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Catégorie parente: Actualités

Découvrez l'état actuel et les plans futurs du projet Africa Rainfall grâce à cette brève interview.

Publié le : 29 juil. 2022

Chers volontaires, nous avons quelque chose d'un peu différent pour vous aujourd'hui. Alors que nous travaillons au redémarrage complet du World Community Grid, nous avons pensé que ce serait une bonne occasion de rappeler à la communauté les équipes extraordinaires avec lesquelles nous collaborons et ce que le WCG représente pour elles. Pour commencer, nous avons posé à l'équipe du projet Africa Rainfall une série de questions qui répondront à toutes les questions que les vétérans et les nouveaux volontaires pourraient se poser sur leurs recherches.

Voici ce qu'ils ont partagé avec nous :

Quel est l'objectif de votre projet ?

Le projet "African Rainfall" vise à faire fonctionner un modèle météorologique numérique pour l'ensemble de l'Afrique subsaharienne à une grille très fine de 1 km. La raison pour laquelle nous utilisons une résolution aussi fine est que les précipitations en Afrique sont en grande partie générées par des tempêtes de pluie convectives qui se développent à des échelles relativement petites. Avec une grille aussi fine, une grande puissance de calcul est nécessaire. Le WCG est très utile car nous pouvons diviser cette tâche énorme en de nombreuses petites tâches. Chaque tâche consiste à faire tourner le modèle sur une petite zone de 50 km sur 50 km pendant deux jours. Pour toute l'Afrique subsaharienne, nous avons besoin de 35 609 zones.

Comment le projet a-t-il été affecté par la période d'arrêt du WCG ?

Pendant l'arrêt du WCG, nous avons profité de l'occasion pour travailler sur l'organisation des données déjà présentes. Chaque simulation génère environ 60 Mo de données. Si nous essayons d'exécuter une année complète, nous aurions 35 609 x 183 = 6 516 447 fichiers avec un volume de 390 TB. Rendre ces fichiers accessibles est une tâche en soi à laquelle nous avons travaillé pendant le temps d'arrêt.

Quels ont été les résultats de vos recherches jusqu'à présent ?

Les simulations ont couvert environ 260 jours sur un total de 366 jours. Il convient de préciser que nous n'effectuons pas de prévisions, car l'exécution du modèle prend plus de temps que le temps réel. Nous utilisons donc les résultats pour étudier comment les précipitations sont distribuées et comment elles peuvent être modélisées avec des modèles météorologiques numériques.

Que peuvent faire les volontaires ?

Nous espérons qu'un nombre similaire de volontaires contribuera comme avant le temps d'arrêt du WCG. Dans ce cas, nous aurions besoin d'un peu moins d'un an pour terminer le projet.

Y a-t-il des extensions ou de nouveaux projets envisagés dans un avenir proche ?

Nous devons vraiment commencer à examiner attentivement les données pour savoir dans quelle mesure nous pouvons modéliser le temps en Afrique. Cela prendra beaucoup de temps, compte tenu également de l'énorme quantité de données qui sont devenues disponibles grâce au WCG.

Merci au professeur Nick van de Geisen pour sa contribution, ainsi qu'au reste de l'équipe ARP pour son rôle dans la construction d'un monde meilleur. Merci aux volontaires d'avoir permis à cette recherche scientifique apparemment impossible de voir le jour.

L'équipe du World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=775

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Chers bénévoles, nous avons reçu de l'équipe Smash Childhood Cancer des nouvelles intéressantes sur la recherche que nous aimerions partager avec vous ! Au cours du processus de redémarrage, les chercheurs du SCC ont travaillé d'arrache-pied pour découvrir d'autres moyens de prévenir le cancer chez les enfants, et nous avons hâte de les aider bientôt dans leurs recherches. Voici ce qu'ils nous ont partagé :

« La β-caténine (CTNNB1) est une partie importante de la voie de signalisation Wnt/β-caténine, qui est impliquée dans la régulation du développement embryonnaire et le maintien des organes et des tissus. L'activation de la cascade de signalisation Wnt/β-caténine inhibe la dégradation de la β-caténine, qui à son tour stimule la transcription des gènes cibles en aval.

