Physique-Chimie
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- Écrit par : JeromeC
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Nouvelles du projet Quchempedia (Quantum Chemistry encycloPed and Intelligence Artificielle.). Ce projet BOINC est porté par l'Université d'Angers.
Dans le cadre des conférences Molecular Modeling and Drug Discovery (M2D2), organisées par le laboratoire Valence Discovery, Thomas Cauchy a fait une présentation de nos travaux. Cette vidéo est destinée aux chercheurs mais Thomas fait, comme toujours, un effort important pour vulgariser le sujet. J'espère que vous apprécierez !
Lien du live vidéo (en anglais) : https://youtu.be/DLaJ529c1ag
Résumé : Au-delà de la recherche active de nouveaux médicaments, les méthodes de génération de novo sont également une formidable opportunité pour la découverte de matériaux moléculaires. Cependant, l'espace chimique de ces matériaux diffère de celui des molécules bioactives. Cette conférence présentera les défis inhérents à ce genre de problèmes. Pour la plupart des matériaux moléculaires, les nouvelles cibles doivent avoir des propriétés électroniques spécifiques. Cela signifie normalement une évaluation très coûteuse par des calculs de mécanique quantique. De plus cette évaluation nécessite une connaissance des positions atomiques en trois dimensions. Toutes ces contraintes spécifiques nous ont amenés à proposer notre propre méthode de génération basée sur EvoMol, un algorithme évolutif efficace. Libre de parcourir tout l'espace chimique, les méthodes qui limitent les solutions à des molécules réalistes seront présentées.
Source : https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=173#1717
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- Écrit par : [AF]Fansyl
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traduit par Fansyl pour l'AF
Résumé:
Dans cette article, l'équipe de recherche d'Harvard présente ses nouvelles tâches de recherches, de nouvelles collaborations qui aideront à la recherche de cellules solaires plus efficaces, et un prix récemment reçu.
Le Docteur Steven Lopez (en haut à gauche) avec plusieurs étudiants en licence qui sont les membres du groupe Aspuru-Guzik
Le projet Harvard Clean Energy poursuit ses efforts pour trouver de nouvelles classes de matériaux pour une énergie solaire propre et renouvelable. Nous analysons maintenant les résultats d'un filtrage virtuel à haut débit de matériaux alternatifs de fullerène. Ces matériaux aideront à étendre la boîte à outils à nos collaborateurs qui fabriquent ces appareils. Nous travaillons avec plusieurs groupes au Mexique et au Canada pour commencer la synthèse de ces composés.
Les travaux sur le World Community Grid sont actuellement en standby, tandis qu'un nouveau type de tâche de recherche est testée avant d'être diffusée plus largement à la communauté de bénévoles.
Nous avons également commencé à collaborer avec le groupe Loo (Université de Princeton) pour un autre projet de sélection impliquant des matériaux hexabenzocoronene discotiques?. Ces matériaux sont très transparents et nos collaborateurs ont mesuré d'impressionnantes tensions en circuit ouvert dans les dispositifs photovoltaïques. La haute tension de ces matériaux peut être utilisée pour une nouvelle application passionnante, le fractionnement de l'eau! Des tensions élevées peuvent être utilisées pour briser l'eau dans ses éléments constitutifs: l'oxygène et l'hydrogène. L'hydrogène a le potentiel pour être utilisé en carburant, et a l'avantage supplémentaire de produire seulement des sous-produits "propres": de l'oxygène et de l'eau.
Le Docteur Steven Lopez travaille avec une étudiante diplômée Hannah Shin et l'étudiant de License Julio de Goes Soares pour concevoir une bibliothèque personnalisée pour nos amis à Princeton.
Steven s'est rendu à l'UCLA pour recevoir le Prix Norma Stoddart de l'Excellence Académique et la Citoyenneté Remarquable, qui est ouvert à tous les étudiants actuels et récemment diplômés et les boursiers du département de chimie et de biochimie de l'UCLA. Il a rencontré Sir Fraser Stoddart (Northwestern University), chimiste renommé et récent lauréat du prix Nobel, dont les recherches portent sur la reconnaissance moléculaire par la chimie supramoléculaire.
