WCG - Microbiome Immunity Project : Mise à jour de janvier / février
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les scientifiques continuent de travailler sur des articles liés à la recherche en cours sur le World Community Grid.
Contexte
Des milliards de bactéries vivent à l'intérieur et sur notre corps. Le projet Microbiome Immunity Project utilise la puissance de calcul du World Community Grid pour étudier les protéines produites par ces bactéries, qui sont codées dans leurs génomes. Cela peut aider les scientifiques à comprendre le rôle du microbiote dans la maladie.
Jusqu'à présent, les chercheurs ont exécuté plus de 300 000 séquences de protéines dans leur plan de travail et ils ont encore plus de séquences à exécuter à l'avenir.
Articles en cours
La discussion de ce mois-ci s'est principalement concentrée sur trois articles qui se trouvent à différentes étapes du processus de création :
- Article 1 : Les chercheurs analysent plusieurs ensembles de données pour cet article (au moins trois).
- Article 2 : Les chercheurs attendent les résultats de 11 ensembles de données du World Community Grid pour poursuivre le processus d'analyse des données pour cet article.
- Article 3 : Cet article a été soumis pour examen à une revue universitaire. (Depuis le début de la pandémie, le processus d'examen prend un peu plus de temps que d'habitude.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 6 595 lots
- En cours : 3395 lots (6111703 unités de travail)
- Terminé : 326288 lots (1247 lots au cours des 30 derniers jours, soit une moyenne de 41,6 lots par jour)
- Reste-à-faire estimé : 158,5 jours
11 févr. 2021
traduction de l'article de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=681
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WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour janvier/février
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Des tests en laboratoire ont commencé pour certains des composés prometteurs identifiés avec l'aide de volontaires du World Community Grid.
Contexte
OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements potentiels COVID-19. Le projet vise également à créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements en cas de futures pandémies.
Fin 2020, les chercheurs ont annoncé avoir sélectionné 70 composés (parmi un groupe initial d'environ 20.000) qui pourraient être prometteurs d'être étudiés en tant qu'inhibiteurs potentiels du virus responsable du COVID-19.
Premier ensemble de composés soumis à des tests en laboratoire
Sur le groupe de 70 mentionnés ci-dessus, les chercheurs ont commandé et envoyé récemment les 25 premiers composés prometteurs à leurs collaborateurs de laboratoire, et le processus de test en laboratoire a commencé. Nous informerons tout le monde une fois que nous aurons des mises à jour sur les résultats des tests biologiques.
OpenPandemics pour GPU
Le processus de portage du code de l'application de recherche sur le GPU est en cours, car nous travaillons pour garantir que les unités de travail fonctionnent correctement et en toute sécurité avant d'être envoyées aux volontaires. La revue de sécurité du code est terminée.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 6 025 lots
- En cours : 2 528 lots (17 384 490 unités de travail)
- Terminé : 30576 lots
3098 lots au cours des 30 derniers jours
- Moyenne de 103 lots par jour
- Reste-à-faire estimé: 58 jours
4 févr. 2021
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=680
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WCG - Mapping Cancer Markers : Mise à jour de décembre
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs et l'équipe technique de World Community Grid continuent de travailler ensemble pour développer de nouvelles unités de travail sur le sarcome.
Contexte
Mapping Cancer Markers vise à identifier les marqueurs associés à différents types de cancer. Le projet analyse des millions de points de données collectés à partir de milliers d'échantillons de tissus de patients sains et cancéreux. Ceux-ci comprennent les tissus atteints de cancer du poumon, de cancer de l'ovaire et de sarcome.
Jusqu'à présent, le projet a terminé d'exécuter des données sur le cancer du poumon et les marqueurs du cancer de l'ovaire sur le World Community Grid. Les chercheurs étudient actuellement les marqueurs du sarcome, qui est un groupe de cancers qui commencent dans les os, les muscles ou d'autres tissus. Vous pouvez en savoir plus sur les résultats de l'équipe de recherche à ce jour, ici.
