiles à neutrons dans notre voisinage galactique. Par exemple, dans un rayon de 100 parsecs (~330 années-lumière) autour de la Terre, il n'y a pas d'étoiles à neutrons tournant à plus de 12 000 tours par minute avec des montagnes équatoriales de plus d'un demi-millimètre ; sinon, nous aurions très probablement détecté leurs ondes gravitationnelles continues.

L'équipe LIGO ajoute de faux signaux continus d'ondes gravitationnelles aux données, à des fins de validation. Les paramètres du signal sont connus. Dans son domaine de recherche, notre recherche récupère avec précision les faux signaux. Cela nous conforte dans la sensibilité de notre recherche.

Actuellement, nous effectuons des recherches supplémentaires sur les données publiques de LIGO. Alors que nous continuons à explorer ces données à la recherche d'ondes continues, nous remercions du fond du cœur tous ceux d'entre vous qui rendent ce travail possible en donnant des cycles à partir de leurs ordinateurs !

Si vous souhaitez en savoir plus, répondez à cette nouvelle dans notre forum de discussion.

M. Alessandra Papa

https://www.aei.mpg.de/continuouswaves

Source : https://einsteinathome.org/fr/content/results-deep-all-sky-search-ligo-o3-data

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Les recherches de l'équipe MCM sur les biomarqueurs du cancer du poumon ont permis d'identifier 26 gènes présents avec les meilleurs scores dans toutes les tailles de signatures considérées. Cette mise à jour se concentre sur VAMP1, un gène lié à la survie des patients et exprimé différemment dans le poumon normal par rapport au cancer du poumon.

Projet : Mapping Cancer Markers

Publié le : 20 mars 2023

Terminologie

  • Signature génétique : Un ensemble de gènes dont il est démontré qu'ils jouent un rôle spécifique dans une maladie est appelé signature génétique. Lorsqu'une telle signature peut prédire la présence d'une maladie, on parle de signature génétique diagnostique. Lorsque la signature est liée à la survie, on parle de signature pronostique.
  • Coefficient de corrélation de Matthews : Méthode statistique utilisée pour évaluer la performance d'un modèle prédictif. Il mesure les différences entre les valeurs réelles et les valeurs prédites.
  • Sondes : Courtes séquences d'ADN ciblant une petite région d'un transcrit (gène). Pour les rendre plus spécifiques, les sondes sont organisées en ensembles de sondes, qui sont utilisés pour détecter et quantifier la présence de séquences génétiques par hybridation en raison de la complémentarité entre la sonde et la cible.

Contexte

Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer à l'aide d'un algorithme de recherche heuristique. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir d'ensembles de tissus de patients et identifie des modèles permettant de détecter le cancer plus tôt, d'identifier les patients à haut risque et d'adapter le traitement à chaque patient. Initialement axé sur le cancer du poumon, le projet s'est étendu à l'étude du cancer de l'ovaire et, plus récemment, à l'analyse du sarcome.

En novembre 2021, les volontaires du WCG auront donné plus de 800 millions d'unités de travail pour la recherche sur plusieurs types de cancer, dont 193, 379 et 245 millions d'unités de travail pour les cancers du poumon, de l'ovaire et du sarcome, respectivement. À ce jour, plus de 810 000 années de recherche informatique ont été données à MCM, et près de 240 années sont générées chaque jour. Nous vous remercions de nous aider à comprendre les signatures du cancer.

Figure 1 : Nombre d'unités de travail achevées par type de cancer et taille de la signature.

Figure 1 : Nombre d'unités de travail achevées par type de cancer et taille de la signature.

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Lire la suite : Le point sur les recherches de l'équipe MCM (mars 2023)

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Le projet SCC est entré dans la phase suivante de la recherche et de nouvelles unités de travail ont été préparées pour le redémarrage de BOINC.

Le projet : Smash Childhood Cancer

Publié le : 22 mars 2023

Contexte

Alors que les protéines et autres molécules qui jouent un rôle clé dans les cancers de l'enfant ont été identifiées, trouver des composés chimiques (médicaments) candidats qui peuvent cibler ces molécules et modifier leur fonction est un processus de longue haleine. Grâce à la puissance de calcul du WCG, l'équipe Smash Childhood Cancer a pu rechercher des millions de médicaments candidats en vue d'une éventuelle application clinique.

Le projet a fonctionné par intermittence, identifiant les candidats médicaments possibles et les testant ensuite en laboratoire. En décembre 2020, 48 000 heures de calcul avaient été données à l'équipe SCC par les bénévoles du WCG. Depuis lors, l'équipe a été occupée à valider les résultats qu'elle a reçus (voir les mises à jour récentes).

