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 Célébration des réalisations du WCG au cours des 18 dernières années.

World Community Grid a été créé et financé par une initiative philanthropique d'IBM Corporate Social Responsibility depuis le 16 novembre 2004, jusqu'en février 2022, pour donner à toute personne disposant d'un ordinateur, d'un appareil Android ou Raspberry Pi la possibilité de contribuer à la recherche sur la santé et la durabilité. Cette plateforme de calcul à haute performance était librement accessible pour la recherche en science ouverte et en données ouvertes qui profite à l'humanité. Elle a cumulé au fil des années 807 451 volontaires qui l'ont alimentée en faisant don de la puissance de calcul de 7 619 667 appareils. Les partenaires scientifiques du WCG ont utilisé les 2 432 965 années CPU résultantes pour chercher des réponses aux plus grands problèmes du monde.

 

2 432 965 années de CPU pour la recherche sur les changements mondiaux ont généré 6 623 603 997 résultats à travers 32 projets.

 Nous sommes reconnaissants à IBM pour ses nombreuses années de soutien financier et opérationnel. Le WCG continue de fournir une plateforme pour la recherche en source et en données ouvertes et contribue à réduire le temps de calcul pour permettre aux scientifiques de s'attaquer aux questions les plus urgentes du monde, sans frais d'accès à cette puissance de calcul pour les chercheurs. Au cours de l'année écoulée, le WCG a été transféré au Krembil Research Institute, University Health Network (UHN), situé à Toronto, au Canada. Le WCG est désormais géré par le laboratoire Jurisica de l'UHN. En tant que groupe universitaire, nous sommes confrontés à un défi financier important pour fournir le même niveau de soutien à la communauté de recherche mondiale, toujours gratuitement. Un an peut sembler long pour une "migration du système WCG", mais notre petite équipe a dû passer d'une équipe de recherche qui exécutait Mapping Cancer Markers sur WCG à l'apprentissage, la construction et la configuration du système WCG sur nos serveurs, avec notre architecture et nos contraintes de performance (nos serveurs n'étaient pas configurés de manière optimale pour le système WCG).

 Alors que nous continuons à identifier et à résoudre les goulets d'étranglement critiques, il est encourageant de voir des volontaires dévoués qui continuent à alimenter la science alors que les résultats de recherche sur nos quatre projets actuellement actifs continuent à augmenter.

 

 

Représentation graphique de la moyenne mensuelle des résultats obtenus par projet actif au cours des 18 années. En 2014, plusieurs projets de recherche se sont terminés, augmentant considérablement les résultats moyens par projet.

Bien que la transition vers une nouvelle plateforme ait présenté de nombreux défis techniques et logistiques, le WCG fonctionne à nouveau et continue à soutenir des applications qui profitent à l'humanité, et ce sans frais pour les chercheurs. Tout en finalisant la configuration du système, nous sommes également à la recherche de nouveaux défis à relever dans la recherche médicale et sur le changement climatique. Dans l'ensemble, le WCG a un bel avenir devant lui grâce au soutien de nos amis et de nos bénévoles.

Pour toute question ou discussion, veuillez les laisser dans ce fil de discussion.

L'équipe WCG à l'Institut de recherche Krembil

 

Publié le : 16 nov. 2022

 Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=778

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Comme les découvertes scientifiques sur la plateforme WCG prennent un temps considérable pour être analysées et validées, c'est avec beaucoup d'enthousiasme que nous partageons avec vous une récente mise à jour de l'équipe Smash Childhood Cancer.

  • Rendre la chimiothérapie plus efficace : inhibiteurs de PAX-FOXO1 pour le cancer musculaire chez l'enfant

Dans le cadre d'un travail soutenu par la Megan's Mission Foundation, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org ; sous la direction du Dr C. Keller) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer le médicament improbable : un inhibiteur de « facteur de transcription ». Dans le rhabdomyosarcome du cancer du muscle chez l'enfant, les deux facteurs de transcription normaux PAX3 et FOXO1 «se cassent» puis fusionnent l'un avec l'autre. Le facteur de transcription PAX-FOXO1 qui en résulte entraîne la poursuite d'un programme d'autres gènes qui conduisent à la résistance à la chimiothérapie, à la rechute et parfois à la mort. Grâce au WCG, 8 millions de composés ont été criblés et seulement 24 composés ont été identifiés. A ce jour, 5 ont été validées pour stopper l'action du facteur de transcription PAX-FOXO1. Le responsable du projet cc-TDI est Kiyo Nagamori .

  • Arrêter les métastases des sarcomes de l'enfant

Dans un travail soutenu par la Fondation Pheonix Spangler, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer une petite molécule inhibitrice de la protéine ostéopontine. L'ostéopontine est une protéine fabriquée par les cellules cancéreuses pour inviter les vaisseaux sanguins à se rapprocher. Ces vaisseaux sont alors une voie de propagation dans tout le corps. Dans le cadre d'un travail d'évaluation de produits chimiques modélisés par ordinateur et de composés identifiés expérimentalement par le collaborateur Aykut Uren de l'Université de Georgetown, nous avons identifié des composés qui se lient à l'ostéopontine. L'étape suivante consiste à déterminer si ces composés arrêtent la formation de vaisseaux sanguins et les métastases qui se produisent à la suite de l'ostéopontine. Des souris génétiquement modifiées avec des niveaux normaux ou l'absence d'ostéopontine rendent ce travail possible. Le chef de projet cc-TDI estShefali Chauhan .

