Analyse d'une foule de données sur le monde naturel
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traduction: Maugou source: article UGM
Par: Wim Degrave, Ph.D.
Laboratorio de Genòmica Funcional e Bioinformática Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz
14 octobre 2015
Récapitulatif
Le projet "Découvrir les mystères du génome" (UGM) a déjà amassé des données sur plus de 200 millions de protéines, dans le but de comprendre les caractéristiques communes à la vie partout sur Terre. Il y a des dizaines de millions de calculs restant à effectuer, mais l'équipe se prépare également pour l'analyse et la publication éventuelle des données.
Depuis près d'un an maintenant, UGM a comparé les séquences de protéines dérivées des génomes de presque tous les organismes vivants analysés à ce jour. Merci à tous les bénévoles qui contribuent avec du temps d'ordinateur pour la World Community Grid, plus de 34 millions de résultats ont été retournés avec des données sur l'identification fonctionnelle et les similitudes des protéines. Avec nos collaborateurs en Australie, nous avons porté une attention particulière aux micro-organismes de différents écosystèmes, avec un accent particulier sur les organismes marins. Plus de 200 millions de protéines ont été comparées à ce jour, au cours de l'équivalent de 15000 années de calcul. Les données obtenues sont envoyées à nos serveurs informatiques à la Fondation Fiocruz de Rio de Janeiro, au Brésil, et maintenant également à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie). Un dernier ensemble d'environ 20 millions de séquences de protéines, déterminé sur la dernière année, est maintenant ajouté à l'ensemble de données et sera traité sur la World Community Grid dans les prochains mois.
Cependant, la tâche de cartographie fonctionnelle et la comparaison entre les protéines de tous ces organismes ne se termine pas là. Notre équipe de scientifiques, dans l'intervalle, investit plus d'efforts pour optimiser les algorithmes pour une analyse plus approfondie et la représentation des données générées par des bénévoles de la World Community Grid, et de préparer les systèmes de bases de données qui mettront les résultats à la disposition de la communauté scientifique. Une fois nos données publiques, nous nous attendons à ce que la compréhension de la communauté scientifique, du réseau complexe de la vie, acquière une perspective complètement nouvelle, et que les résultats contribueront également au développement de nombreuses nouvelles applications dans la santé, l'agriculture et les sciences de la vie en général.
Ce projet est une collaboration entre le World Community Grid, le laboratoire du Dr Torsten Thomas et son équipe de l'École de la biotechnologie et des sciences biomoléculaires et Centre de bio-innovation marine à l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (Sydney, Australie), et notre équipe au Laboratoire de génomique fonctionnelle et bio-informatique, à la Fondation Oswaldo Cruz (Fiocruz), au Brésil.
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Publication du projet Outsmart Ebola Together
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Trouver de nouvelles voies pour attaquer le virus Ebola
traduction: Maugou
Par : Erica Ollmann Saphire, de l'Institut de recherche Scripps
6 octobre 2015
Récapitulatif
Les efforts visant à simuler les correspondances entre les composés candidats et une protéine clé du virus Ebola sont en grande partie achevés. Les simulations de correspondance avec une autre protéine cible, nouvellement découverte, commencent maintenant. Alors que le travail de simulation continue, l'équipe est en train d'analyser ces résultats et se concentrent sur des composés qui pourraient constituer la base de nouveaux médicaments efficaces contre le virus Ebola et d'autres maladies connexes. Grâce à votre aide, et une nouvelle subvention, le travail se déroule bien.
Image du dessus: Deux structures de banques de données de protéines pour le domaine de la ribonucléase H de la transcriptase inverse du VIH. Nous avons utilisé des données structurelles et expérimentales pour ce domaine afin d'optimiser nos protocoles d'analyse pour le site d'exonucléase Lassa NP.
Merci pour les efforts de milliers de membres du World Community Grid, mon équipe a continué à faire des progrès sur Outsmart Ebola Together, un projet dont l'objectif est de trouver de nouveaux médicaments pour guérir le virus Ebola et les fièvres virales hémorragiques mortelles connexes.
OET a commencé par une étude des attaques potentielles de médicaments contre le site de liaison aux récepteurs de la glycoprotéine de surface Ebola (GP). Nous avons ensuite annoncé le début des travaux sur une deuxième cible de la drogue: la nucléoprotéine (NP) du virus de la fièvre de Lassa. Plus précisément, nous recherchons les médicaments qui attaquent le site exonucléase de Lassa NP nouvellement découvert. Ce site exonucléase aide à dissimuler la présence du virus, à la cellule humaine infectée, en détruisant la production excédentaire de l'ARN double brin propre au virus.
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Nouvelle publication de Clean Energy Project
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- Écrit par : AF
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Dépistage de niveau suivant : Prédire les propriétés des matériaux.
traduction de cet article: par Maugou relecture: ElGrande
14 octobre 2015
Récapitulatif
Un nouveau document de l'équipe du projet Clean Energy ( Energie Propre ) révèle qu'ils peuvent maintenant utiliser des réseaux de neurones artificiels multicouches pour prédire les propriétés électriques de nouvelles molécules sans simuler réellement la molécule entière. Cette avancée a été rendue possible par un très grande nombre de simulations effectuées pour le CEP, et promet de permettre le dépistage de beaucoup plus de molécules que l'équipe était en mesure d'évaluer dans leur travail précédent.