Steven et Alán se sont rendus à Vancouver, en Colombie-Britannique, pour présenter leurs recherches à l'Institut Canadien de Recherche Avancée (CIFAR) avec un autre post-doctorant de Aspuru-Guzik, le Docteur Doran Bennett.
Nous apprécions grandement les bénévoles de World Community Grid qui nous aident en faisant don de puissance de calcul!
article source: http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=502
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- Écrit par : JeromeC
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Les membres du projet SixTrack de LHC@Home tiennent à remercier tous les bénévoles qui ont mis leurs CPU à notre disposition! Votre contribution est précieuse car, dans nos études, nous avons besoin de numériser un ensemble de paramètres assez volumineux afin de trouver les meilleurs points de fonctionnement pour nos machines, ce qui serait difficile à faire sans la puissance de calcul que vous nous offrez!
Depuis 2012, nous avons commencé à effectuer des mesures avec un faisceau dédié à l'exploration de ce que nous appelons l'ouverture dynamique (DA). C'est la région dans l'espace de phase où les particules peuvent se déplacer sans craindre une augmentation importante de l'amplitude de leur mouvement. Pour les grandes machines comme le LHC, il s'agit d'un paramètre essentiel pour garantir la stabilité du faisceau et permettre une longue prise de données pour les détecteurs géants du LHC. Les mesures seront comparées à des simulations numériques, et c'est là que vous jouez un rôle important! Nous achevons actuellement une première campagne de simulation et nous sommes en train de rédiger les résultats dans un document final. Comme prochaine étape, nous allons analyser la seconde moitié des données mesurées, pour lesquelles une nouvelle campagne de suivi sera nécessaire… alors restez à l'écoute!
Les aimants sont les principaux composants d'un accélérateur, et la non-linéarité dans leurs champs magnétique ont un impact direct sur la dynamique du faisceau. Les études que nous effectuons avec votre aide sont axées non seulement sur le fonctionnement actuel du LHC, mais aussi sur sa mise à niveau, à savoir le LHC High Luminosity (HL-LHC). La conception des nouveaux composants de la machine en est à ses dernières étapes et il est essentiel de s'assurer que la qualité des champs magnétiques des composants nouvellement construits permettent d'atteindre les objectifs très exigeants du projet.
Deux aspects sont principalement pertinents:
- Les spécifications pour la qualité du champ des nouveaux aimants: le critère pour évaluer si la qualité de champ des aimants est acceptable est basé sur le calcul de la DA, qui devrait être plus grande qu'une borne inférieure prédéfinie. Les différentes classes d'aimants sont incluses dans les simulations une par une et l'impact sur la DA est évalué en faisant varier la qualité de champ attendue jusqu'à ce que le critère d'acceptation de la DA soit respecté.
- L'ouverture dynamique sous diverses conditions optiques, l'analyse du système de correction non linéaire et l'optimisation optique sont des étapes essentielles pour déterminer les objectifs de qualité de champ pour les concepteurs d'aimants, ainsi que pour évaluer et optimiser la performance du faisceau.
Les études concernent des physiciens d'accélérateur du CERN et du SLAC.
En résumé, les simulations de suivi que nous effectuons nécessitent des ressources informatiques importantes, et BOINC est très utile dans la réalisation des études. Merci beaucoup pour votre aide!
L'équipe SixTrack
Derniers articles:
R. de Maria, M. Giovannozzi, E. McIntosh (CERN), Y. Cai, Y. Nosochkov, M-H. Wang (SLAC), ÉTUDES D'OUVERTURE DYNAMIQUE POUR LA LATENCE HAUTE LUMINOSITÉ DU LHC, Présenté à l'IAPC 2015.
