WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de mars
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs poursuivent les tests en laboratoire sur des médicaments-candidats qui peuvent être efficaces contre des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles.
Contexte
L'équipe de recherche du projet Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est maintenant de trouver des médicaments-candidats chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.
Analyse des données
L'équipe de recherche continue d'analyser les données des lots de travaux précédents exécutés sur World Community Grid.
Vous trouverez ci-dessous les protéines clés qui ont été examinées jusqu'à présent et pour lesquelles nous avons de nouvelles mises à jour. Chaque protéine répertoriée est impliquée dans le développement d'au moins un type de cancer infantile.
- Bêta caténine : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine. Ce composé est actuellement en cours de test.*
- Ostéopontine : Les tests ont maintenant commencé sur plusieurs composés qui pourraient être efficaces pour cibler cette protéine.*
- PAX3 : FOX01 : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine, et les tests en laboratoire ont maintenant commencé pour le composé.*
* Les tests d'efficacité des composés en laboratoire nécessitent généralement plusieurs phases, et chaque phase peut prendre au moins plusieurs mois.
État actuel des unités de travail
Projet suspendu
18 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=691
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WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour de mars
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs continuent de travailler sur le World Community Grid tout en travaillant sur un article sur les marqueurs du cancer du poumon.
L'illustration ci-dessus (à partir d'une mise à jour antérieure du projet) représente des protéines regroupées par des interactions similaires et des fonctions biologiques similaires.
Le réseau d'interaction protéine-protéine humaine hautement interconnecté permet aux chercheurs de voir comment des protéines individuelles remplissent diverses fonctions moléculaires et contribuent ensemble à un processus biologique spécifique. Bon nombre de ces interactions changent entre les états sains et pathologiques, ce qui à son tour affecte les fonctions que ces protéines portent.
En analysant les données, les chercheurs de Mapping Cancer Markers visent à construire des modèles de ces processus qui pourraient à leur tour être utilisés pour concevoir de nouvelles approches thérapeutiques.
Contexte
Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir de milliers d'échantillons de tissus de patients sains et cancéreux. Ceux-ci comprennent les tissus atteints de cancer du poumon, de cancer de l'ovaire et de sarcome.
Jusqu'à présent, le projet a terminé d'exécuter des données sur le cancer du poumon et les marqueurs du cancer de l'ovaire sur le World Community Grid. Les chercheurs étudient actuellement les marqueurs du sarcome, qui est un groupe de cancers qui commencent dans les os, les muscles ou d'autres tissus. Vous pouvez en savoir plus sur les résultats de l'équipe de recherche à ce jour ici.
Publication sur les marqueurs du cancer du poumon
Une ébauche du document est en cours de finalisation. L'équipe de recherche attend des données supplémentaires d'un collaborateur pour avancer.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 606 lots
- En cours : 1109 lots (10 492 542 unités de travail)
- Terminé : 70937 lots
1220 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 40,66 lots par jour
- Reste-à-faire estimé : 14,9 jours
16 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=689
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WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de mars
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- Écrit par : franky82
- Catégorie parente: Actualités
Récapitulatif
Les travaux se poursuivent sur trois articles sur le projet et l'un des chercheurs parlera du projet lors d'une conférence plus tard ce mois-ci.
Contexte
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiome dans la maladie.
Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur réseau et ils auront encore plus de séquences à exécuter à l'avenir.
RosettaCon d'hiver 2021
Le Dr Julia Koehler Leman, l'un des membres de l'équipe de recherche, parlera du projet à la Winter RosettaCon 2021, une conférence virtuelle pour les utilisateurs du logiciel Rosetta.
(Rosetta, qui a été créé pour la modélisation moléculaire, est utilisé par l'équipe de recherche du Microbiome Immunity Project pour étudier les protéines produites par les bactéries à l'intérieur du microbiome intestinal humain.)
Articles en cours
Les chercheurs travaillent simultanément sur trois articles qui se trouvent à différentes étapes du processus de création. L'un des articles a déjà été soumis à une revue universitaire pour examen et les chercheurs analysent des ensembles de données pour les deux autres.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 5 759 lots
- En cours : 3 352 lots (5 852 847 unités de travail)
- Terminé : 327167 lots (1237 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 41,23 lots par jour)
- Reste-à-faire estimé : 139 jours
11 mars 2021
traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=688
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WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de mars
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs parlent du projet dans deux présentations ce printemps.
