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Applications sporadiques

BOINC a été conçu à l'origine comme un système de traitement par lots : vous soumettez des tâches, elles s'exécutent (indépendamment les unes des autres) et finissent par se terminer. Mais certaines utilisations potentielles de l'informatique distribuée ne correspondent pas à ce modèle. Elles peuvent nécessiter que les applications s'exécutent simultanément sur différents ordinateurs, et éventuellement qu'elles communiquent directement les unes avec les autres. Il s'agit par exemple du calcul parallèle de type MPI et de l'apprentissage automatique distribué. Le mécanisme d' "application sporadique" de BOINC est conçu pour prendre en charge ces types de systèmes et leur permettre de coexister avec le traitement par lots.

Dans ce schéma, il existe un système distribué - appelons-le "système invité" - qui existe en dehors de BOINC. Le système invité possède généralement son propre serveur qui traite les demandes et les transmet aux "nœuds de travail" qui exécutent le client BOINC. La partie "serveur" du système invité fonctionne comme une application sporadique sur ces nœuds. Les instances peuvent communiquer directement entre elles - de pair à pair ou par l'intermédiaire d'un relais - ainsi qu'avec le serveur.

Le système invité utilise BOINC pour

  • Distribuer et exécuter en toute sécurité son code de travail (l'application sporadique).
  • Appliquer les préférences informatiques des volontaires (quand calculer, combien d'unités centrales utiliser, etc.)
  • Pour les volontaires qui utilisent déjà BOINC, répartir la puissance de calcul entre les projets.


Le système invité n'utilise pas les fonctions de traitement par lots de BOINC.

Les tâches d'une application sporadique s'exécutent (c'est-à-dire qu'elles sont présentes en mémoire) en permanence, comme les tâches non gourmandes en CPU (nci), mais elles ne calculent qu'une partie du temps. Comme les applications classiques, une application sporadique peut avoir plusieurs versions. Chacune d'entre elles possède une classe de plan, qui détermine l'utilisation du processeur (CPU et GPU) de ses tâches. Le planificateur BOINC d'un projet peut envoyer plusieurs tâches pour une application sporadique donnée, en utilisant la même version d'application ou des versions différentes.

Un projet BOINC peut fournir n'importe quelle combinaison d'applications régulières, sporadiques et non gourmandes en CPU (nci). Un client peut être connecté à plusieurs projets avec des applications sporadiques.

Comme les tâches régulières, une tâche sporadique ne peut calculer que lorsque BOINC l'autorise, c'est-à-dire :

  • le calcul (et le calcul GPU le cas échéant) est activé par les préférences de l'utilisateur
  • il y a suffisamment de ressources de traitement et de RAM


En outre, un travail sporadique ne peut calculer que lorsque le système invité le lui demande. Ainsi, un travail sporadique converse à la fois avec le client BOINC et avec le serveur du système invité ; il ne calcule que lorsque le serveur le lui demande et lorsque le client dit qu'il peut le faire.

 

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NEWSLETTER Numéro 3 - octobre 2023

SENSIBILISATION DES LYCÉES

Le World Community Grid est une plateforme publique de calcul à haute de calcul à haute performance permettant une recherche et des données ouvertes qui profitent à l'humanité. Alors que nos partenaires scientifiques, financiers, nos partenaires contributeurs et nos bénévoles nous permettent de répondre à certaines des questions les plus urgentes au monde en réduisant le temps de calcul nécessaire, nos partenariats avec les écoles secondaires et les universités nous permettent de préparer la prochaine génération pour l'avenir de la découverte scientifique. World Community Grid a la capacité d'enrichir l'éducation des étudiants et de leur donner les moyens de contribuer à la recherche avancée.

Cette année, nous prévoyons d'étendre notre programme de sensibilisation et de développer plusieurs nouveaux partenariats avec des écoles secondaires. Cette opportunité est ouverte à tous les lycées, mais nous sommes particulièrement enthousiastes à l'idée d'étendre les partenariats aux lycées des communautés isolées où l'accès aux établissements d'enseignement susceptibles de favoriser l'apprentissage des élèves en matière de calcul de haute performance et de vastes domaines de recherche peut être limité. Si vous êtes un enseignant ou un élève intéressé, ou si vous connaissez quelqu'un qui pourrait l'être, veuillez nous contacter directement.

