Raid de printemps 2019
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Chers AFiens et AFiennes,
Le printemps est à nos portes – enfin on l’espère – et le temps du raid est revenu.
Comme il n’y a pas eu de Charity Event cette année nous avons pensé à un projet bio, mais ne vous inquiétez pas si vous n’êtes pas fan : il y en aura pour tout le monde ! (*)
Dates du raid : du vendredi 22 mars 2019 à 20h (heure de Paris) au dimanche 7 avril 2019 à 20h (heure de Paris)
Projet principal : Rosetta
URL du projet : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
L’AF : https://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=30
Objectifs :L’an dernier nous avions fini 12e au FB et sommes donc partis les mains vides de points sur ce seul projet.
Cette année, nous sommes encore 12e au FB. L’objectif est donc de rentrer dans les points et de progresser suffisamment pour y rester. Le top5 devrait être jouable, voire le top3.
Projet de secours : Acoustics
URL du projet : http://www.acousticsathome.ru/boinc/
L’AF : http://www.acousticsathome.ru/boinc/team_display.php?teamid=23
Objectifs :Nous sommes actuellement 6e au FB ; l’objectif est de rentrer dans le top3.
Projet GPU : Einstein
URL du projet : https://einsteinathome.org/fr
L’AF : https://einsteinathome.org/fr/community/teams/172289
Le 14 mars dernier, Albert Einstein aurait fêté ses 140 ans.
Objectifs :Actuellement, l’AF est 8e au FB ; comme pour Acoustics, l’objectif est de rentrer dans le top3.
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Les chercheurs du Smash Childhood Cancer choisissent de nouvelles molécules cible
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Les chercheurs du Smash Childhood Cancer choisissent de nouvelles molécules cible
Par : Dr Akira Nakagawara, M.D., Ph.
PDG du Centre Médical Saga KOSEIKAN et Président émérite du Chiba Cancer Center.
5 juin 2018
Récapitulatif
L'équipe de recherche Smash Childhood Cancer a récemment choisi plusieurs nouvelles molécules cibles pour ses travaux en cours. Apprenez-en davantage sur l'importance de ces molécules dans cette mise à jour.
Près d'un an et demi s'est écoulé depuis le lancement du projet Smash Childhood Cancer. Au nom de tous les membres de l'équipe, j'apprécie vraiment la contribution des bénévoles à ce projet.
En ajoutant de nouveaux membres au groupe original du projet Help Fight Childhood Cancer, notre équipe de recherche sur le Smash Childhood Cancer est devenue tout à fait internationale, avec des pédiatres du Japon, de Hong Kong et des États-Unis impliqués dans ce grand projet de développement de nouveaux médicaments.
Alors que l'objectif du projet Help Fight Childhood Cancer était de rechercher de nouveaux et meilleurs traitements pour le neuroblastome, Smash Childhood Cancer ne concerne pas seulement le neuroblastome, mais aussi d'autres cancers de l'enfance comme les tumeurs cérébrales, l'ostéosarcome (cancer des os), les tumeurs des cellules germinales, l'hépato-blastome (cancer du foie) et d'autres.
Plusieurs protéines - bêta-caténine, LIN28B, N-CYM et autres - ont été récemment choisies comme molécules cibles. Les structures des protéines bêta-caténine et LIN28B ont été déterminées, de sorte que le criblage in silico de ces protéines a commencé, à la recherche de composés à haute affinité de liaison à partir d'une bibliothèque de plus de 3 millions de petites molécules.
La protéine N-CYM, qui a été découverte par mon équipe et moi-même, est le nouveau produit du gène moteur du neuroblastome. La protéine se trouve seulement chez les humains et les chimpanzés, et est créée par "l'évolution de novo" (ce qui signifie qu'elle fait partie de l'évolution du cancer). La protéine est assez difficile à cristalliser pour une raison inconnue et nous travaillons encore à déterminer sa structure exacte afin que la découverte de médicaments contre elle puisse commencer.
Récemment, nous avons reçu une subvention du gouvernement japonais pour soutenir notre découverte de médicaments contre la protéine LIN28B, ce qui pourrait nous aider à accélérer nos progrès dans la lutte contre le Smash Childhood Cancer.
Une fois de plus, je voudrais exprimer notre gratitude aux volontaires du monde entier qui ont soutenu le projet. Pour les enfants qui luttent contre le cancer infantile, nous aimerions découvrir un nouveau médicament le plus tôt possible et mettre au point un traitement sans effets secondaires ultérieurs.
Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=563
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Les membres de l'Alliance Francophone
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- Bonjour Ceclo, peux-tu te présenter en quelques mots?
"- Bonjour à toutes et tous !