  • Arrêter le moteur du neuroblastome TrkB

Dans des études honorant Alyssa, le Children's Cancer Therapy Development Institute (cc-TDI.org) a collaboré avec le Dr Tyuji Hoshino et le Dr Akira Nakagawara de l'Université de Chiba et le World Community Grid (WCG) pour développer la prochaine génération d'inhibiteur sélectif de la protéine TrkB. TrkB entraîne la croissance et la progression du cancer des cellules nerveuses chez l'enfant, le neuroblastome. TrkB est la protéine sœur de TrkA, qui est devenue d'un grand intérêt pharmaceutique dans les sarcomes et les cancers du poumon. Les inhibiteurs de TrkB développés par des produits chimiques évolutifs dérivés de la modélisation informatique ont une solubilité accrue mais conservent une activité contre TrkB. Le responsable du projet cc-TDI est Xiaolei Lian .

Merci Dr Keller et le reste de l'équipe SCC pour votre travail incroyable. Nous attendons avec impatience de connaître le succès de ces traitements et d'effectuer de nouvelles prédictions sur le WCG pour les nouvelles cibles.

Équipe WCG à l'Institut de recherche du Krembil

 

Traduction: Kali

Source: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=777

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Découvrez l'état actuel et les plans futurs du projet Africa Rainfall grâce à cette brève interview.

Publié le : 29 juil. 2022

Chers volontaires, nous avons quelque chose d'un peu différent pour vous aujourd'hui. Alors que nous travaillons au redémarrage complet du World Community Grid, nous avons pensé que ce serait une bonne occasion de rappeler à la communauté les équipes extraordinaires avec lesquelles nous collaborons et ce que le WCG représente pour elles. Pour commencer, nous avons posé à l'équipe du projet Africa Rainfall une série de questions qui répondront à toutes les questions que les vétérans et les nouveaux volontaires pourraient se poser sur leurs recherches.

Voici ce qu'ils ont partagé avec nous :

Quel est l'objectif de votre projet ?

Le projet "African Rainfall" vise à faire fonctionner un modèle météorologique numérique pour l'ensemble de l'Afrique subsaharienne à une grille très fine de 1 km. La raison pour laquelle nous utilisons une résolution aussi fine est que les précipitations en Afrique sont en grande partie générées par des tempêtes de pluie convectives qui se développent à des échelles relativement petites. Avec une grille aussi fine, une grande puissance de calcul est nécessaire. Le WCG est très utile car nous pouvons diviser cette tâche énorme en de nombreuses petites tâches. Chaque tâche consiste à faire tourner le modèle sur une petite zone de 50 km sur 50 km pendant deux jours. Pour toute l'Afrique subsaharienne, nous avons besoin de 35 609 zones.

Comment le projet a-t-il été affecté par la période d'arrêt du WCG ?

Pendant l'arrêt du WCG, nous avons profité de l'occasion pour travailler sur l'organisation des données déjà présentes. Chaque simulation génère environ 60 Mo de données. Si nous essayons d'exécuter une année complète, nous aurions 35 609 x 183 = 6 516 447 fichiers avec un volume de 390 TB. Rendre ces fichiers accessibles est une tâche en soi à laquelle nous avons travaillé pendant le temps d'arrêt.

Quels ont été les résultats de vos recherches jusqu'à présent ?

Les simulations ont couvert environ 260 jours sur un total de 366 jours. Il convient de préciser que nous n'effectuons pas de prévisions, car l'exécution du modèle prend plus de temps que le temps réel. Nous utilisons donc les résultats pour étudier comment les précipitations sont distribuées et comment elles peuvent être modélisées avec des modèles météorologiques numériques.

Que peuvent faire les volontaires ?

Nous espérons qu'un nombre similaire de volontaires contribuera comme avant le temps d'arrêt du WCG. Dans ce cas, nous aurions besoin d'un peu moins d'un an pour terminer le projet.

Y a-t-il des extensions ou de nouveaux projets envisagés dans un avenir proche ?

Nous devons vraiment commencer à examiner attentivement les données pour savoir dans quelle mesure nous pouvons modéliser le temps en Afrique. Cela prendra beaucoup de temps, compte tenu également de l'énorme quantité de données qui sont devenues disponibles grâce au WCG.

Merci au professeur Nick van de Geisen pour sa contribution, ainsi qu'au reste de l'équipe ARP pour son rôle dans la construction d'un monde meilleur. Merci aux volontaires d'avoir permis à cette recherche scientifique apparemment impossible de voir le jour.