Mise à jour de mars 2023

Nous sommes ravis de partager une mise à jour de l'équipe Smash Childhood Cancer concernant le début de la nouvelle phase de leur quête pour guérir le cancer. La nouvelle protéine cible est MyoD1 (protéine de différenciation myogénique 1) et l'une de ses mutations, L122R. MyoD1 est un facteur de transcription qui active les gènes spécifiques des muscles et qui intervient dans le passage de la croissance à la différenciation des cellules. La perte de contrôle de cette commutation peut entraîner la formation de rhabdomyosarcomes.

L122R est une mutation fréquemment trouvée dans les rhabdomyosarcomes, et elle est liée à un pronostic plus défavorable2. Compte tenu de la structure cristalline déposée dans la Protein Data Bank, l'objectif est de trouver des composés qui agissent sur le type mutant mais pas sur le type sauvage.

 

Structure cristalline du complexe domaine bHLH-ADN de MyoD : perspectives sur la reconnaissance de l'ADN et implications pour l'activation transcriptionnelle

De nouvelles unités de travail du SCC ont été préparées pour faciliter la recherche, et les volontaires qui suivent ce projet pourront les télécharger une fois que nous aurons redémarré BOINC après la panne de stockage.

Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Merci pour votre soutien, votre patience et votre compréhension.

L'équipe WCG

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=783

Traduction : merci à DeepL.com quand même, pratiquemente rien à corriger.

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Une brève mise à jour de l'équipe ARP, comprenant des détails sur les changements apportés à leur système de stockage.

Projet : Africa Rainfall Project

Contexte

Le projet Africa Rainfall vise à effectuer des simulations informatiques de tempêtes de pluie en Afrique subsaharienne afin d'améliorer les prévisions météorologiques pour la région. Il est essentiel pour l'agriculture et l'autosuffisance de fournir des données météorologiques précises à la communauté agricole locale. En comparant les résultats obtenus par le calcul des données pluviométriques provenant de diverses sources à l'aide du World Community Grid, les scientifiques peuvent créer des prévisions de plus en plus précises et améliorer les simulations futures et, par conséquent, les prévisions météorologiques. Pour en savoir plus sur les détails spécifiques du projet, consultez notre mise à jour de l'ARP de mars 2022.

Depuis décembre 2022, l'équipe ARP a interrompu la publication de nouvelles unités de travail, jusqu'à ce qu'elle ait résolu les limites de capacité de son système de stockage. Pour en savoir plus sur cette pause, consultez notre mise à jour du forum sur l'état des unités de travail.

Les 100 derniers jours de l'African Rainfall Project

Nous avons interrogé l'équipe de l'ARP sur les derniers développements et voici ce qu'elle a partagé avec nous :

"L'African Rainfall Project a connu une période très calme, du moins sur le plan opérationnel. En coulisses, les changements nécessaires ont été apportés pour que le projet puisse redémarrer. Dans les articles précédents, nous avons beaucoup parlé des volumes de données impliqués, qui sont en effet impressionnants. Il s'agit toutefois d'un problème majeur en termes de stockage et de déplacement de ces données d'un endroit à l'autre. Dans le cas de l'ARP, les résultats des volontaires sont envoyés par le WCG aux ordinateurs de SURF, l'organisation collaborative pour les technologies de l'information dans l'éducation et la recherche aux Pays-Bas. Les premiers 200TB ont pu être stockés sur disque, ce qui est relativement facile d'accès. Il s'agit toutefois de la quantité maximale autorisée. Il existe également un "stockage de travail", où les résultats peuvent être analysés et comparés. Officiellement, la quantité maximale autorisée est de 50 To, mais l'ARP avait envoyé 150 To, de sorte que les données devaient être déplacées ailleurs. Dans ce cas, "ailleurs" était le stockage sur bande, qui reste en fait le moyen le moins cher de stocker des données, mais qui implique également de déplacer physiquement des bobines de bande vers et depuis les unités de lecture et d'écriture. Même si ces bandes sont déplacées par un robot, on peut imaginer que cela prend un certain temps et que l'on ne déplace des données sur ou hors de la bande qu'une fois de temps en temps. On pourrait probablement donner l'ordre de copier simplement chaque lecteur de fichiers sur la bande, mais cela resterait probablement bloqué quelque part et il pourrait y avoir des erreurs de transcription. Au lieu de cela, nous avons déplacé les données une génération à la fois (c'est-à-dire deux jours de simulation) et nous avons utilisé une fonction de hachage pour nous assurer que les bits sur le support d'origine étaient les mêmes que sur le nouveau support.