Mise à jour détaillée du projet par les chercheurs
Plus tôt ce mois-ci, nous avons publié une mise à jour directement de l'équipe de recherche, que vous pouvez lire ici . Dans cet article, l'équipe explique comment un changement de code relativement petit pourrait avoir un impact important sur la capacité du projet à analyser des marqueurs pour différents types de sarcome.
Poursuite du perfectionnement des nouvelles unités de travail sur les sarcomes
L'équipe de recherche a terminé l'analyse des résultats des tests bêta pour les nouvelles unités de travail sur le sarcome. Ils ont trouvé quelques différences mineures entre leurs propres unités de travail de test et celles qui étaient exécutées sur World Community Grid. L'équipe technique de World Community Grid étudie ces différences. En attendant, il y aura beaucoup de travail disponible avec les unités de sarcome existantes.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 799 lots
- En cours : 1066 lots (64 982 542 unités de travail)
- Terminé : 68465 lots
1007 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 33,6 lots par jour
- Reste-à-faire estimé : 23 jours.
29 déc. 2020
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=678
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WCG - Help Stop TB : Mise à jour de décembre
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les chercheurs terminent leur travail sur un article sur leurs découvertes à ce jour.
Contexte
Le projet Help Stop TB a été créé pour étudier l'enveloppe de la bactérie responsable de la tuberculose (TB), afin d'aider les scientifiques à rechercher de meilleurs traitements.
En octobre, l'Organisation mondiale de la santé a publié les statistiques mondiales les plus récentes sur la tuberculose, notamment les suivantes :
- En 2019, environ 10 millions de personnes ont contracté la tuberculose.
- 1,4 million de personnes sont décédées de la tuberculose en 2019.
- La tuberculose reste l'une des 10 principales causes de décès dans le monde et la principale cause d'un seul agent infectieux (au-dessus du VIH / SIDA).
Progression à propos du prochain article
Les chercheurs apportent des modifications finales à un article sur les résultats du projet, dans le but de le soumettre pour examen dans les semaines à venir.
État actuel des unités de travail
- En cours: 33 lots (3276 unités de travail)
- Terminé: 23798 lots
72 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 2,43 lots par jour.
Remarque : pour ce projet particulier, les chercheurs doivent souvent analyser les lots que nous leur renvoyons avant de pouvoir construire d'autres unités de travail. Cela peut parfois conduire à une alimentation intermittente des unités de travail.
23 déc. 2020
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=677
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WCG - Africa Rainfall Project planifie le stockage et le partage des données
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- Écrit par : franky82
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Récapitulatif
Les scientifiques à l'origine du projet Africa Rainfall nous font le point sur la recherche et décrivent leurs plans pour 2021 dans cet article.
Contexte
En Afrique subsaharienne, 95 pour cent de l'agriculture dépend des précipitations, ce qui rend des prévisions météorologiques précises absolument cruciales. Cependant, comme les précipitations dans cette région sont souvent localisées - parfois presque au niveau d'une ferme - il est difficile de prévoir avec précision avec des données satellitaires, qui montrent des modèles météorologiques plus larges.
Grâce à ce projet, nous créons des simulations informatiques haute résolution de tempêtes de pluie localisées en Afrique subsaharienne. Grâce à la puissance de calcul massive et participative de World Community Grid, nous pouvons exécuter des simulations à une résolution beaucoup plus élevée, exactement ce qui est nécessaire pour les orages localisés. Cela n'a jamais été fait pour les orages dans cette région.
Statut et résultats
Le projet Africa Rainfall fonctionne bien. Environ un quart des simulations prévues ont été réalisées grâce aux nombreux bénévoles du World Community Grid.