Contexte du projet
Dans le cadre du projet Africa Rainfall Project, des chercheurs de l'Université de technologie de Delft créent des simulations informatiques à haute résolution de tempêtes de pluie localisées en Afrique subsaharienne. Grâce à la puissance de calcul massive et participative de World Community Grid, ils peuvent exécuter ces simulations à une résolution beaucoup plus élevée, exactement ce qui est nécessaire pour les orages localisés. Cela n'a jamais été fait pour les orages dans cette région.
Ceci est important car 95 % de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. Le projet utilise des données générées à partir de World Community Grid, des données de The Weather Company et d'autres informations pour fournir des prévisions de précipitations plus précises. Ces informations peuvent aider les agriculteurs à mieux cultiver leurs cultures.
Présentations à venir
Comme nous l'avons mentionné dans la mise à jour du mois dernier, le membre de l'équipe de recherche, Camille Le Coz, a récemment été accepté comme présentateur à l'Assemblée générale 2021 de l'EGU, une conférence virtuelle pour l'Union européenne des géosciences. La conférence est actuellement prévue pour la fin avril.
De plus, le chercheur principal du projet, le professeur Nick van de Giesen, fera une présentation sur le projet le 11 mars lors d'un événement IBM.
État actuel des unités de travail
World Community Grid envoie actuellement la génération 54.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques des précipitations en Afrique subsaharienne.)
8 mars 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=687
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Un supercalculateur composé d'unités centrales inutilisées rembobine des flux stellaires
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- Écrit par : Jerome Cadet
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À quatorze ans, j'ai lu le problème des trois corps et j'ai été fasciné par sa description des civilisations étrangères. Bien qu'aucun cours d'astronomie n'ait été proposé dans mon collège en Chine, j'ai trouvé SETI@home sur Internet et j'ai regardé avec étonnement mon ordinateur portable calculer, à la recherche de signaux radio extraterrestres. SETI@home connecte de nombreux ordinateurs inactifs via Internet en un seul super-ordinateur pour la recherche. L'article d'aujourd'hui est un test pilote pour un projet similaire de calcul distribué sur MilkyWay@Home.
Ce projet vise à mesurer la quantité de matière noire contenue dans les galaxies naines. L'immense gravité de notre galaxie, la Voie lactée, peut déchirer les galaxies naines et étirer leurs étoiles en de longs et minces flux. À partir de la répartition des étoiles dans les courants actuellement observés, les astronomes peuvent revenir sur les propriétés de la galaxie naine d'origine avant qu'elle ne soit perturbée (voir cet astrobite pour les précédents efforts de modélisation). La matière noire est invisible, sauf à travers sa gravité. Les chercheurs observent donc le mouvement des étoiles et modélisent les effets gravitationnels de la matière noire.
L'algorithme
L'algorithme testé dans le papier actuel modélise les flux stellaires avec une gamme de paramètres de galaxies naines d'entrée et trouve la meilleure adéquation au flux stellaire observé. Ce modèle nécessite les informations spatiales et de vitesse complètes en 6 dimensions du flux, qui sont maintenant disponibles grâce au télescope spatial Gaia. Le programme prend également les paramètres d'entrée de la galaxie naine progénitrice : sa masse baryonique et sa taille, et le rapport entre la masse et la taille de la matière baryonique et de la matière sombre. Un paramètre supplémentaire décrit la durée de la chute de la galaxie naine dans la Voie lactée, et l'orbite du flux observé est rembobinée de ce temps pour retrouver une position initiale. À partir de cette position, la galaxie naine est libérée dans un potentiel fixe de la Voie lactée. Chaque étoile et particule de matière noire de la galaxie naine subit la force gravitationnelle combinée du potentiel de la Voie lactée et de toutes les autres particules. Un intégrateur N-corps calcule la force gravitationnelle et détermine l'orbite de chaque particule.
Le champ de marée de la Voie lactée perturbe la galaxie naine et dépouille certaines des étoiles en un flux le long de son orbite. Le programme compare le flux modélisé aux données d'observation en termes de distribution de densité, de masse et de largeur. Les chercheurs définissent une fonction de vraisemblance basée sur ces comparaisons et font varier les paramètres d'entrée jusqu'à ce que la vraisemblance maximale soit atteinte. Cette approche nécessite 50 000 simulations avant de se fixer sur une valeur optimisée, elle est donc gourmande en calculs. Sur un ordinateur portable typique, une optimisation avec ce programme pourrait prendre des centaines d'années. C'est trop long pour qu'un chercheur attende et les superordinateurs sont très utiles pour ce genre de problèmes.
