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Fiocruz Genome Comparison (WCG)

Projet terminé, une seconde phase est prévue en 2009

WCG

 

 

 

Fiocruz Genome Comparison

Fiocruz Genome Comparison est un projet de l'Institut Oswaldo Cruz au Brésil. Il consiste à comparer une par une les séquences des protéines. Les résultats seront standardisés grâce à un ensemble structuré de vocabulaire appelé Ontologie de gène ( www.geneontology.org/) ainsi qu'un index de similitude pour fournir une aide inestimable aux biologistes consultant la base de donnée. Le projet utilisera l'outil de comparaison SSEARCH de W.R. Pearson , une adaptation librement utilisable de l'algorithme Smith-Waterman qui est utilisé pour trouver de façon mathématique le meilleur alignement local entre les paires de séquences.

A chaque fois que les scientifiques auront séquencés de nouveaux génomes, ils pourront l'ajouter à la base de données pour calculer les similarités avec d'autres protéines, contribuant ainsi à l'information de la communauté scientifique dans sa globalité.

A noter que le but du projet est le même que pour Simap, il n'y a que la méthode qui diverge. Simap utilise l'algorithme FASTA, alors que Genome Comparison utilise SSEARCH. Fasta a pour avantage de présenter une grande rapidité mais il est un peu moins sensible que SSEARCH qui permet en principe d'obtenir des résultats plus exhaustifs.

 

 

L'écran de veille