Y. Nosochkov, Y. Cai, M-H. SPECIFICATION DE LA QUALITÉ DE TERRAIN DANS LA RÉGION D'INTERACTION DES AIMANTS DU LHC À HAUTE LUMINOSITÉ BASÉ SUR L'OUVERTURE DYNAMIQUE, Présenté à l'IAPC 2014
Dernières discussions:
Y. Nosochkov, Dynamic Aperture et Field Quality, revue DOE de LARP, FNAL, USA, juillet 2016
Y. Nosochkov, Optimisation de la qualité du terrain et de l'ouverture dynamique, réunion de collaboration LARP HiLumi LHC, SLAC, États-Unis, mai 2016
M. Giovannozzi, Mise à jour de la qualité du terrain et résultats de suivi récents, réunion annuelle HiLumi LHC LARP, CERN, octobre 2015
Y. Nosochkov, Ouverture dynamique pour le scénario opérationnel avant la collision, réunion de collaboration LARP HiLumi LHC, FNAL, USA, mai 2015
Source : http://lhcathomeclassic.cern.ch/sixtrack/forum_thread.php?id=3997
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- Écrit par : AF
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COMMENT AIDER LE CERN À RÉALISER DAVANTAGE DE SIMULATIONS
Avec LHC@home, vous pouvez contribuer activement aux capacités de calcul du Laboratoire !
Vous pensez sans doute que le grand Centre de calcul du CERN et la Grille de calcul mondiale pour le LHC ont une capacité de calcul suffisante pour tous les utilisateurs du Laboratoire. Or, vu l’immense volume de données provenant des expériences LHC et d’autres sources, des ressources informatiques supplémentaires sont toujours nécessaires, notamment pour les simulations d’événements de physique ou d’améliorations des accélérateurs et des détecteurs.
Dans ce domaine, vous pouvez personnellement apporter votre aide en installant BOINC et en réalisant des simulations à partir de LHC@home, sur votre PC ou ordinateur portable professionnel. Ces simulations en toile de fond n’affecteront pas votre travail car BOINC peut être configuré de manière à cesser automatiquement le calcul lorsque vous utilisez votre ordinateur.
Comme mentionné dans des éditions précédentes du Bulletin (voir ici et ici), la contribution des volontaires de LHC@home a joué un rôle majeur dans les études de simulations de faisceaux du LHC. La capacité de calcul qu’ils ont mise à disposition correspond à environ la moitié de la capacité du système en différé du CERN ! Grâce à cette précieuse contribution, des études détaillées d’effets subtils liés à la dynamique de faisceau non linéaire ont été réalisées au moyen du code SixTrack. Cela s’est révélé extrêmement utile, non seulement pour le LHC mais aussi pour le projet HL-LHC.
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- Écrit par : Bernard Dagorn
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ATLAS@Home, une expérience de physique sur les particules
INSCRIPTION
Télécharger BOINC et VirtualBox (tutoriel)
URL du projet : http://atlasathome.cern.ch/ATLAS/
Systèmes d'exploitation : linux (64 bits), Windows (64 bits), Mac OS X (64 bits)
Début du projet : en phase de test (mise à jour le 25 juin 2014)
Liens du projet L’Alliance francophone Statistiques
Le projet scientifique
Atlas@Home est un projet de recherche qui utilise le temps de calcul des ordinateurs de bénévoles, pour effectuer des simulations sur l’une des expériences du collisionneur du Cern. Atlas est une expérience de physique sur les particules, issues du grand collisionneur d’hadrons (LHC) du Cern, qui recherche de nouvelles particules et des procédés utilisant les collisions de protons à très haute énergie.
Des péta octets de données ont été enregistrés, traitées et analysées au cours des trois premières années de recueil d’information qui ont mené à plus de 300 publications. Tous les aspects du modèle standard de la physique des particules ont été couverts, y compris la découverte du boson de Higgs en 2012.
Une simulation à grande échelle
Les campagnes de simulation à grande échelle sont un ingrédient clé pour les physiciens. Elles permettent de comparer en permanence les données "connues" et les "nouveautés" issues des phénomènes physiques prédits par des modèles alternatifs de l'univers, des particules et des interactions. Cette simulation fonctionne sur la grille de calcul WLCG où environ 150 000 tâches sont en cours d'exécution en permanence. « Vous pouvez nous aider à mener encore plus de simulation en utilisant le temps d'inactivité de votre ordinateur, pour exécuter ces mêmes tâches, » propose l’équipe Atlas.