Informatique distribuée
Le calcul distribué est un moyen de "construire son propre supercalculateur" et d'augmenter énormément la vitesse de calcul si suffisamment de volontaires apportent leur CPU.
L'équipe de recherche dont il est question dans l'article d'aujourd'hui a recruté des centaines de milliers de volontaires comme moi qui exécutent le programme sur leurs ordinateurs inactifs. Avec 800 TeraFLOPS de puissance de calcul cumulée, un calcul qui doit être effectué pendant trois jours sur un ordinateur portable typique peut être effectué en une seconde sur ce réseau. Grâce à cette technologie, ils ont réussi à récupérer le meilleur ajustement au flux observé.
Figure 1. En haut : Positions des particules dans le flux stellaire simulé. En bas : Histogramme de la densité des particules le long du courant. La matière noire et les baryons ont des distributions de densité similaires, tandis que la principale différence est le noyau baryonique à un angle de ~0 le long du flux. Seule la densité des baryons est utilisée pour l'ajustement du modèle. Reproduit de la figure 3 dans le document.
Résultats
Comme premier test, les auteurs ont généré un flux stellaire en connaissant la galaxie naine génératrice, l'orbite du flux et la distribution de la matière noire (voir Fig 1). Ensuite, ils ont observé un faux flux en cachant les informations inobservables sur la matière noire et en conservant l'espace et la vitesse des étoiles en 6 dimensions. Avec uniquement les quantités observables en entrée, l'algorithme d'ajustement a récupéré les paramètres d'entrée, y compris la masse de matière noire.
À l'avenir, les auteurs prévoient d'étendre l'algorithme pour adapter simultanément la galaxie naine à son orbite, un modèle plus physique des progéniteurs de la galaxie naine et les paramètres de la Voie lactée. Ils espèrent que l'ajustement simultané de plusieurs courants de marée contraindra les paramètres de la Voie lactée et inclura les effets des galaxies satellites de la Voie lactée comme le Grand et le Petit Nuage de Magellan.
Cet article montre une nouvelle voie prometteuse pour la modélisation des flux stellaires. Les recherches futures pourraient utiliser cet outil de modélisation pour récupérer la masse de matière noire des galaxies naines et les comparer aux prévisions de la théorie de la matière noire. Non seulement le calcul distribué aide les chercheurs qui n'ont pas pleinement accès à un superordinateur, mais il inspire les passionnés de science à devenir de futurs scientifiques comme il m'a inspiré.
Article original : https://astrobites.org/2021/03/04/milkywayathome/
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WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de janvier / février
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Des tests en laboratoire ont commencé pour plusieurs médicaments candidats susceptibles de cibler des protéines qui jouent un rôle dans certains cancers infantiles.
Contexte
L'équipe de recherche du projet Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est maintenant de trouver des candidats-médicaments chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.
Décider de la prochaine cible du projet
L'équipe de recherche a une liste de cibles potentielles supplémentaires qui peuvent être importantes dans le développement de divers cancers infantiles. Ils procèdent actuellement à une revue de la littérature existante sur ces cibles. Il s'agit d'une première étape pour réduire la liste originale et pour aider les chercheurs à décider sur quoi se concentrer ensuite.
Analyse des données
L'équipe de recherche continue d'analyser les données des lots de travaux précédents exécutés sur World Community Grid.
Vous trouverez ci-dessous les protéines clés qui ont été examinées jusqu'à présent et pour lesquelles nous avons de nouvelles mises à jour. Chaque protéine répertoriée est impliquée dans le développement d'au moins un type de cancer infantile.
- Bêta caténine : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine. Ce composé est actuellement en cours de test.*
- Ostéopontine : Les tests ont maintenant commencé sur plusieurs composés qui pourraient être efficaces pour cibler cette protéine.*
- PAX3 : FOX01 : À la fin de l'année dernière, les chercheurs ont identifié un composé qui pourrait être efficace pour cibler cette protéine, et les tests en laboratoire ont maintenant commencé pour le composé.*
* Les tests d'efficacité des composés en laboratoire nécessitent généralement plusieurs phases, et chaque phase peut prendre au moins plusieurs mois.
État actuel des unités de travail
Projet suspendu
23 févr. 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=685
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- WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de janvier / février
- WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour janvier / février
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