Cela signifie que nous pouvons déjà commencer à regarder les premiers résultats couvrant la majeure partie de la saison des pluies en Afrique de l'Ouest. Ces résultats montrent en effet le début de la saison des pluies, lorsque les vents de mousson transportent l'humidité du golfe de Guinée vers le continent, où il pleut. La plupart des précipitations sont tombées pendant les tempêtes convectives, qui se développent rapidement sur des zones relativement petites. C'est en raison de cette nature localisée des précipitations en Afrique que le projet Africa Rainfall est nécessaire.
En utilisant la puissance de calcul des machines des volontaires, il devient possible de zoomer et de résoudre ces processus de production de précipitations à une échelle très fine. À sa plus fine échelle, la résolution est une grille avec des cellules de un kilomètre par un kilomètre.
Présentation à la réunion d'automne de l'American Geophysical Union
Chaque année, au cours de la première quinzaine de décembre, l'American Geophysical Union (AGU) tient sa réunion d'automne. En règle générale, plus de 20 000 scientifiques du monde entier se réunissent pour échanger leurs résultats et se rencontrer pour élaborer de nouveaux projets pour l'année. Cette année, la réunion aurait dû avoir lieu à San Francisco, mais elle a été organisée en ligne en raison de la COVID-19.
Le projet Africa Rainfall a été présenté à cette occasion (résumé, cadre ci-dessous) à des scientifiques spécifiquement intéressés par le temps et le climat en Afrique lors de la session sur "La variabilité climatique et l'environnement africain, les ressources en eau et la sécurité alimentaire". La session a été animée et a été bien suivie, avec des discussions intéressantes après les brèves présentations en ligne.
Un résultat intéressant qui a été débattu concerne l'échelle optimale à laquelle simuler les tempêtes de pluie convectives. Certaines personnes ont fait valoir qu'une résolution de trois kilomètres pourrait être suffisante, tandis que d'autres préféraient la grille plus fine d'un kilomètre. Il s'agit d'une question scientifique importante à laquelle le projet pourra bientôt répondre.
Résumé :
African Rainfall Project : Modélisation météorologique haute résolution (1 km) à l'échelle continentale grâce au World Community Grid
Nick van de Giesen, Camille Le Coz (Department of Water Management, Delft University of Technology, Netherlands)
Lloyd Treinish (IBM Research USA, Yorktown Heights, NY, United States)
L'objectif de l'African Rainfall Project (ARP) est de dériver des estimations précises des précipitations sur l'Afrique subsaharienne, à l'aide d'une application haute résolution (1 km) du Weather Research and Forecasting Model (WRF). Une telle résolution permettra au modèle de mieux représenter les précipitations, et en particulier les précipitations convectives. Il s'agit d'une expérience unique qui n'a jamais été réalisée à une telle échelle. Le modèle fonctionne sur IBM World Community Grid ( WCG ).
ARP divise le continent africain en plus de 35 609 domaines de modélisation WRF. Pour chaque domaine, WRF est exécuté sur un ordinateur personnel d'un volontaire, qui partage des ressources informatiques supplémentaires via le WCG. Il calcule les épisodes de deux jours de temps avec une sortie toutes les 15 minutes (193 pas de temps au total chacun). Chaque domaine WRF est triplement imbriqué. Par conséquent, il calcule d'abord à une résolution grossière de 9 km x 9 km couvrant une région de 468 km x 468 km avec des conditions aux limites historiques issues de l'analyse globale opérationnelle NCEP FNL (finale). Au centre de ce domaine, il calcule le nid suivant à la résolution intermédiaire de 3 km (156 km x 156 km) avec les conditions aux limites fixées par le calcul du domaine le plus grossier. Enfin, un domaine de 52 km x 52 km est calculé au centre du domaine intermédiaire. Verticalement, l'atmosphère est divisée en 51 couches de sorte que la sortie est produite sur une grille de 52x52x51. Le modèle est exécuté sur quatre grilles échelonnées pour être en mesure d'examiner la variabilité des résultats du modèle. La période couverte s'étend du 1er juillet 2018 au 30 juin 2019.