Titre de la communication:
"Apprendre du projet Clean Energy Project de Harvard: L'utilisation des réseaux de neurones pour accélérer la découverte de matériaux"
Publié dans la revue:
Advanced Functional Materials
Auteurs:
Edward O. Pyzer-Knapp, Kewei Li et Alan Aspuru-Guzik
Résumé profane:
Dans cet article, Edward, du projet CEP de Harvard, montre comment les techniques du domaine de l'apprentissage machine peuvent être utilisées pour accélérer le contrôle des matériaux. En utilisant une classe spéciale de réseaux de neurones, appelés perceptrons multicouches, il est capable de prédire les propriétés d'une molécule à un haut degré de précision avant que des calculs soient effectués. Ils montrent comment, en utilisant cette méthode, on peut éliminer près de 99% du criblage d'une banque, ou de molécules, sans avoir à le calculer. En éliminant les molécules peu susceptibles d'être utiles, ils ont beaucoup augmenté la gamme de molécules qui peuvent être considérées par le projet CEP.
Résumé technique:
Ici, l'emploi des perceptrons multicouches, un type de réseau de neurones artificiels, est proposé dans le cadre d'une méthode de l'entonnoir pour la conception de matériaux organiques à haut débit. Grâce à l'utilisation d'algorithmes de pointe et à une grande quantité de données extraites du projet CEP de Harvard, il est démontré que ces méthodes permettent de réduire considérablement la fraction du criblage de la banque qui est effectivement calculée. Les réseaux de neurones peuvent reproduire les résultats des calculs de chimie quantique avec un grand niveau de précision. L'approche proposée permet de réaliser des projets de criblage moléculaire à grande échelle nécessitant moins de temps de calcul. En retour, cela permet l'exploration de banques de plus en plus importantes et diversifiées.
Accès au document:
Pour consulter le document, s'il vous plaît cliquez ici.
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Nouvelles du projet WCG FightAids@home
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- Écrit par : Christian
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traduction: Maugou
Par: Dr Arthur Olson
Professeur, Institut de recherche Scripps
9 octobre 2015
Résumé
Nous avons récemment été invités à écrire un chapitre pour un livre à paraître: "L'avenir de thérapies du VIH-1". Notre chapitre se concentre sur la conception de médicaments basée sur la structure, et discute les avantages de la modélisation "in silico" pour élargir considérablement la portée et l'efficacité de la recherche basée sur la structure. Nous portons une attention particulière aux avantages du réseau de calcul à grande échelle que nous avons trouvé dans le World Community Grid.
Récemment, nous avons été invités à écrire un chapitre pour un livre sur les progrès de la thérapie anti-VIH, intitulé: L'avenir des thérapies du VIH-1: La résistance est-elle futile? Notre chapitre, intitulé «Défis de calcul des approches basées sur la structure appliquées au VIH» fournit une perspective sur l'application de méthodes de calcul pour la conception de nouveaux médicaments, et explique comment le World Community Grid est essentiel à nos efforts de recherche.
Résumé profane (ndt: 
)
La conception de médicaments, basée sur la structure, repose sur la disponibilité de structures cristallographiques des protéines cibles, qui sont utilisées pour tester de grandes banques de composés (souvent plusieurs millions) «in silico» pour identifier de nouveaux médicaments potentiels. En fait, la conception d'inhibiteurs de protéase du VIH, dans le milieu des années 1990, est souvent présentée comme le premier exemple réussi des avantages du calcul dans la conception de médicaments basée sur la structure.
Amarrer un si grand nombre de composés virtuels est un défi en soi. En outre, la plupart des cibles présentent divers degrés de flexibilité. Modéliser cet aspect ajoute un autre niveau de complexité, ce qui peut augmenter considérablement le nombre de calculs. Cependant, lorsqu'ils traitent avec des virus, tels le VIH-1, qui mutent à un taux très élevé, la situation est encore plus problématique. En fait, de nombreuses protéines produites par le virus lors de l'infection peuvent présenter des mutations qui rendent inefficaces des médicaments puissants connus.
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Nouvelles de MilkyWay@home
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article traduit et résumé par Maugou, relecture Ouser.
Nouvelles du groupe de recherche HEIDI JO NEWBERG
Éclairages de l'année académique 2014/2015
Recherche financée par le public:
Nous avons commencé l'année avec une campagne de collecte de fonds, et nous avons récolté 48 193,40$ pour maintenir MilkyWay@home opérationnel pour 2015! C'est un résultat vraiment fantastique, et nous avons une dette de reconnaissance envers ceux d'entre vous qui ont permis le maintien de la recherche. Comme promis, je fournis les comptes de l'utilisation de ces fonds à cette adresse: 2014 Accounting. Les réussites sont mentionnées dans cette lettre ainsi que nos liens sociaux et site web.
