WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de juin
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Quatre années de puissance de calcul volontaire ont permis de prédire plus de 330.000 structures de protéines. Maintenant, le temps du projet sur World Community Grid touche à sa fin. Mais l'analyse et la publication des données ne font que commencer.
Contexte
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiote dans la maladie.
Premier article publié (et d'autres en cours)
L'équipe de recherche a récemment publié un article dans Nature Communications sur les techniques qu'elle a développées à la suite du projet.
Il y a deux autres articles en cours, et les chercheurs nous tiendront au courant de leur statut au fur et à mesure de l'avancement des travaux.
L'avenir du projet
La puissance de calcul des volontaires a aidé l'équipe de recherche à prédire les structures de plus de 330.000 protéines depuis le lancement du projet en 2017. Avec les récents progrès technologiques, il existe désormais des moyens d'analyser ce type particulier de données plus rapidement qu'il n'était possible il y a quatre ans. Par conséquent, le temps du projet sur World Community Grid se terminera dès que les unités de travail actuelles seront terminées.
Merci à tous ceux qui ont contribué à ce projet depuis sa création. Les chercheurs préparent une mise à jour pour nous et nous tiendront informés des futurs articles et découvertes qui pourraient résulter des données.
Vous pouvez lire un article des chercheurs directement sur le forum Microbiome Immunity Project.
Statut actuel des unités de travail
- Disponible en téléchargement : 1 310 lots
- En cours : 3 846 lots (8 420 064 unités de travail)
- Terminé : 331 125 lots (1 368 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 46 lots par jour)
- Carnet de commandes estimé : 28 jours.
8 juin 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=708
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WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour de mai
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Le projet a ajouté la puissance du GPU à la forte puissance du processeur existante qui prend en charge la recherche de traitements potentiels COVID-19.
Contexte
Le projet OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements potentiels contre la COVID-19. Le projet vise également à créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements en cas de futures pandémies.
Fin 2020, les chercheurs ont annoncé avoir sélectionné 70 composés (parmi un groupe initial d'environ 20.000) qui pourraient être prometteurs en tant qu'inhibiteurs potentiels du virus responsable de la COVID-19. Des tests en laboratoire sont actuellement en cours pour 25 de ces composés.
Unités de travail GPU
Nous avons récemment terminé les tests bêta et avons publié des unités de travail GPU pour ce projet. Actuellement, le projet envoie 1 700 nouvelles unités de travail toutes les 30 minutes. Nous prévoyons d'envoyer du travail GPU à ce rythme dans un avenir proche.
Nous continuerons de créer et de publier des unités de travail régulières qui utilisent la puissance du processeur. Cela aidera à maintenir le travail à un bon rythme et garantira que tous ceux qui souhaitent apporter une puissance de calcul puissent participer.
Test de résistance de l'infrastructure technique de World Community Grid
Plus tôt ce mois-ci, l'équipe technique de World Community Grid a voulu déterminer la limite supérieure de la puissance de calcul du programme et savoir si l'infrastructure actuelle serait en mesure de supporter la charge si nous fournissions suffisamment de travail GPU pour répondre à la demande.
Les scientifiques d'OpenPandemics - COVID-19 nous ont fourni environ 30.000 lots de travail GPU (soit la quantité de travail effectuée en environ 10 mois par les processeurs), et nous avons laissé ces lots fonctionner jusqu'à ce qu'ils soient complètement traités.
Le test de résistance a duré huit jours, du 26 avril au 4 mai 2021. Merci à tous ceux qui ont participé à cet important test. Nous prévoyons avoir bientôt un message sur le forum de l'équipe technique pour résumer ce qu'ils ont appris sur les capacités et les limites actuelles de World Community Grid.
État actuel des unités de travail
CPU
- Disponible pour téléchargement : 1 322 lots
- En cours : 6240 lots
- Terminé : 44.810 lots
5.596 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 186,5 lots par jour
- Reste à faire (équipe de recherche) : 7,1 jours*
*L'équipe de recherche construit plus d'unités de travail
GPU
- En cours : 2391 lots
- Terminé : 37 569 lots
35 296 lots au cours des 30 derniers jours (en grande partie grâce au test de résistance)
Moyenne de 1176,5 par jour (encore une fois, en grande partie grâce au test de résistance)
27 mai 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=705
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WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour de mai
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs ont procédé à une validation supplémentaire de leurs données sur les marqueurs du cancer du poumon.
Contribuez à améliorer les chances des patients atteints de cancer
Contexte
Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir de milliers d'échantillons de tissus de patients sains et cancéreux. Ceux-ci comprennent les tissus atteints de cancer du poumon, de cancer de l'ovaire et de sarcome.
Jusqu'à présent, le projet a diffusé des données sur le cancer du poumon et les marqueurs du cancer de l'ovaire sur World Community Grid. Les chercheurs étudient actuellement les marqueurs du sarcome, qui est un groupe de cancers qui commencent dans les os, les muscles ou d'autres tissus. Vous pouvez en savoir plus sur les résultats de l'équipe de recherche à ce jour ici.
