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Le projet SCC est entré dans la phase suivante de la recherche et de nouvelles unités de travail ont été préparées pour le redémarrage de BOINC.

Le projet : Smash Childhood Cancer

Publié le : 22 mars 2023

Contexte

Alors que les protéines et autres molécules qui jouent un rôle clé dans les cancers de l'enfant ont été identifiées, trouver des composés chimiques (médicaments) candidats qui peuvent cibler ces molécules et modifier leur fonction est un processus de longue haleine. Grâce à la puissance de calcul du WCG, l'équipe Smash Childhood Cancer a pu rechercher des millions de médicaments candidats en vue d'une éventuelle application clinique.

Le projet a fonctionné par intermittence, identifiant les candidats médicaments possibles et les testant ensuite en laboratoire. En décembre 2020, 48 000 heures de calcul avaient été données à l'équipe SCC par les bénévoles du WCG. Depuis lors, l'équipe a été occupée à valider les résultats qu'elle a reçus (voir les mises à jour récentes).

Mise à jour de mars 2023

Nous sommes ravis de partager une mise à jour de l'équipe Smash Childhood Cancer concernant le début de la nouvelle phase de leur quête pour guérir le cancer. La nouvelle protéine cible est MyoD1 (protéine de différenciation myogénique 1) et l'une de ses mutations, L122R. MyoD1 est un facteur de transcription qui active les gènes spécifiques des muscles et qui intervient dans le passage de la croissance à la différenciation des cellules. La perte de contrôle de cette commutation peut entraîner la formation de rhabdomyosarcomes.

L122R est une mutation fréquemment trouvée dans les rhabdomyosarcomes, et elle est liée à un pronostic plus défavorable2. Compte tenu de la structure cristalline déposée dans la Protein Data Bank, l'objectif est de trouver des composés qui agissent sur le type mutant mais pas sur le type sauvage.

 

Structure cristalline du complexe domaine bHLH-ADN de MyoD : perspectives sur la reconnaissance de l'ADN et implications pour l'activation transcriptionnelle

De nouvelles unités de travail du SCC ont été préparées pour faciliter la recherche, et les volontaires qui suivent ce projet pourront les télécharger une fois que nous aurons redémarré BOINC après la panne de stockage.

Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Merci pour votre soutien, votre patience et votre compréhension.

L'équipe WCG

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=783

Traduction : merci à DeepL.com quand même, pratiquemente rien à corriger.

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Une brève mise à jour de l'équipe ARP, comprenant des détails sur les changements apportés à leur système de stockage.

Projet : Africa Rainfall Project

Contexte

Le projet Africa Rainfall vise à effectuer des simulations informatiques de tempêtes de pluie en Afrique subsaharienne afin d'améliorer les prévisions météorologiques pour la région. Il est essentiel pour l'agriculture et l'autosuffisance de fournir des données météorologiques précises à la communauté agricole locale. En comparant les résultats obtenus par le calcul des données pluviométriques provenant de diverses sources à l'aide du World Community Grid, les scientifiques peuvent créer des prévisions de plus en plus précises et améliorer les simulations futures et, par conséquent, les prévisions météorologiques. Pour en savoir plus sur les détails spécifiques du projet, consultez notre mise à jour de l'ARP de mars 2022.

Depuis décembre 2022, l'équipe ARP a interrompu la publication de nouvelles unités de travail, jusqu'à ce qu'elle ait résolu les limites de capacité de son système de stockage. Pour en savoir plus sur cette pause, consultez notre mise à jour du forum sur l'état des unités de travail.