Une activation anormale de la signalisation β-caténine est observée dans > 70 % des cancers colorectaux et plusieurs tumeurs pédiatriques telles que l'hépatoblastome et le craniopharyngiome. La β-caténine activée favorise la prolifération, la survie et la migration des cellules cancéreuses.
Par conséquent, des stratégies de ciblage de la β-caténine ont été tentées par les chercheurs, mais aucune option efficace n'est encore disponible. L'identification d'inhibiteurs spécifiques contre les domaines de liaison aux protéines β-caténine est l'un de nos projets dans le cadre du programme Smash Childhood Cancers. Tyuji Hoshino a synthétisé plus de 150 composés chimiques ciblant les sites de liaison de la β-caténine sur la base des informations générées par le vaste réseau informatique donné par les volontaires. Ching Lau et Godfrey Chan ont vérifié les propriétés in vitro et in vivoactivités de certains des nouveaux composés générés, avec l'intention d'une éventuelle traduction clinique à l'avenir.

 

Merci de nous lire !

L'équipe de World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=774

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L'IPD est heureux d'annoncer que son premier médicament protéique conçu a été approuvé à l'étranger.

Félicitations et merci à tous les contributeurs de Rosetta@home ! Les calculs que vous avez fournis ont grandement contribué à relever les défis de la conception de protéines de novo, tels que le développement de vaccins, ce qui a permis de réaliser des percées comme celle-ci.

Pour plus d'informations, vous pouvez consulter l'article sur les vaccins de l'IPD.

Une vidéo est également disponible ici.

 

Extrait du site d'information de l'IPD :

- Les tests cliniques ont montré que le vaccin surpasse celui d'Oxford/AstraZeneca.

- Le vaccin à base de protéines, désormais appelé SKYCovione, ne nécessite pas de congélation.

- L'Université de Washington renonce aux redevances pour la durée de la pandémie.

- La Corée du Sud va acheter 10 millions de doses pour un usage domestique

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Lire la suite : Le vaccin COVID-19 avec des nanoparticules IPD obtient l'approbation complète à l'étranger

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WCG

Discussion sur les erreurs actuelles de notre plateforme BOINC et de ce qui est en train d'être corrigé.

Publié le 13/07/2022

Chers volontaires,

Au cours de la semaine dernière, nous sommes entrés dans une nouvelle étape de notre phase de test. Nous avons donné quelques unités de travail à nos volontaires pour qu'ils les crunchent. L'objectif était de voir si des erreurs imprévues se produisaient, ce que nous avons pu trouver grâce aux commentaires de nos volontaires. Si vous avez des questions spécifiques sur les unités de travail limitées, consultez ce fil de discussion sur nos forums.

Voici une mise à jour rapide de notre équipe technique :

Nous avons travaillé pour évaluer la façon dont le système répond à la charge et si la configuration est correcte. Comme beaucoup l'ont remarqué sur les forums, il y a quelques problèmes avec la configuration du backend BOINC. Les utilisateurs auront remarqué des notifications anormales dans le gestionnaire BOINC à propos d'URLs de projet incorrectes et de double rattachement au même projet. Nous avons résolu le problème sous-jacent et nous nous excusons pour la gêne occasionnée.

En outre, nous travaillons à résoudre le manque de synchronisation entre la page de profil du site Web et le gestionnaire BOINC. Nous travaillons également à la résolution d'un problème de blocage avec les unités de travail GPU pour Open Pandemics. Une fois ce problème résolu, nous devrions être en mesure d'augmenter la quantité d'unités de travail que nous pouvons envoyer aux volontaires.

Notre arriéré de problèmes non bloquants a continué de croître au fur et à mesure que nous observons la charge du système, mais dans l'ensemble, nous nous approchons d'un état stable et nous sommes impatients de mettre à jour les utilisateurs avec des statistiques et plus de détails au fur et à mesure que nous continuons le déploiement de notre système de production.

Merci de votre compréhension et de votre soutien continu.

Sincèrement,

L'équipe de World Community Grid

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=773

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Lire la suite : WCG : Mise à jour de l'équipe technique de juillet 2022

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Les scientifiques de Help Stop TB nous donnent un aperçu des algorithmes utilisés pour le projet, et les raisons de leur choix.