Publication à propos des marqueurs du cancer du poumon
Les chercheurs ont effectué plus de travail de validation des données pour publier cet article. La signature sur laquelle ils enquêtent a été bien validée par rapport à différents ensembles de données indépendants avec une variété d'échantillons (tumeur solide, sang, etc.).
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 824 lots
- En cours : 1 202 lots
- Terminé : 74 639 lots
1265 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 42 lots par jour
- Reste à faire (équipe de recherche) : 19,5 jours
21 mai 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=704
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WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de mai
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs ont récemment soumis des demandes de subvention pour aider à soutenir d'autres tests en laboratoire.
Contexte
L'équipe de recherche du projet Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est maintenant de trouver des candidats-médicaments chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.
Analyse continue des données
Depuis le début de cette année, les chercheurs analysent les données des travaux menés sur World Community Grid.
Vous trouverez ci-dessous les protéines clés pour lesquelles nous avons de nouvelles mises à jour. Chacune de ces protéines est impliquée dans le développement d'au moins un type de cancer infantile.
Bêta caténine
Les premiers tests sur les trois composés mentionnés plus tôt cette année sont prometteurs. Les chercheurs estiment qu'ils disposent de suffisamment de données initiales pour commencer à écrire sur leurs découvertes. (Ce processus peut prendre un an ou plus.).*
PRDM14
Les chercheurs ont récemment soumis une demande de subvention pour aider à financer une étude plus approfondie sur cet objectif. Ils espèrent avoir des nouvelles de la source de financement d'ici la fin de l'été.*
TrkB (NTRK2)
Les chercheurs ont récemment soumis une demande de subvention pour un financement supplémentaire afin d'étudier cet objectif.
* Remarque : Les tests d'efficacité des composés en laboratoire nécessitent généralement plusieurs phases, et chaque phase peut prendre au moins plusieurs mois.
État actuel des unités de travail
En pause
19 mai 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=703
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WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de mai
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Le projet a reçu un soutien supplémentaire ce mois-ci du Pentathlon BOINC 2021.
Contexte
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines, produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiote dans la maladie. Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur planning de travail, et ils ont toujours plus de séquences à exécuter à l'avenir.
BOINC Pentathlon 2021
Chaque année, SETI Allemagne organise un Pentathlon BOINC pour apporter un soutien supplémentaire à un certain nombre de projets valables. Le projet d'immunité du microbiote (Microbiome Immunity Project) a été l'un des projets chanceux à avoir plus de temps cette année.
Merci aux nombreux bénévoles qui ont participé !
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 3097 lots
- En cours : 3 355 lots (5 866 258 unités de travail)
- Terminé : 329 818 lots (1 334 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 44,47 lots par jour)
- Reste à faire (équipe de recherche) : 70 jours
17 mai 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=702
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WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de mai
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs se rapprochent pour rendre leurs données plus faciles à partager.
Contexte du projet
Dans le cadre du projet Africa Rainfall Project, des chercheurs de l'Université de technologie de Delft créent des simulations informatiques à haute résolution de tempêtes de pluie localisées en Afrique subsaharienne. Grâce à la puissance de calcul massive et participative de World Community Grid, ils peuvent exécuter ces simulations à une résolution beaucoup plus élevée, exactement ce qui est nécessaire pour les orages localisés. Cela n'a jamais été fait pour les orages dans cette région.
Ceci est important car 95 % de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. Le projet utilise des données générées à partir de World Community Grid, des données de The Weather Company et d'autres informations pour fournir des prévisions de précipitations plus précises. Ces informations peuvent aider les agriculteurs à mieux cultiver leurs cultures.
Présentation de la conférence
Le 29 avril, Camille Le Coz, membre de l'équipe de recherche, a fait une présentation du projet lors de l'Assemblée générale 2021 de l'EGU, une conférence virtuelle pour l'Union européenne des géosciences. La présentation s'est bien déroulée et les participants sont intéressés de voir d'autres données au fur et à mesure de l'avancement du projet.
Stockage et partage de données
Les chercheurs continuent de travailler à la fois sur une structure de base de données et sur une interface graphique simple pour faciliter le partage des données du projet. Ils auront une autre réunion plus tard ce mois-ci pour discuter de leurs progrès avec des collègues qui contribuent à ce travail.
État actuel des unités de travail
World Community Grid envoie actuellement les générations 64 et 65.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques des précipitations en Afrique subsaharienne.)
13 mai 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=701
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- WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour d'avril
- WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour d'avril
- WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour d'avril
- WCG - Help Stop TB : Mise à jour d'avril
- WCG - OpenPandemics - COVID-19 fonctionne maintenant sur des machines avec des unités de traitement graphique
- WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour d'avril
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