Je m’appelle Cédric, né en 1969, je vis en Suisse Romande, près de Yverdon. Je suis ingénieur en mécanique de formation, je suis marié et ai 2 enfants qui approchent la vingtaine !"
- Ton pseudo de crunch, pourquoi?
"- C’est le premier qui m’est venu à l’esprit quand j’ai remis boinc en route « vite pour essayer ». C’est en fait la contraction entre le début de mon prénom suivi du diminutif du prénom de mon épouse."
- Depuis quand es-tu membre de l'AF?
"- Fin 2015 ou début 2016… En fait j’étais dans une team appelé Suisse romande dans laquelle je m’étais inscrit en 2005 lorsque j’ai fait un peu de Seti. Je n’ai ensuite plus crunché pendant un bon moment. En 2015, j’ai fait des travaux d’isolation dans mon sous-sol, pour le rendre plus « habitable ». Le lieu n’étant pas chauffé, et plutôt que d’installer un bête chauffage électrique, j’ai mis en fonctions des anciens PC…. En consultant les Stat Boinc, j’ai découvert qu’il y avait plein d’autres projet que Seti.. Je me suis aussi rendu-compte que le team ou j’étais n’avais aucune activité. C’est la page de présentation de l’AF qui m’a décidé à la rejoindre."
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WCG FightAIDS@home
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Récapitulatif
Les chercheurs de la phase 2 de FightAIDS@Home prévoient de rédiger un article et de tester de nouveaux composés dans le cadre de la recherche continue de nouveaux et meilleurs traitements.
Contexte
Depuis de nombreuses années, les chercheurs du monde entier font des progrès dans la lutte contre le VIH/sida. Cependant, les complications liées au sida touchent encore beaucoup trop de personnes. L'ONUSIDA estime que 36,7 millions de personnes vivaient avec le VIH en 2016. Et bien que les décès liés au sida aient diminué de façon significative depuis leur sommet de 2005, environ un million de personnes sont mortes de causes liées au sida en 2016. (Voir le site Web de l'ONUSIDA pour plus de statistiques).
Le VIH continue d'être un défi parce qu'il mute rapidement, ce qui rend inefficaces les traitements médicamenteux existants. FightAIDS@Home a rejoint World Community Grid il y a plus d'une décennie avec l'objectif simple mais difficile de trouver de nouveaux traitements pour le VIH. Au cours de la Phase 1 du projet, l'équipe a identifié des milliers de candidats potentiellement prometteurs à confirmer expérimentalement en laboratoire. Cependant, parce qu'il est prohibitif de tester en laboratoire tous les candidats potentiels, la Phase 2 a été créée pour prioriser les composés candidats en les évaluant avec des méthodes plus précises.
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Les membres de l'Alliance Francophone
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Bonjour à vous toutes et tous, aujourd'hui nous allons découvrir un peu mieux [AF>Belgique]bill1170
- Peux-tu te présenter en quelques mots?
-"Je suis né et je vis à Bruxelles. Ingénieur agronome de formation, j'avais choisi d'étudier la science et la technique qui permettent la défense de l'environnement. Depuis je suis devenu d'abord humaniste, puis environnementaliste."
- Ton pseudo de crunch, pourquoi?
-" C'est une classique contraction de mon prénom et de mon code postal."
- Depuis quand es-tu membre de l'AF?
-" Heureusement qu'il y a les stats pour s'en souvenir. Le 25 janvier 2009. J'avais commencé sans équipe, puis suis devenu membre de Boinc.be. Enfin j'ai été attiré par le dynamisme de l'AF et surtout sa mine d'information alors que je cherchais à faire fonctionner pour la première fois un GPU et des applications optimisées pour un challenge Seti."
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Différence entre tâche et unité de travail (UT)
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- Écrit par : JeromeC
Je trouve depuis très longtemps qu'il y a très souvent dans le discours des crunchers et dans le monde de boinc une confusion entre le concept de "tâche" (task) et d' "unité de travail" / UT (work unit / WU).
J'ai cherché une source d'information fiable et non équivoque sur le net (dont des wiki boinc) et je n'ai en ai pas trouvé, j'ai même constaté que la confusion est parfois entretenue sur ces wikis.
Je livre ici ce que m'a appris mon expérience mais je m'empresserai de le corriger si cela s'avérait inexact.
Une tâche : il s'agit du plus petit objet qui définit ce que va calculer une application donnée pour un projet donné sur un ordinateur (hôte de calcul) donné. Elle a (un nom et) un ID unique qui l'identifie pour le projet / appli / ordi.