Les 100 derniers jours de l'African Rainfall Project

Nous avons interrogé l'équipe de l'ARP sur les derniers développements et voici ce qu'elle a partagé avec nous :

"L'African Rainfall Project a connu une période très calme, du moins sur le plan opérationnel. En coulisses, les changements nécessaires ont été apportés pour que le projet puisse redémarrer. Dans les articles précédents, nous avons beaucoup parlé des volumes de données impliqués, qui sont en effet impressionnants. Il s'agit toutefois d'un problème majeur en termes de stockage et de déplacement de ces données d'un endroit à l'autre. Dans le cas de l'ARP, les résultats des volontaires sont envoyés par le WCG aux ordinateurs de SURF, l'organisation collaborative pour les technologies de l'information dans l'éducation et la recherche aux Pays-Bas. Les premiers 200TB ont pu être stockés sur disque, ce qui est relativement facile d'accès. Il s'agit toutefois de la quantité maximale autorisée. Il existe également un "stockage de travail", où les résultats peuvent être analysés et comparés. Officiellement, la quantité maximale autorisée est de 50 To, mais l'ARP avait envoyé 150 To, de sorte que les données devaient être déplacées ailleurs. Dans ce cas, "ailleurs" était le stockage sur bande, qui reste en fait le moyen le moins cher de stocker des données, mais qui implique également de déplacer physiquement des bobines de bande vers et depuis les unités de lecture et d'écriture. Même si ces bandes sont déplacées par un robot, on peut imaginer que cela prend un certain temps et que l'on ne déplace des données sur ou hors de la bande qu'une fois de temps en temps. On pourrait probablement donner l'ordre de copier simplement chaque lecteur de fichiers sur la bande, mais cela resterait probablement bloqué quelque part et il pourrait y avoir des erreurs de transcription. Au lieu de cela, nous avons déplacé les données une génération à la fois (c'est-à-dire deux jours de simulation) et nous avons utilisé une fonction de hachage pour nous assurer que les bits sur le support d'origine étaient les mêmes que sur le nouveau support.

Ce problème a été résolu et les volontaires du projet sur les précipitations en Afrique peuvent donc poursuivre leurs activités. Nous disposons maintenant d'environ 265 jours de résultats et nous aimerions vraiment compléter l'année complète avec les 100 derniers jours en raison du caractère très saisonnier des précipitations en Afrique. Près de l'équateur, il y a généralement deux saisons des pluies et deux saisons sèches, car la zone de convergence intertropicale se déplace avec le soleil. Au nord et au sud, il y a généralement une saison des pluies et une saison sèche relativement longue. Une année complète ajoute donc une réelle valeur scientifique au jeu de données. Le soutien de SURF pour le stockage à grande échelle prendra fin, mais une solution différente à long terme a été trouvée pour s'assurer que les scientifiques puissent continuer à analyser les résultats afin de mieux comprendre les conditions météorologiques en Afrique et leur prévisibilité".

Fortes pluies en Afrique. Photo : Jan Friesen

Merci à l'équipe de l'ARP pour son partenariat continu avec les WCG et pour son aide dans la création de cette mise à jour. Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Nous vous remercions de votre soutien.

L'équipe du WCG

Publié le : 15 mars 2023

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=781

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Chers bénévoles Einstein@Home,

Nous aimerions vous informer de nos recherches de nouvelles étoiles à neutrons à l'aide des données des radiotélescopes et du satellite à rayons gamma Fermi. Grâce à vous, Einstein@Home a déjà trouvé 55 nouveaux pulsars radio et 39 nouveaux pulsars gamma. Avec votre soutien continu, nous pensons que beaucoup d'autres suivront.

Toutes les données d'Arecibo analysées

Il y a près de quinze ans, Einstein@Home a commencé à rechercher les données de l' enquête PALFA , réalisée à l'Observatoire d'Arecibo. Depuis, plus de 150 000 observations individuelles ont été traitées. Notre recherche « BRP4 » a récemment terminé de parcourir toutes les données PALFA, et nous post-traitons maintenant ces résultats.

Télescope Green Bank

BRP4 recherche actuellement les données recueillies en 2017 par le télescope Green Bank. Nous prévoyons que l'analyse initiale sera terminée dans les deux prochains mois.

