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Récapitulatif

Les chercheurs ont entrepris une analyse précoce de plusieurs protéines clés qui jouent un rôle important dans le développement de certains cancers infantiles.

SCC Website

 

Contexte

L'équipe de recherche du projet Smash Childhood Cancer a identifié des protéines et d'autres molécules qui jouent un rôle clé dans certains cancers infantiles. L'enjeu est maintenant de trouver des candidats-médicaments chimiques qui ciblent spécifiquement ces molécules clés et contrôlent donc les cellules cancéreuses.

 

Analyse continue des données

Depuis le début de cette année, les chercheurs analysent les données des travaux menés sur World Community Grid. Vous trouverez ci-dessous les protéines clés pour lesquelles nous avons de nouvelles mises à jour. Chacune de ces protéines est impliquée dans le développement d'au moins un type de cancer infantile.

Ostéopontine
Les premières découvertes des chercheurs sur plusieurs composés susceptibles de cibler cette protéine sont prometteuses. Le laboratoire qui gère les tests travaillera avec un biochimiste pour mener d'autres recherches.*

PRDM14
Les chercheurs ont une liste de plus d'une douzaine de composés qu'ils souhaitent tester contre cette protéine. Ils passent par le processus d'achat et travaillent également à obtenir l'aide d'un chimiste médicinal pour ces tests.*

TrkB (NTRK2)
Les chercheurs s'efforcent d'obtenir des fonds pour étudier plus avant cette protéine.

*  Les tests d'efficacité des composés en laboratoire nécessitent généralement plusieurs phases, et chaque phase peut prendre au moins plusieurs mois.

 

 État actuel des unités de travail

En pause

 

29 avr. 2021 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=699

 

Affichages : 680

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Récapitulatif

Les chercheurs continuent de travailler sur un article sur les marqueurs du cancer du poumon.

MCM monthly update

 

Contexte

Le projet Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir de milliers d'échantillons de tissus de patients sains et cancéreux. Ceux-ci comprennent les tissus atteints de cancer du poumon, de cancer de l'ovaire et de sarcome.

Jusqu'à présent, le projet a diffusé des données sur le cancer du poumon et les marqueurs du cancer de l'ovaire sur World Community Grid. Les chercheurs étudient actuellement les marqueurs du sarcome, qui est un groupe de cancers qui commencent dans les os, les muscles ou d'autres tissus. Vous pouvez en savoir plus sur les résultats de l'équipe de recherche à ce jour ici.

 

Publication à propos des marqueurs du cancer du poumon

L'équipe de recherche continue de collaborer avec certains de ses collègues cliniciens sur cet article. Ils attendent des retours et des données supplémentaires de la part de quelques-uns de leurs collaborateurs.

 

État actuel des unités de travail

 - Disponible pour téléchargement : 772 lots
 - En cours : 1 223 lots (10 624 703 unités de travail)
 - Terminé : 73.550 lots
                      1232 lots au cours des 30 derniers jours
                       Moyenne de 41 lots par jour
 - Reste à faire (équipe de recherche) : 18,8 jours

 

20 avr. 2021 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=698

 

Affichages : 720

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Récapitulatif

L'équipe de recherche continue d'analyser les énormes quantités de données générées par World Community Grid tout en se préparant à la publication de son premier article.

MIP 11 Nov 2020

 

Contexte

Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiote dans la maladie.

Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur planning de travail, et ils ont toujours plus de séquences à exécuter à l'avenir.

 

Articles en cours (dont un à paraître prochainement)

Pendant de nombreux mois, les chercheurs ont travaillé d'arrache-pied sur trois articles à propos du projet. Ils continuent d'analyser les données de deux des articles, mais le troisième a été récemment accepté pour publication. Nous informerons tout le monde une fois que l'article sera en ligne.

 

État actuel des unités de travail

 - Disponible pour téléchargement : 4 282 lots
 - En cours : 3 263 lots (6.050.867 unités de travail)
 - Terminé : 328609 lots (1285 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 42,83 lots par jour)
 - Reste à faire (équipe de recherche) : 100 jours

 

15 avr. 2021

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=697

 

Affichages : 660

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Récapitulatif

Les chercheurs accueillent un nouveau membre permanent de l'équipe.