Cela correspond au jeu de paramètres sur lesquel l'application va être exécutée par l'ordinateur, puisque chaque tâche envoyée à un ordinateur par le serveur du projet Boinc n'est pas une nouvelle application en elle-même (sauf si changement de version) mais plutôt une déclinaison de l’exécution d'une application donnée. Ce qui fait qu'à chaque nouvelle tâche de cette application exécutée sur l'ordinateur seul un petit volume de donnée (fichier de paramètres) est (généralement) téléchargé par l'ordinateur hôte.
Je ne parle pas ici des projets / application à base de machine virtuelle sous VirtualBox, ça peut être (beaucoup) plus compliqué et ça dépend des projets.
Elle contient des informations précises sur l'application, sa version, l'ordinateur, l'horodatage (envoi, exécution, durée), l'exécution (status, FLOPS, mémoire) et le résultat des calculs (statuts, crédits accordés et log d'exécution / output). Attention ce n'est pas le résultat du calcul lui-même, qui est un autre fichier de données renvoyé par l'ordinateur vers le serveur du projet.
Nom universe_bh2_180328_236_3648446352_20000_1-999999_450300_1 Unité de travail (WU) 15830048 Créé 16 Apr 2018, 6:18:27 UTC Envoyé 9 May 2018, 8:39:25 UTC Date limite de rapport 23 May 2018, 8:39:25 UTC Reçu 9 May 2018, 16:32:39 UTC État du serveur Sur Résultats Succès État du client Fait État à la sortie 0 (0x0) ID de l'ordinateur 492077 Temps de fonctionnement 4 heures 9 min 19 sec Temps de CPU 3 heures 51 min 19 sec Valider l'état Valide Crédit 666.67 Device peak FLOPS 2.48 GFLOPS Version de l'application Universe BHspin v2 v0.05 Peak working set size 5.12 MB Peak swap size 2.33 MB Peak disk usage 1.59 MB Stderr output <core_client_version>7.4.42</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
14:49:01 (2060): called boinc_finish(0)
</stderr_txt>
]]>
Une unité de travail (UT) : il s'agit d'un objet de niveau supérieur qui définit à quel(s) ordinateur(s) une même tâche a été envoyée (un ou plusieurs) en fonction du quorum de l'application. Quand je dis "une même tâche" j'entends "un même jeu de paramètres pour exécuter l'application" puisque chaque tâche de la WU aura un ID distinct - sur un ordinateur différent à chaque fois, une même tâche n'étant jamais renvoyée à un même ordinateur, ça n'aurait pas d'intérêt pour le projet.
Ainsi une UT regroupe le détail de l'exécution d'une tâche pour chaque ordinateur concerné, quand il y en a plusieurs - les projets à quorum de 1 ne l'envoient qu'à un seul ordinateur.
Le nom de la WU est donc logiquement la racine du nom de la tâche, chaque tâche en étant une déclinaison : par exemple ici "_1" est rajouté à droite du nom de la tâche et il y a une autre tâche "_0".
Elle contient des informations sur l'application, le quorum, les maximum de tâches autorisés (erreur max, total max et succès max) ainsi que la liste des tâches associées pour chaque ordinateur hôte. On voit bien que deux tâches d'une même unité de travail peuvent avoir des durées d'exécution très variables (en fonction du CPU, etc) mais que le crédit attribué est unifié (*).
nom universe_bh2_180328_236_3648446352_20000_1-999999_450300 applications Universe BHspin v2 créé 15 Apr 2018, 18:33:48 UTC résultats canoniques 35706143 crédit accordé 666.67 quorum minimum 2 réplication initiale 2 nombre maximum de tâches en erreur/totales/succès 4, 10, 2
Tâche Ordinateur Envoyé Délai reporté
ou date limiteÉtat Temps de
fonctionnement
(sec)Temps de
CPU
(sec)Crédit Application 35706143 490352 9 May 2018, 8:39:15 UTC 9 May 2018, 10:04:01 UTC Terminé et validé 4,418.52 4,402.32 666.67 Universe BHspin v2 v0.05 35706144 492077 9 May 2018, 8:39:25 UTC 9 May 2018, 16:32:39 UTC Terminé et validé 14,959.71 13,879.38 666.67 Universe BHspin v2 v0.05
(*) je ne connais pas les règles d'attribution des crédits mais il y a clairement un perdant dans l'affaire, à moins que ce soit l'autre qui est gagnant ! (qui a dit que ça revenait au même ? )
Pour en discuter plus avant, direction le forum de l'AF sur ce sujet.
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- Nouvelles collaborations et progrès accomplis sur Clean Energy Project
- LHC@Home - des nouvelles du projet SixTrack
- Une expérience familiale avec le Neuroblastome
- Les données du projet Help Stop Muscular Dystrophy Project utilisées pour examiner la fonction des protéines
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