L'équipe du World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=775

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Chers bénévoles, nous avons reçu de l'équipe Smash Childhood Cancer des nouvelles intéressantes sur la recherche que nous aimerions partager avec vous ! Au cours du processus de redémarrage, les chercheurs du SCC ont travaillé d'arrache-pied pour découvrir d'autres moyens de prévenir le cancer chez les enfants, et nous avons hâte de les aider bientôt dans leurs recherches. Voici ce qu'ils nous ont partagé :

« La β-caténine (CTNNB1) est une partie importante de la voie de signalisation Wnt/β-caténine, qui est impliquée dans la régulation du développement embryonnaire et le maintien des organes et des tissus. L'activation de la cascade de signalisation Wnt/β-caténine inhibe la dégradation de la β-caténine, qui à son tour stimule la transcription des gènes cibles en aval.

Une activation anormale de la signalisation β-caténine est observée dans > 70 % des cancers colorectaux et plusieurs tumeurs pédiatriques telles que l'hépatoblastome et le craniopharyngiome. La β-caténine activée favorise la prolifération, la survie et la migration des cellules cancéreuses.
Par conséquent, des stratégies de ciblage de la β-caténine ont été tentées par les chercheurs, mais aucune option efficace n'est encore disponible. L'identification d'inhibiteurs spécifiques contre les domaines de liaison aux protéines β-caténine est l'un de nos projets dans le cadre du programme Smash Childhood Cancers. Tyuji Hoshino a synthétisé plus de 150 composés chimiques ciblant les sites de liaison de la β-caténine sur la base des informations générées par le vaste réseau informatique donné par les volontaires. Ching Lau et Godfrey Chan ont vérifié les propriétés in vitro et in vivoactivités de certains des nouveaux composés générés, avec l'intention d'une éventuelle traduction clinique à l'avenir.

 

Merci de nous lire !

L'équipe de World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=774

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L'IPD est heureux d'annoncer que son premier médicament protéique conçu a été approuvé à l'étranger.

Félicitations et merci à tous les contributeurs de Rosetta@home ! Les calculs que vous avez fournis ont grandement contribué à relever les défis de la conception de protéines de novo, tels que le développement de vaccins, ce qui a permis de réaliser des percées comme celle-ci.

Pour plus d'informations, vous pouvez consulter l'article sur les vaccins de l'IPD.

Une vidéo est également disponible ici.

 

Extrait du site d'information de l'IPD :

- Les tests cliniques ont montré que le vaccin surpasse celui d'Oxford/AstraZeneca.

- Le vaccin à base de protéines, désormais appelé SKYCovione, ne nécessite pas de congélation.

- L'Université de Washington renonce aux redevances pour la durée de la pandémie.

- La Corée du Sud va acheter 10 millions de doses pour un usage domestique

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Lire la suite : Le vaccin COVID-19 avec des nanoparticules IPD obtient l'approbation complète à l'étranger

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WCG

Discussion sur les erreurs actuelles de notre plateforme BOINC et de ce qui est en train d'être corrigé.

Publié le 13/07/2022

Chers volontaires,

Au cours de la semaine dernière, nous sommes entrés dans une nouvelle étape de notre phase de test. Nous avons donné quelques unités de travail à nos volontaires pour qu'ils les crunchent. L'objectif était de voir si des erreurs imprévues se produisaient, ce que nous avons pu trouver grâce aux commentaires de nos volontaires. Si vous avez des questions spécifiques sur les unités de travail limitées, consultez ce fil de discussion sur nos forums.

Voici une mise à jour rapide de notre équipe technique :

Nous avons travaillé pour évaluer la façon dont le système répond à la charge et si la configuration est correcte. Comme beaucoup l'ont remarqué sur les forums, il y a quelques problèmes avec la configuration du backend BOINC. Les utilisateurs auront remarqué des notifications anormales dans le gestionnaire BOINC à propos d'URLs de projet incorrectes et de double rattachement au même projet. Nous avons résolu le problème sous-jacent et nous nous excusons pour la gêne occasionnée.

En outre, nous travaillons à résoudre le manque de synchronisation entre la page de profil du site Web et le gestionnaire BOINC. Nous travaillons également à la résolution d'un problème de blocage avec les unités de travail GPU pour Open Pandemics. Une fois ce problème résolu, nous devrions être en mesure d'augmenter la quantité d'unités de travail que nous pouvons envoyer aux volontaires.

Notre arriéré de problèmes non bloquants a continué de croître au fur et à mesure que nous observons la charge du système, mais dans l'ensemble, nous nous approchons d'un état stable et nous sommes impatients de mettre à jour les utilisateurs avec des statistiques et plus de détails au fur et à mesure que nous continuons le déploiement de notre système de production.

Merci de votre compréhension et de votre soutien continu.

Sincèrement,

L'équipe de World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=773

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Lire la suite : WCG : Mise à jour de l'équipe technique de juillet 2022

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  2. Des nouvelles du projet Quchempedia (Quantum Chemistry encycloPed and Intelligence Artificielle)
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