HSTB lungs1

 

Contexte

Le projet Help Stop TB a été créé pour étudier la gaine de Mycobacterium tuberculosis , la bactérie responsable de la maladie. Ces connaissances pourraient aider les scientifiques à mieux comprendre comment la bactérie se protège, ce qui pourrait à son tour aider à la recherche de meilleurs traitements.

En octobre, l'Organisation mondiale de la santé a publié les statistiques mondiales les plus récentes sur la tuberculose, notamment les suivantes :
 - En 2019, environ 10 millions de personnes ont contracté la tuberculose.
 - 1,4 million de personnes sont décédées de la tuberculose en 2019.
 - La tuberculose reste l'une des 10 principales causes de décès dans le monde et la principale cause d'un seul agent infectieux (au-dessus du VIH / SIDA).

 

Nouveau membre permanent de l'équipe

À la fin de l'année dernière, le doctorant Connor McGee a effectué un stage de huit semaines avec l'équipe de recherche. Nous sommes ravis d'annoncer que Connor a maintenant rejoint l'équipe à temps plein ! Nous inclurons les détails de son rôle dans la prochaine mise à jour du projet des chercheurs.

 

État actuel des unités de travail

 - En cours : 27 lots (2700 unités de travail)
 - Terminé : 24060 lots
                         60 lots au cours des 30 derniers jours
                         Moyenne de 2,0 lots par jour

Remarque : pour ce projet particulier, les chercheurs doivent souvent analyser les lots que nous leur renvoyons avant de pouvoir construire plus d'unités de travail. Cela peut parfois conduire à une alimentation intermittente des unités de travail.

 

13 avr. 2021 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=696

 

Affichages : 859

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Récapitulatif

Le logiciel qui alimente OpenPandemics - COVID-19 a été adapté pour utiliser la puissance du GPU. Cela aidera non seulement les chercheurs à cribler plus de molécules, mais pourrait également les aider à étudier des molécules plus complexes.

Depuis plusieurs mois, les chercheurs d'OpenPandemics - COVID-19 du Forli Lab de Scripps Research et l'équipe technique de World Community Grid travaillent en coulisses pour adapter AutoDock 4, le logiciel qui alimente le projet, pour une utilisation sur des appareils dotés d'unités de traitement graphique (GPU).

Au cours des tests bêta, nous avons constaté que les unités de travail exécutées sur les GPU de volontaires terminaient en moyenne 500 fois plus rapidement (temps GPU par rapport temps CPU) que la même quantité de travail lorsqu'elle était exécutée avec la version CPU d'AutoDock.

 

Qu'est-ce qu'un GPU ?

Une unité de traitement graphique (GPU) est un autre nom de la carte graphique à l'intérieur d'un ordinateur utilisé à l'origine pour afficher du texte et des images sur un moniteur. Au fur et à mesure que les GPU évoluaient, ils ont acquis de grandes quantités de puissance de traitement parallèle. Initialement, il s'agissait d'un sous-produit de l'accélération des calculs spécialisés liés aux graphiques, mais les fabricants ont finalement étendu ces capacités pour permettre des calculs à usage général. En conséquence, les GPU modernes peuvent effectuer certains types de calculs beaucoup plus rapidement que les unités centrales de traitement (CPU) qui orchestrent tout le travail dans un ordinateur. Afin d'utiliser un GPU pour des calculs scientifiques, cependant, les applications doivent être modifiées pour pouvoir utiliser des niveaux élevés de parallélisme afin d'exploiter efficacement les capacités de calcul des GPU.

Si un volontaire exécute OpenPandemics - COVID-19 sur un appareil doté d'un GPU approprié et ajuste ses paramètres en conséquence, cet appareil peut compléter les unités de travail beaucoup plus rapidement qu'un appareil utilisant simplement un processeur.

 

Pourquoi est-il important d'augmenter la vitesse de ce projet ?

AutoDock-GPU (AD-GPU) pourrait augmenter encore plus les chances du projet de trouver une molécule aux propriétés antivirales.

Comparé à AutoDock 4 (la version actuelle du logiciel utilisé pour OpenPandemics - COVID-19), AD-GPU est beaucoup plus rapide, ce qui augmentera considérablement le taux déjà incroyable de résultats ancrés.