MeerKAT

MeerKAT est un nouveau radiotélescope passionnant, situé en Afrique du Sud, qui peut explorer le ciel du Sud avec plus de sensibilité et une résolution plus élevée que jamais. Cela signifie qu'il y a beaucoup de données à rechercher ! Actuellement, la recherche « BRP7 » accélérée par le GPU traite les données de l' enquête TRAPUM . Nous avons presque fini de chasser les binaires "veuves noires" dans les amas globulaires Messier 22, Messier 28 et Terzan 5. Ce sont des conglomérats denses et sphériques d'étoiles qui abritent de nombreux pulsars à rotation rapide, en particulier dans les systèmes binaires. Une fois cela terminé, nous rechercherons à nouveau les données, cette fois pour rechercher des binaires d'étoiles à double neutrons.

Post-traitement des données d'Arecibo arrivant sur Zooniverse

L'analyse Einstein@Home des données d'Arecibo a identifié plus de 50 milliards de candidats. Nous les avons passés au crible à l'aide de nouveaux outils et algorithmes, et avons sélectionné quelques centaines de milliers qui sont les plus susceptibles d'être de nouveaux pulsars. C'est trop pour que notre petit groupe puisse les examiner, nous mettons donc en place un projet Zooniverse. Dès que cela sera en ligne, aidez-nous à rechercher dans les tracés de diagnostic les signes caractéristiques d'un nouveau pulsar !

Trouver des pulsars gamma dans les données Fermi LAT

Une partie de la puissance de calcul d'Einstein@Home est utilisée pour effectuer des recherches dans les données du télescope à grande surface (LAT) à bord du télescope spatial à rayons gamma Fermi de la NASA. Notre recherche actuelle "FGRP5" cible des dizaines de sources ponctuelles qui semblent être des étoiles à neutrons isolées mais où aucune pulsation n'a (jusqu'à présent) été identifiée. En parallèle, la recherche « FGRPB1G » chasse les pulsars gamma dans les systèmes binaires. Ici, nous collaborons avec des astronomes pour trouver les cibles les plus prometteuses, et les observations préliminaires des télescopes optiques informent les recherches de rayons gamma. Un communiqué de presse de 2021 sur une découverte antérieure fournit des informations sur la façon dont cela fonctionne.

 

Si vous avez des questions, n'hésitez pas à nous en faire part en répondant à cette actualité dans notre forum de discussion.

Bruce Allen

Directeur, Einstein@Home

 

Source de l'article : https://einsteinathome.org/fr/content/news-about-einsteinhome-searches-radio-and-gamma-ray-pulsars

Traduction : Kalianthys

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L'équipe OpenZika a publié un nouveau document de recherche décrivant les progrès qu'elle a réalisés après son partenariat avec WCG

Projet : OpenZika
Published on: 9 févr. 2023

Bref historique du projet OpenZika

Le Dr Carolina Horta Andrade (Faculdade de Farmácia Universidade Federal de Goiás, LabMo ), avec le Dr Sean Ekins ( Collaborations Pharmaceuticals, Inc. ) et le Dr Alexander Perryman (Rutgers University–New Jersey Medical School) ont lancé le projet OpenZika en mai . de 2016 en collaboration avec IBM WCG pour identifier d'éventuels inhibiteurs du virus Zika. Les patients touchés par ce virus souffrent de paralysie de leur système nerveux et les enfants nés de mères touchées par le virus présentent de graves troubles du développement cérébral. Alors qu'il constituait déjà une menace énorme au Brésil, il avait le potentiel de devenir une menace mondiale à moins qu'un traitement ne soit développé rapidement. La puissance de calcul massive de WCG a permis à l'équipe de tester rapidement des millions de composés à la recherche d'inhibiteurs possibles de diverses cibles du virus Zika.