Le projet Atlas simule actuellement la création et la désintégration des bosons et des fermions supersymétriques. « Nous aimerions découvrir prochainement de nouveaux types de particules et faire la lumière sur le mystère de la "matière noire" ! » s'enthousiasme l’équipe scientifique.
Comment aider les scientifiques ?
Aucune connaissance de la physique des particules est nécessaire. Il suffit d’installer le programme Boinc avec le logiciel de simulation VirtualBox qui fonctionne comme une machine virtuelle hébergée sur votre ordinateur. L’unité de travail est d’environ 500 Mo. Elle se télécharge une seule fois et dure environ 1 à 2 heures, en fonction de la vitesse du processeur de l'ordinateur.
Le projet Atlas@Home est en cours développement et il ne peut être garanti que les unités de travail (UT) soient sans erreurs de calcul, ou qu’il y ait toujours des UT disponibles. (Contact :
La configuration requise
Le projet nécessite l’installation du logiciel VirtualBox, qui est intégré à la version de distribution Windows de Boinc, sur un ordinateur 64 bits avec au moins 4 Go de mémoire. Il est préférable d’utiliser la dernière version de Boinc 4.2.16. L’activation 64 bits virtualisation (VT-X) peut exiger des changements dans les paramètres du Bios. Il est également conseillé de régler le pourcentage du processeur utilisé à 50% dans le Boinc Manager, sinon l’ordinateur peut manquer de mémoire.
Les autres projets du Cern
Le Cern propose deux autres projets utilisant le calcul dédié : Test4Theory (calculs théoriques) et SixTrack (calculs de configuration d'accélérateur).
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- Écrit par : JeromeC
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• Statut : Actif
• Url pour s'y attacher : http://boinc.riojascience.com/
• L’alliance Francophone : http://boinc.riojascience.com/team_display.php?teamid=7
• Sujet sur le forum de L'AF : http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,4814.0.html
• Classement mondial de L'AF : http://boincstats.com/en/stats/133/team/list/
• Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results/projet.py?projet=Rioja+Science&application=Triatomic+quasiclassical+trajectory+calculation+S2
• Avancement des sous-projets : pas d’infos disponibles.
• État du Serveur : http://boinc.riojascience.com/server_status.php
applications : windows, linux et macs.
RiojaScience@home est une initiative conjointe de l'entreprise Communications Knet et de l'Université de La Rioja dans le but de fournir aux groupes de recherche plate-forme de calcul intensif beaucoup plus élevé que celles actuellement disponibles sur leurs ordinateurs personnels ou stations de travail . L'initiative a reçu un financement de l'Agence de développement économique de La Rioja (ADER) et de l'Université de La Rioja. Au fil du temps, cette plate-forme pourrait devenir le plus puissant ordinateur dans la communauté.
La puissance de calcul de cette nouvelle infrastructure est basée sur deux concepts clés. Premièrement, l'infrastructure est conçue pour être utilisée par les utilisateurs à domicile sur une base de volontariat, de façon à utiliser la puissance inutilisée de leurs ordinateurs.
En outre, l'objectif est d'exploiter la puissance de calcul des cartes graphiques des ordinateurs, également appelé GPU et utilisé principalement pour le traitement de l'image. Dans les ordinateurs qui ont GPU, cette carte permet d'effectuer les opérations mathématiques et peut accélérer de 5 à 20 fois les calculs fait traditionnellement dans les unités centrales de traitement (CPU).
Les applications de RiojaScience@home pourront être variées, comme pour tout projet de calcul distribué. Elles peuvent aller de la recherche de vie intelligente dans l'espace (objectif du projet SETI @ home), à la recherche de nouveaux médicaments, à améliorer les prévisions météorologiques ou à simuler le comportement des protéines.
Le premier projet scientifique qui va travailler avec RiojaScience@home appartient au domaine de la physique et de la chimie. Il s'agit d'un projet du Groupe de recherche de la cinétique et dynamique des réactions chimiques à l'Université de La Rioja. Des réactions en phase gazeuse et en solution seront étudiées, à savoir que nous allons étudier la dynamique moléculaire de narlaprevir, un médicament potentiel pour la maladie de l'hépatite C.
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