En outre, AD-GPU dispose d'un algorithme de recherche amélioré qui présente une plus grande probabilité de trouver des interactions fortes entre les molécules et les protéines virales, et est bien adapté pour ancrer des molécules plus grandes ou plus complexes. Cela signifie que les chercheurs peuvent utiliser AD-GPU non seulement pour cribler plus de molécules, mais aussi pour permettre la recherche de molécules plus complexes.

OPN GPU annonce
Comparaison du GPU OpenPandemics au CPU pour les lots initialement ciblés sur le CPU 30010-30019 exécutés pendant les tests bêta. Les jours moyens pour terminer un lot entier (barres bleues) sont indiqués avec les points moyens par lot (barres orange). L'accélération moyenne globale était de 334 fois (le maximum observé était de 516x). La moyenne globale des points par lot met en évidence une augmentation de 1,6 fois de l'efficacité algorithmique du GPU. Cette efficacité accrue sera exploitée dans les packages ciblés par GPU et conduira à des points beaucoup plus élevés par lot de GPU.


Plus de molécules, des molécules plus complexes et en moins de temps ... tout cela est crucial pour aider à trouver des traitements potentiels pour un virus qui non seulement continue de se propager dans la plupart des pays du monde, mais qui continue également de muter.

 

Les appareils sans GPU sont-ils donc toujours importants pour ce projet ?

Oui ! Actuellement, environ 20 % seulement de la puissance de World Community Grid provient d'appareils dotés de GPU, de sorte que la participation de tous les ordinateurs compatibles CPU, appareils Android et Raspberry Pi qui le souhaitent reste cruciale.

Merci à tous ceux qui soutiennent OpenPandemics - COVID-19 !

 

6 avr. 2021

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=693

 

Affichages : 873

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Récapitulatif

Les chercheurs continuent de faire connaître le projet et s'efforcent de rendre les données faciles à partager.

ARP rain website1

 

Contexte du projet

Dans le cadre du projet Africa Rainfall Project, des chercheurs de l'Université de technologie de Delft créent des simulations informatiques à haute résolution de tempêtes de pluie localisées en Afrique subsaharienne. Grâce à la puissance de calcul massive et participative de World Community Grid, ils peuvent exécuter ces simulations à une résolution beaucoup plus élevée, exactement ce qui est nécessaire pour les orages localisés.
Cela n'a jamais été fait pour les orages dans cette région.

Ceci est important car 95 % de l'agriculture en Afrique dépend des précipitations. Le projet utilise des données générées à partir de World Community Grid, des données de The Weather Company et d'autres informations pour fournir des prévisions de précipitations plus précises. Ces informations peuvent aider les agriculteurs à mieux cultiver leurs cultures.

 

Présentations

En mars, le professeur Nick van de Giesen (chercheur principal du projet) a fait une présentation du projet à un groupe d'employés d'IBM. Vous pouvez lire une grande partie des informations qu'il a présentées dans leur dernière mise à jour de projet.

Camille Le Coz, membre de l'équipe de recherche, donnera une présentation à l' Assemblée générale de l'EGU 2021, une conférence virtuelle pour l'Union européenne des géosciences. La conférence est prévue pour la fin avril.

 

Stockage et partage de données

Les chercheurs continuent de travailler pour obtenir les données dans un format qui peut être facilement partagé avec d'autres scientifiques et le grand public. Pour faciliter cela, ils espèrent avoir une première version d'une interface Web prête dans plusieurs mois.

 

État actuel des unités de travail

World Community Grid envoie actuellement la génération 59.
(Une génération est un ensemble de travaux - dans ce cas, un ensemble de simulations informatiques des précipitations en Afrique subsaharienne.)

 

9 avr. 2021 

 

traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=695

 

Affichages : 632
  1. WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour de mars
  2. WCG - Smash Childhood Cancer - Mise à jour de mars
  3. WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour de mars
  4. WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de mars
  5. WCG - Africa Rainfall Project : Mise à jour de mars
  6. Un supercalculateur composé d'unités centrales inutilisées rembobine des flux stellaires

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