En novembre , la liste des 7 600 composés potentiels a été passée au crible pour tester leur efficacité contre l'hélicase NS3, une protéine du virus Zika qui lui permet de dérouler son ARN duplex. La liste des molécules a été réduite à huit composés, dont cinq ont ensuite été vérifiés comme étant sûrs par une étude menée à l'Université de Californie à San Diego. En mars 2017 , l'équipe était prête à passer à la deuxième étape du projet. L'équipe a utilisé un serveur pour créer une grande bibliothèque de 30,2 millions de composés à tester contre la protéase NS2B-NS3, l'hélicase NS3 et les protéines NS5-polymérase. L'exécution d'un criblage informatique sur cette grande bibliothèque n'a été possible que grâce aux efforts combinés des bénévoles du World Community Grid (WCG).

Les tests sur ces 30,2 millions de composés se sont poursuivis jusqu'en décembre 2018 , lorsque l'équipe a analysé une base de données de composés supplémentaires fournie par ChemBridge. La liste d'un million de composés a été testée dans son efficacité contre la polymérase NS5, la méthyltransférase NS5 et l'hélicase NS3 ; le réduisant finalement à 55 composés d'intérêt. Les résultats ont été envoyés à l'Université de Californie pour évaluation dans le virus, ainsi qu'à l'Université de Sao Paulo pour évaluation avec les protéines du virus Zika en juillet 2019 .

Propulsée par une communauté de 80 000 volontaires qui ont fait don de près de 73 années CPU par jour en moyenne au projet WCG, l'équipe OpenZika a pu finaliser sa modélisation et le projet s'est achevé en décembre 2019. La phase suivante s'est concentrée sur la validation expérimentale et priorisation des molécules sélectionnées.

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Lire la suite : World Community Grid - February 2023 OpenZika Project Update

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 Célébration des réalisations du WCG au cours des 18 dernières années.

World Community Grid a été créé et financé par une initiative philanthropique d'IBM Corporate Social Responsibility depuis le 16 novembre 2004, jusqu'en février 2022, pour donner à toute personne disposant d'un ordinateur, d'un appareil Android ou Raspberry Pi la possibilité de contribuer à la recherche sur la santé et la durabilité. Cette plateforme de calcul à haute performance était librement accessible pour la recherche en science ouverte et en données ouvertes qui profite à l'humanité. Elle a cumulé au fil des années 807 451 volontaires qui l'ont alimentée en faisant don de la puissance de calcul de 7 619 667 appareils. Les partenaires scientifiques du WCG ont utilisé les 2 432 965 années CPU résultantes pour chercher des réponses aux plus grands problèmes du monde.

 

2 432 965 années de CPU pour la recherche sur les changements mondiaux ont généré 6 623 603 997 résultats à travers 32 projets.

 Nous sommes reconnaissants à IBM pour ses nombreuses années de soutien financier et opérationnel. Le WCG continue de fournir une plateforme pour la recherche en source et en données ouvertes et contribue à réduire le temps de calcul pour permettre aux scientifiques de s'attaquer aux questions les plus urgentes du monde, sans frais d'accès à cette puissance de calcul pour les chercheurs. Au cours de l'année écoulée, le WCG a été transféré au Krembil Research Institute, University Health Network (UHN), situé à Toronto, au Canada. Le WCG est désormais géré par le laboratoire Jurisica de l'UHN. En tant que groupe universitaire, nous sommes confrontés à un défi financier important pour fournir le même niveau de soutien à la communauté de recherche mondiale, toujours gratuitement. Un an peut sembler long pour une "migration du système WCG", mais notre petite équipe a dû passer d'une équipe de recherche qui exécutait Mapping Cancer Markers sur WCG à l'apprentissage, la construction et la configuration du système WCG sur nos serveurs, avec notre architecture et nos contraintes de performance (nos serveurs n'étaient pas configurés de manière optimale pour le système WCG).

 Alors que nous continuons à identifier et à résoudre les goulets d'étranglement critiques, il est encourageant de voir des volontaires dévoués qui continuent à alimenter la science alors que les résultats de recherche sur nos quatre projets actuellement actifs continuent à augmenter.

 

 

Représentation graphique de la moyenne mensuelle des résultats obtenus par projet actif au cours des 18 années. En 2014, plusieurs projets de recherche se sont terminés, augmentant considérablement les résultats moyens par projet.