Nos partenariats actuels avec des écoles secondaires comprennent la Sisler High School Cyber Academy à Winnipeg (Manitoba) au Canada, et la Boca Raton Community High School à Palm Beach County, Floride, États-Unis. Le WCG a été intégré de manière transparente dans dans leurs salles de classe et leurs activités extrascolaires afin d'enrichir l'apprentissage des élèves. Par exemple, la Sisler Cyber Academy a d'abord intégré le WCG dans son programme avec un devoir permettant aux élèves d'exécuter le WCG sur plusieurs ordinateurs. En 2019, un étudiant passionné de la Sisler Cyber Academy et son professeur, M. Esposito, ont visité l'institut de recherche Krembil à Toronto en Ontario, au Canada, devenant ainsi les premiers volontaires du WCG à rencontrer l'équipe du Dr Jurisica sur place. L'intérêt des élèves pour les WCG s'est accru, l'intérêt des étudiants pour les WCG a conduit à la création d'un club WCG qui enseigne aux étudiants comment comment mettre en place des grappes de calcul à haute performance, participe au WCG et soutient les découvertes scientifiques, suscite des conversations sur les questions de sécurité et d'environnement., de découvertes scientifiques, suscite des conversations sur les nouveaux développements de recherche et organise des concours de calcul en grille. Pour en savoir plus sur la Sisler Cyber Academy, lisez notre article sur la sensibilisation dans cette école.

Au lycée communautaire de Boca Raton, les élèves ont également créé un club WCG et l'intérêt pour ce club a été tel que plus de 130 élèves se sont inscrits pour en savoir plus sur WCG lors de leur "Club Rush" cette année. WCG a également été intégrés dans leur programme de sciences par le biais de présentations sur les projets de recherche soutenus par les projets des WCG. Vous pouvez en savoir plus sur les activités de sensibilisation de cette école secondaire dans notre article sur le club des WCG de Boca Raton.

Au-delà de ces exemples de partenariats entre les WCG et les lycées, nous explorons de nouvelles options de sensibilisation pour l'année à venir.
Par exemple, nous avons commencé à explorer la possibilité de travailler avec les coopératives des lycées et d'établir un lien avec leurs programmes de bénévolat, car toutes les écoles secondaires de l'Ontario exigent une expérience de bénévolat. Nous offrons également aux élèves la possibilité de développer leurs compétences en matière de rédaction scientifique. Les étudiants auront notamment la possibilité de définir des termes scientifiques pour un public général et de créer du contenu sur les projets de recherche du WCG pour nos comptes de médias sociaux, sous le mentorat d'étudiants universitaires. Nous sommes ravis de ces possibilités d'étendre notre portée et d'enrichir l'apprentissage de la prochaine génération. Et comme nous planifions la phase d'expansion du WCG, tout nouveau bénévole et partenaire augmente la capacité à soutenir davantage de projets.

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WCG : L'équipe MCM a effectué des recherches sur le GSDMB

Nous poursuivons notre travail de caractérisation des biomarqueurs du cancer du poumon identifiés dans le cadre du projet MCM1. Cette mise à jour se concentre sur GSDMB, un gène associé à la survie du cancer du poumon et exprimé de manière différentielle dans plusieurs types de cancer par rapport aux tissus normaux.

Projet : Cartographie des marqueurs du cancer

Publié le : 12 juil. 2023

Contexte

Reconnaître des schémas chez les patients atteints de cancer peut présenter de nombreux avantages, notamment permettre de détecter des signes de cancer chez d'autres patients et personnaliser le traitement de chaque patient en fonction de son profil cancéreux spécifique. Depuis novembre 2013, les volontaires de la World Community Grid ont donné plus de 820 800 années CPU au projet, aidant à analyser les données de recherche sur les cancers et les sarcomes à une vitesse que l'on n'aurait jamais cru possible auparavant. Nous sommes immensément reconnaissants envers les volontaires qui continuent à faire des dons à ce projet et qui nous aident à accélérer la recherche de meilleurs biomarqueurs.