Ce problème a été résolu et les volontaires du projet sur les précipitations en Afrique peuvent donc poursuivre leurs activités. Nous disposons maintenant d'environ 265 jours de résultats et nous aimerions vraiment compléter l'année complète avec les 100 derniers jours en raison du caractère très saisonnier des précipitations en Afrique. Près de l'équateur, il y a généralement deux saisons des pluies et deux saisons sèches, car la zone de convergence intertropicale se déplace avec le soleil. Au nord et au sud, il y a généralement une saison des pluies et une saison sèche relativement longue. Une année complète ajoute donc une réelle valeur scientifique au jeu de données. Le soutien de SURF pour le stockage à grande échelle prendra fin, mais une solution différente à long terme a été trouvée pour s'assurer que les scientifiques puissent continuer à analyser les résultats afin de mieux comprendre les conditions météorologiques en Afrique et leur prévisibilité".

Fortes pluies en Afrique. Photo : Jan Friesen

Merci à l'équipe de l'ARP pour son partenariat continu avec les WCG et pour son aide dans la création de cette mise à jour. Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Nous vous remercions de votre soutien.

L'équipe du WCG

Publié le : 15 mars 2023

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=781

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Chers bénévoles Einstein@Home,

Nous aimerions vous informer de nos recherches de nouvelles étoiles à neutrons à l'aide des données des radiotélescopes et du satellite à rayons gamma Fermi. Grâce à vous, Einstein@Home a déjà trouvé 55 nouveaux pulsars radio et 39 nouveaux pulsars gamma. Avec votre soutien continu, nous pensons que beaucoup d'autres suivront.

Toutes les données d'Arecibo analysées

Il y a près de quinze ans, Einstein@Home a commencé à rechercher les données de l' enquête PALFA , réalisée à l'Observatoire d'Arecibo. Depuis, plus de 150 000 observations individuelles ont été traitées. Notre recherche « BRP4 » a récemment terminé de parcourir toutes les données PALFA, et nous post-traitons maintenant ces résultats.

Télescope Green Bank

BRP4 recherche actuellement les données recueillies en 2017 par le télescope Green Bank. Nous prévoyons que l'analyse initiale sera terminée dans les deux prochains mois.

MeerKAT

MeerKAT est un nouveau radiotélescope passionnant, situé en Afrique du Sud, qui peut explorer le ciel du Sud avec plus de sensibilité et une résolution plus élevée que jamais. Cela signifie qu'il y a beaucoup de données à rechercher ! Actuellement, la recherche « BRP7 » accélérée par le GPU traite les données de l' enquête TRAPUM . Nous avons presque fini de chasser les binaires "veuves noires" dans les amas globulaires Messier 22, Messier 28 et Terzan 5. Ce sont des conglomérats denses et sphériques d'étoiles qui abritent de nombreux pulsars à rotation rapide, en particulier dans les systèmes binaires. Une fois cela terminé, nous rechercherons à nouveau les données, cette fois pour rechercher des binaires d'étoiles à double neutrons.

Post-traitement des données d'Arecibo arrivant sur Zooniverse

L'analyse Einstein@Home des données d'Arecibo a identifié plus de 50 milliards de candidats. Nous les avons passés au crible à l'aide de nouveaux outils et algorithmes, et avons sélectionné quelques centaines de milliers qui sont les plus susceptibles d'être de nouveaux pulsars. C'est trop pour que notre petit groupe puisse les examiner, nous mettons donc en place un projet Zooniverse. Dès que cela sera en ligne, aidez-nous à rechercher dans les tracés de diagnostic les signes caractéristiques d'un nouveau pulsar !

Trouver des pulsars gamma dans les données Fermi LAT

Une partie de la puissance de calcul d'Einstein@Home est utilisée pour effectuer des recherches dans les données du télescope à grande surface (LAT) à bord du télescope spatial à rayons gamma Fermi de la NASA. Notre recherche actuelle "FGRP5" cible des dizaines de sources ponctuelles qui semblent être des étoiles à neutrons isolées mais où aucune pulsation n'a (jusqu'à présent) été identifiée. En parallèle, la recherche « FGRPB1G » chasse les pulsars gamma dans les systèmes binaires. Ici, nous collaborons avec des astronomes pour trouver les cibles les plus prometteuses, et les observations préliminaires des télescopes optiques informent les recherches de rayons gamma. Un communiqué de presse de 2021 sur une découverte antérieure fournit des informations sur la façon dont cela fonctionne.

 

Si vous avez des questions, n'hésitez pas à nous en faire part en répondant à cette actualité dans notre forum de discussion.

Bruce Allen

Directeur, Einstein@Home

 

Source de l'article : https://einsteinathome.org/fr/content/news-about-einsteinhome-searches-radio-and-gamma-ray-pulsars

Traduction : Kalianthys

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