Bien que la transition vers une nouvelle plateforme ait présenté de nombreux défis techniques et logistiques, le WCG fonctionne à nouveau et continue à soutenir des applications qui profitent à l'humanité, et ce sans frais pour les chercheurs. Tout en finalisant la configuration du système, nous sommes également à la recherche de nouveaux défis à relever dans la recherche médicale et sur le changement climatique. Dans l'ensemble, le WCG a un bel avenir devant lui grâce au soutien de nos amis et de nos bénévoles.

Pour toute question ou discussion, veuillez les laisser dans ce fil de discussion.

L'équipe WCG à l'Institut de recherche Krembil

 

Publié le : 16 nov. 2022

 Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=778

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Comme les découvertes scientifiques sur la plateforme WCG prennent un temps considérable pour être analysées et validées, c'est avec beaucoup d'enthousiasme que nous partageons avec vous une récente mise à jour de l'équipe Smash Childhood Cancer.

  • Rendre la chimiothérapie plus efficace : inhibiteurs de PAX-FOXO1 pour le cancer musculaire chez l'enfant

Dans le cadre d'un travail soutenu par la Megan's Mission Foundation, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org ; sous la direction du Dr C. Keller) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer le médicament improbable : un inhibiteur de « facteur de transcription ». Dans le rhabdomyosarcome du cancer du muscle chez l'enfant, les deux facteurs de transcription normaux PAX3 et FOXO1 «se cassent» puis fusionnent l'un avec l'autre. Le facteur de transcription PAX-FOXO1 qui en résulte entraîne la poursuite d'un programme d'autres gènes qui conduisent à la résistance à la chimiothérapie, à la rechute et parfois à la mort. Grâce au WCG, 8 millions de composés ont été criblés et seulement 24 composés ont été identifiés. A ce jour, 5 ont été validées pour stopper l'action du facteur de transcription PAX-FOXO1. Le responsable du projet cc-TDI est Kiyo Nagamori .

  • Arrêter les métastases des sarcomes de l'enfant

Dans un travail soutenu par la Fondation Pheonix Spangler, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer une petite molécule inhibitrice de la protéine ostéopontine. L'ostéopontine est une protéine fabriquée par les cellules cancéreuses pour inviter les vaisseaux sanguins à se rapprocher. Ces vaisseaux sont alors une voie de propagation dans tout le corps. Dans le cadre d'un travail d'évaluation de produits chimiques modélisés par ordinateur et de composés identifiés expérimentalement par le collaborateur Aykut Uren de l'Université de Georgetown, nous avons identifié des composés qui se lient à l'ostéopontine. L'étape suivante consiste à déterminer si ces composés arrêtent la formation de vaisseaux sanguins et les métastases qui se produisent à la suite de l'ostéopontine. Des souris génétiquement modifiées avec des niveaux normaux ou l'absence d'ostéopontine rendent ce travail possible. Le chef de projet cc-TDI estShefali Chauhan .

  • Arrêter le moteur du neuroblastome TrkB

Dans des études honorant Alyssa, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino et le Dr Akira Nakagawara de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer la prochaine génération d'inhibiteur sélectif de la protéine TrkB. TrkB entraîne la croissance et la progression du cancer des cellules nerveuses chez l'enfant, le neuroblastome. TrkB est la protéine sœur de TrkA, qui est devenue d'un grand intérêt pharmaceutique dans les sarcomes et les cancers du poumon. Les inhibiteurs de TrkB développés par des produits chimiques évolutifs dérivés de la modélisation informatique ont une solubilité accrue mais conservent une activité contre TrkB. Le responsable du projet cc-TDI est Xiaolei Lian .

Merci Dr Keller et le reste de l'équipe SCC pour votre travail incroyable. Nous attendons avec impatience de connaître le succès de ces traitements et d'effectuer de nouvelles prédictions sur le WCG pour les nouvelles cibles.

Équipe WCG à l'Institut de recherche du Krembil

 

Traduction: Kali

Source: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=777

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