Nous poursuivons notre analyse des biomarqueurs les plus courants chez les patients atteints de cancer du poumon. Après les discussions sur les gènes VAMP1 et FARP1 décrites dans nos mises à jour de mars et d'avril, nous nous concentrons ici sur le GSDMB.

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Soumis le 20 Apr 2023 15:22:16 UTC

Les résultats de notre recherche tout ciel d'ondes gravitationnelles continues dans les données publiques du troisième cycle d'observation de LIGO (O3) ont été publiés sur le serveur de prépublication arXiv : Deep Einstein@Home all-sky search for continuous gravitational waves in LIGO O3 public data. Le manuscrit est actuellement en cours d'évaluation par les pairs pour publication dans The Astrophysical Journal.

Notre publication décrit l'étude Einstein@Home de l'ensemble du ciel à la recherche d'ondes gravitationnelles continues à des fréquences comprises entre 20 Hz et 800 Hz, en utilisant les dernières données LIGO. À ce jour, il s'agit de la recherche la plus sensible dans cette gamme.

La recherche n'a révélé aucun signal d'ondes gravitationnelles. Sur cette base, nous tirons des conclusions sur la population d'étoiles à neutrons dans notre voisinage galactique. Par exemple, dans un rayon de 100 parsecs (~330 années-lumière) autour de la Terre, il n'y a pas d'étoiles à neutrons tournant à plus de 12 000 tours par minute avec des montagnes équatoriales de plus d'un demi-millimètre ; sinon, nous aurions très probablement détecté leurs ondes gravitationnelles continues.

L'équipe LIGO ajoute de faux signaux continus d'ondes gravitationnelles aux données, à des fins de validation. Les paramètres du signal sont connus. Dans son domaine de recherche, notre recherche récupère avec précision les faux signaux. Cela nous conforte dans la sensibilité de notre recherche.

Actuellement, nous effectuons des recherches supplémentaires sur les données publiques de LIGO. Alors que nous continuons à explorer ces données à la recherche d'ondes continues, nous remercions du fond du cœur tous ceux d'entre vous qui rendent ce travail possible en donnant des cycles à partir de leurs ordinateurs !

Si vous souhaitez en savoir plus, répondez à cette nouvelle dans notre forum de discussion.

M. Alessandra Papa

https://www.aei.mpg.de/continuouswaves

Source : https://einsteinathome.org/fr/content/results-deep-all-sky-search-ligo-o3-data

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Les recherches de l'équipe MCM sur les biomarqueurs du cancer du poumon ont permis d'identifier 26 gènes présents avec les meilleurs scores dans toutes les tailles de signatures considérées. Cette mise à jour se concentre sur VAMP1, un gène lié à la survie des patients et exprimé différemment dans le poumon normal par rapport au cancer du poumon.

Projet : Mapping Cancer Markers

Publié le : 20 mars 2023

Terminologie

  • Signature génétique : Un ensemble de gènes dont il est démontré qu'ils jouent un rôle spécifique dans une maladie est appelé signature génétique. Lorsqu'une telle signature peut prédire la présence d'une maladie, on parle de signature génétique diagnostique. Lorsque la signature est liée à la survie, on parle de signature pronostique.
  • Coefficient de corrélation de Matthews : Méthode statistique utilisée pour évaluer la performance d'un modèle prédictif. Il mesure les différences entre les valeurs réelles et les valeurs prédites.
  • Sondes : Courtes séquences d'ADN ciblant une petite région d'un transcrit (gène). Pour les rendre plus spécifiques, les sondes sont organisées en ensembles de sondes, qui sont utilisés pour détecter et quantifier la présence de séquences génétiques par hybridation en raison de la complémentarité entre la sonde et la cible.