Tous les paramètres atmosphériques (vent, pression, etc.) sont calculés mais seulement une vingtaine de variables d'intérêt direct sont stockées et téléchargées vers l'installation centrale de WCG. La quantité de données produites est d'environ 0,5 Po ou, en termes plus nostalgiques, une pile de plus de 370 millions de disquettes de 3,5 pouces. Ce tas pèserait plus de 6700 tonnes et ferait plus de 1200 km de haut. Ces données seront stockées et rendues disponibles via un géo-portail interactif à SURFsara, une installation de calcul des universités néerlandaises. Les premiers résultats seront présentés ici, ainsi qu'une comparaison des résultats du modèle avec les données au sol de l'Observatoire hydrométéorologique transafricain (TAHMO).
Perspectives
Le projet Africa Rainfall produit de nombreux fichiers contenant des résultats de simulation météorologique. Au final, nous prévoyons de recevoir près de quatre milliards de fichiers ! Il n'est pas anodin de stocker et d'organiser autant de fichiers, et encore moins de les rendre facilement accessibles en ligne. La quantité de données produites est d'environ 0,5 pétaoctets, ou, en termes plus nostalgiques, une pile de plus de 370 millions de disquettes de 3,5 pouces. Cette pile pèserait plus de 6 700 tonnes et aurait une hauteur de plus de 1 200 km.
Grâce aux subventions de SURF, une association coopérative d'établissements d'enseignement et de recherche néerlandais et de l'Université de technologie de Delft, les fichiers seront consolidés et stockés efficacement. La prochaine étape consistera à développer une page Web où chacun pourra sélectionner un domaine d'intérêt pour visualiser les résultats du projet Africa Rainfall. Celle-ci devrait être mise en ligne au début de 2021 et donnera à tous les volontaires l'occasion de consulter les résultats globaux jusqu'à présent.
Merci à tous ceux qui soutiennent le projet Africa Rainfall.
Par : Équipe de recherche du projet Africa Rainfall
Université de technologie de Delft
22 déc. 2020
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=676
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WCG - OpenPandemics - COVID-19 : Mise à jour de décembre
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- Écrit par : franky82
- Catégorie parente: Actualités
Récapitulatif
Le projet se rapproche du début des tests en laboratoire sur des composés prometteurs, mais il reste encore beaucoup à faire sur le World Community Grid.
La membre de l'équipe de recherche, la Dr Martina Maritan, a créé une infographie (détail ci-dessus) sur le projet pour aider à décrire le processus de recherche complet.
Contexte
OpenPandemics - COVID-19 a été créé pour aider à accélérer la recherche de traitements potentiels COVID-19. Le projet vise également à créer une boîte à outils open source à réponse rapide qui aidera tous les scientifiques à rechercher rapidement des traitements en cas de pandémie future.
Premier ensemble de composés commandé pour les tests en laboratoire
Comme les chercheurs l'ont mentionné dans leur mise à jour de projet fin octobre, ils ont identifié 70 composés pour des tests expérimentaux. Jusqu'à présent, ils ont pu commander un sous-ensemble de ces composés, qui ont été expédiés aux collaborateurs du laboratoire. Nous informerons tout le monde une fois que le processus de test en laboratoire aura commencé.
OpenPandemics pour GPU
Le portage du code sur le GPU est un processus long car il existe un certain nombre d'étapes nécessaires pour garantir que les unités de travail fonctionnent correctement et en toute sécurité avant d'être envoyées aux volontaires.
Le code vient de passer par une revue de sécurité IBM. Les critiques ont recommandé quelques modifications mineures, qui sont en cours d'évaluation par l'équipe technique de World Community Grid.
État actuel des unités de travail
- Disponible pour téléchargement : 11090 lots
- En cours : 4 364 lots (18 750 423 unités de travail)
- Terminé : 23 674 lots
6 994 lots au cours des 30 derniers jours
Moyenne de 233 lots par jour
- Reste-à-faire estimé : 47 jours.
17 déc. 2020
traduction de l'article WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=674
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