Matériel, système d'exploitation, logiciel, langues utilisées pour #HelpStopTB.

Dans le cadre de notre projet, nous utilisons les serveurs WCG aux côtés de nos machines locales. Ces petites centrales électriques (toutes nommées d'après des icônes australiennes !) fonctionnent sous Linux et ont chacune entre 10 et 20 cœurs et 64 à 128 Go de RAM. La plupart des calculs scientifiques se déroulent désormais sur Linux, et cela est particulièrement important pour nous car nous en avons besoin pour travailler avec GROMACS, le logiciel de dynamique moléculaire que nous utilisons pour simuler les acides mycoliques sur le WCG. Beaucoup de nos scripts sont codés en Perl ou en Python, et nous sommes sur un processus lent de transfert de plus de processus vers Python. Python s'est avéré très utile pour les analyses récentes - en raison de sa nature et de sa popularité open source, il existe de nombreux supports pour développer les outils sur mesure et la formation nécessaires pour les données sur l'acide mycolique.

Certaines des techniques que nous utilisons.

D'après la taille des données et les efforts de l'équipe jusqu'à présent, il est clair que bon nombre des techniques que vous utiliseriez traditionnellement pour étudier la dynamique moléculaire ne sont pas adaptées à un ensemble de données aussi vaste que le nôtre (en particulier avec des molécules aussi souple que nos acides mycoliques !). Pour analyser les données, nous devons utiliser des algorithmes d'apprentissage automatique capables de nous dire pourquoi les acides mycoliques se replient dans certaines formes, mais ce n'est pas aussi simple que de lancer n'importe quelle vieille IA sur le problème. Pour extraire ces informations de pliage cruciales des données, nous avons besoin d'outils d'IA explicables sans les limitations de la boîte noire de nombreuses approches. C'est là qu'intervient notre nouveau membre de l'équipe, Connor : avec une expérience en IA, en calcul scientifique et en développement de méthodes,

Nous avons aussi eu des succès locaux ! Nous avions un peu l'intuition que nous examinions des données non linéaires, et nous avons donc commencé à utiliser une technique d'apprentissage compétitive appelée cartes auto-organisées qui agissent comme une alternative non linéaire aux méthodes linéaires moins efficaces. De plus, nous avons utilisé le travail mathématique de Lyapunov (dont la femme est malheureusement décédée de la tuberculose en 1918) pour commencer à comprendre encore plus en détail les propriétés cachées des acides mycoliques. La prochaine étape avec ces approches consiste à augmenter l'échelle de nos systèmes de test à l'ensemble de données complet. Malheureusement, cela prend du temps à développer et à mettre en œuvre sur quelque chose de cette taille, mais nous continuons à faire des progrès constants.

 

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/news/0419

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Nouvelles du projet Quchempedia (Quantum Chemistry encycloPed and Intelligence Artificielle.). Ce projet BOINC est porté par l'Université d'Angers.

 

Dans le cadre des conférences Molecular Modeling and Drug Discovery (M2D2), organisées par le laboratoire Valence Discovery, Thomas Cauchy a fait une présentation de nos travaux. Cette vidéo est destinée aux chercheurs mais Thomas fait, comme toujours, un effort important pour vulgariser le sujet. J'espère que vous apprécierez !

Lien du live vidéo (en anglais) : https://youtu.be/DLaJ529c1ag

 

Résumé : Au-delà de la recherche active de nouveaux médicaments, les méthodes de génération de novo sont également une formidable opportunité pour la découverte de matériaux moléculaires. Cependant, l'espace chimique de ces matériaux diffère de celui des molécules bioactives. Cette conférence présentera les défis inhérents à ce genre de problèmes. Pour la plupart des matériaux moléculaires, les nouvelles cibles doivent avoir des propriétés électroniques spécifiques. Cela signifie normalement une évaluation très coûteuse par des calculs de mécanique quantique. De plus cette évaluation nécessite une connaissance des positions atomiques en trois dimensions. Toutes ces contraintes spécifiques nous ont amenés à proposer notre propre méthode de génération basée sur EvoMol, un algorithme évolutif efficace. Libre de parcourir tout l'espace chimique, les méthodes qui limitent les solutions à des molécules réalistes seront présentées.

Source : https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=173#1717

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