Malheureusement, la situation du financement a empiré cette année. Le Prof. Newberg a perdu tous ses financements de recherche fédéraux, et doit mener une campagne encore plus désespérée pour continuer à faire tourner MilkyWay@home et analyser les données de l'enquête chinoise LAMOST. MilkyWay@home est une ressource de calcul d'un demi PetaFLOPS alimentée par 25000 personnes dans le monde. Elle (ndt: la ressource 
) s'est développée pendant ces dix dernières années. Elle nous permet d'apprendre la distribution des étoiles dans le halo stellaire de la Voie Lactée, et bientôt elle servira à mesurer la distribution de la matière noire dans la Voie Lactée. Newberg est à la tête du projet clé Structures du halo stellaire LAMOST et dirige un groupe de neuf astronomes étasuniens, qui ont accès aux données de ce projet clé de la Chine pour leur contribution dans la conception de l'étude et de l'infrastructure scientifique. L'enquête LAMOST a collecté le spectre de six millions d'étoiles de la Voie Lactée et va continuer pendant deux ans à collecter encore plusieurs millions de spectres stellaires.
Distinctions internationales:
Cette année Prof. Newberg a partagé le Prix de physique fondamentale, comme membre du projet Supernova Cosmology, pour la découverte de l'accélération de l'univers (énergie noire). C'est un prix de 3 millions de dollars qui a été partagé entre les cinquante membres des deux équipes internationales qui ont fait cette découverte en 1999. Newberg a donné sa part (32 787$) à son groupe de recherche, pour financer ses étudiants diplômés. Au cours de l'année passée, Newberg a également été nommée Highly Cited Researchers (Most Influential Scientific Minds) 2014 par Thompson Reuters.
Cette liste inclut autour de 1% des chercheurs les plus cités en science spatiale.
Comme des vagues dans le disque de la Voie Lactée:
Newberg apparait dans les nouvelles internationales pour la découverte que le disque d'étoiles de la Voie Lactée n'est pas plat mais plutôt ondulé. De notre position dans la galaxie, si nous regardons dans une direction opposée au centre de la Voie Lactée, le disque stellaire parait osciller de haut en bas! Ceci signifie que le disque d'étoiles s'étend bien plus loin que nous le pensions auparavant, et explique également pourquoi il parait y avoir des anneaux d'étoiles au-delà de l'extrémité du disque. Lorsque nous regardons vers l'extérieur, il semble que le nombre d'étoiles (dans le disque supposé plat) chute rapidement, et puis plus loin, lorsque le disque ondule vers le haut, il semble y avoir un anneau d'étoiles. Nous comprenons maintenant que la galaxie ne s'arrête pas là, mais que le disque ondule à notre portée de vue puis hors de portée. Plus de 50000 personnes ont regardé la vidéo youtube de 20 minutes pour en savoir plus. Nous avons également posté une conférence de 50 minutes pour les astronomes et une vidéo d'une minute pour les enfants.
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Nouvelles de Malariacontrol.net
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Traduction: zOU et relecture: Maugou
Chers supporter de malariacontrol.net
Il y a un certain temps que nous ne vous avions envoyé de nouvelles scientifiques, non pas parce que nous n'étions pas occupés, bien au contraire.
Mais avant de partager avec vous ces nouvelles, nous tenions à vous exprimer notre profonde gratitude pour votre aide continue et le temps CPU que vous nous accordez, merci !
Nous avons eu quelques années bien chargées de travail sur des sujets importants concernant la recherche sur la Malaria et la santé en général: des stratégies de contrôle des vecteurs dans les pays en pré-élimination, à l'optimisation des outils de contrôle de la Malaria en support des applications du Fond Global, au analyse clé des décisions de sélection de vaccins, pour n'en citer que quelques unes.
Voici quelques articles que nous souhaitions partager avec vous.
Vaccins contre la Malaria:
Vous avez peut être récemment entendu parle que le monde etait sans doute proche d'approuver un vaccin destine aux pays Sub Sahariens.
L'Agence Européenne du Médicament (AEM) a émis une décision positive concernant le vaccin RTS, plus connu sous le nom Mosquirix, destiné aux enfants âgés de 6 semaines à 17 mois. C'est un pas décisif dans la procédure de régulation qui rendra le vaccin RTS disponible pour les populations à risque dans le Sahara.
La prochaine étape implique l'OMS pour vérifier la base de preuve du RTS et pour délivrer ses recommandations concernant l'usage et les pratiques encadrant l'utilisation du RTS avec d'autres outils afin de prévenir les épidémies de Malaria dans différents contextes.
Ces recommandations ont pour but de donner des guides techniques aux pays à risques souhaitant etudier l'utilisation du vaccin.
L'OMS a indiqué que ces recommandations pourraient être délivrées en 2015.
L’équipe de modélisation et votre travail ont contribué a l’évaluation du vaccin en termes d'impact sur la santé publique et le rapport coût/efficacité, en fournissant des informations complémentaires aux tests cliniques.
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