Contexte

Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer à l'aide d'un algorithme de recherche heuristique. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir d'ensembles de tissus de patients et identifie des modèles permettant de détecter le cancer plus tôt, d'identifier les patients à haut risque et d'adapter le traitement à chaque patient. Initialement axé sur le cancer du poumon, le projet s'est étendu à l'étude du cancer de l'ovaire et, plus récemment, à l'analyse du sarcome.

En novembre 2021, les volontaires du WCG auront donné plus de 800 millions d'unités de travail pour la recherche sur plusieurs types de cancer, dont 193, 379 et 245 millions d'unités de travail pour les cancers du poumon, de l'ovaire et du sarcome, respectivement. À ce jour, plus de 810 000 années de recherche informatique ont été données à MCM, et près de 240 années sont générées chaque jour. Nous vous remercions de nous aider à comprendre les signatures du cancer.

Figure 1 : Nombre d'unités de travail achevées par type de cancer et taille de la signature.

Figure 1 : Nombre d'unités de travail achevées par type de cancer et taille de la signature.

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Lire la suite : Le point sur les recherches de l'équipe MCM (mars 2023)

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Le projet SCC est entré dans la phase suivante de la recherche et de nouvelles unités de travail ont été préparées pour le redémarrage de BOINC.

Le projet : Smash Childhood Cancer

Publié le : 22 mars 2023

Contexte

Alors que les protéines et autres molécules qui jouent un rôle clé dans les cancers de l'enfant ont été identifiées, trouver des composés chimiques (médicaments) candidats qui peuvent cibler ces molécules et modifier leur fonction est un processus de longue haleine. Grâce à la puissance de calcul du WCG, l'équipe Smash Childhood Cancer a pu rechercher des millions de médicaments candidats en vue d'une éventuelle application clinique.

Le projet a fonctionné par intermittence, identifiant les candidats médicaments possibles et les testant ensuite en laboratoire. En décembre 2020, 48 000 heures de calcul avaient été données à l'équipe SCC par les bénévoles du WCG. Depuis lors, l'équipe a été occupée à valider les résultats qu'elle a reçus (voir les mises à jour récentes).

Mise à jour de mars 2023

Nous sommes ravis de partager une mise à jour de l'équipe Smash Childhood Cancer concernant le début de la nouvelle phase de leur quête pour guérir le cancer. La nouvelle protéine cible est MyoD1 (protéine de différenciation myogénique 1) et l'une de ses mutations, L122R. MyoD1 est un facteur de transcription qui active les gènes spécifiques des muscles et qui intervient dans le passage de la croissance à la différenciation des cellules. La perte de contrôle de cette commutation peut entraîner la formation de rhabdomyosarcomes.

L122R est une mutation fréquemment trouvée dans les rhabdomyosarcomes, et elle est liée à un pronostic plus défavorable2. Compte tenu de la structure cristalline déposée dans la Protein Data Bank, l'objectif est de trouver des composés qui agissent sur le type mutant mais pas sur le type sauvage.

 

Structure cristalline du complexe domaine bHLH-ADN de MyoD : perspectives sur la reconnaissance de l'ADN et implications pour l'activation transcriptionnelle

De nouvelles unités de travail du SCC ont été préparées pour faciliter la recherche, et les volontaires qui suivent ce projet pourront les télécharger une fois que nous aurons redémarré BOINC après la panne de stockage.

Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Merci pour votre soutien, votre patience et votre compréhension.

L'équipe WCG

Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=783

Traduction : merci à DeepL.com quand même, pratiquemente rien à corriger.

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  1. WCG Mise à jour de la recherche par l'équipe ARP (mars 2023)
  2. Des nouvelles de Einstein@Home sur les recherches de pulsars radio et gamma
  3. World Community Grid - February 2023 OpenZika Project Update
  4. 18e anniversaire de WCG
  5. Mise à jour de la recherche de l'équipe du Smash Childhood Cancer (octobre 2022)
  6. Entretien avec l'équipe du projet Africa Rainfall

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